綠色產品監管的主要內容包括標誌商標管理、質量管理和收費管理。
（一）標誌管理
標誌管理的手段包括法律手段和技術手段，法律手段是指綠色食品的商標管理模式，就是對生產者和市場依法檢查；技術手段是指年檢和抽檢的管理措施。
標誌管理：綠色食品標誌是一個質量證明商標，標誌管理即質量證明商標的管理。它有兩種內涵，一是依法實施注冊和有效續展，以保證企業商標的合法性；二是依法實施許可並對許可使用標誌的企業進行監管，使其合法，按規定使用綠色食品標誌。
1995年中心在國家工商行政管理局商標局進行了注冊申請，1996年獲得批準，成為我國第一例質量證明商標，取得了產品質量證明商標的合法地位。現在綠色食品標誌商標不僅在國內進行了注冊，而且還成功地在日本、香港等地進行了注冊。
1、不規範用標現象
盡管中心在標誌管理上製定了相應的管理辦法，在標誌商標的使用上提出了明確的要求，但是仍然有一部分企業存在著一些不規範用標的現象，主要有以下幾種情況：
（1）企業獲得綠色食品標誌使用權後未使用標誌和編號。
（2）不規範使用標誌，如個別企業在包裝標簽上僅使用標誌或文字；申報多個產品，但在所有獲標產品上隻使用其中一個產品編號；在產品包裝上標誌、編號、文字與設計手冊要求不符。
（3）超範圍使用標誌，如將獲標產品的編號用在其他未申報的產品包裝上（一標多用的現象）；超出核準的產品使用綠色食品標誌，申報量與使用量不符。
（4）超期使用標誌，如續展完成後仍使用老編號，未及時更換新編號；或到期未續展但仍沿用過期的標誌編號。
（5）將標誌使用權私自轉讓許可給第三方使用。
這些現象的產生有企業自身的原因，也有技術和製度方麵的因素，但主要是疏於管理。提高認識和對綠色食品管理製度的掌握和理解十分關鍵。
標誌商標管理是綠色食品管理的法律手段，規範使用綠色食品標誌是標誌商標管理的主要內容之一，必須高度重視違規用標給綠色食品事業帶來的危害和給企業造成的損失，以及違規用標行為所掩藏的質量安全隱患，認證單位必須正確認識證明商標所有人所處的法律地位和應承擔的法律責任，積極配合國家執法部門，做好對用標企業的監督管理工作。
2、綠色食品標誌市場監察
綠色食品標誌市場監察是對市場上綠色食品標誌使用情況的監督檢查。市場監察是綠色食品標誌管理的重要手段和工作內容，是各級綠色食品管理機構（綠辦）及標誌監管員的重要職責。各級綠辦應明確負責市場監察工作的部門和人員，為工作開展提供必要的條件。中心負責全國綠色食品標誌市場監察工作，各級綠辦負責本行政區綠色食品標誌市場監察工作。市場監察的采集產品工作與產品質量年度監督檢驗的抽樣工作合並進行，由綠辦與有關綠色食品定點檢監機構共同完成。市場監察工作可與農產品質量安全監督執法相結合，在當地農業行政管理部門組織協調下開展。中心將各地市場監察工作情況定期通報，並作為考核評定綠辦及標誌監管員工作的重要依據。
市場監察行動每年集中開展兩次。每次行動由各地綠辦在當地大、中城市選取5~10個有代表性的超市、便利店、專賣店、批發市場、農貿市場等作為監察點，對監察點所售標誌綠色食品的產品實施采樣監察。