1981年5月，盧嘉錫出任中國科學院院長，在任職的近六年裏，他認真貫徹黨中央關於科學技術工作的指導方針，領導中國科學院采取了一係列重大改革措施，諸如建立科研課題的同行評議製度；實行擇優支持的經費管理辦法；創建開放研究所和開放研究室；率先在中國科學院設立青年科學基金；加強與院外的橫向聯係、組織全國性聯合攻關項目；穩定我國基礎研究工作等等。他還為加強中外科技界的友好交往與合作做了大量工作，為提高我國科技界在國際科技界的地位做出了貢獻，盧嘉錫也在這當中成為享譽世界的著名科學家。
感恩戴德
1956年，盧嘉錫到北京參加製定中國科學的發展規劃。在北京飯店乘坐電梯時，意外地同周恩來總理相遇。讓他沒有想到的是，日理萬機的周恩來總理竟然認識自己，而且親切地叫出了自己的名字，並親切地同自己進行交談。第一次的偶遇，讓盧嘉錫對周恩來總理的親切溫和、儒雅可親留下了深刻的印象，同時對周總理這樣一位偉人，盧嘉錫由衷地崇敬。
在“文革”中，盧嘉錫被迫停下了手中所有的工作，但不論遇到怎樣的困境，他依然堅持自己實事求是、正直嚴謹的態度。1969年，讓盧嘉錫沒有想到的是，文革委員會忽然宣布允許盧嘉錫“下廠鍛煉勞作”、“搞科學研究”的決定，這讓盧嘉錫如丈二和尚摸不著頭腦。後來才知道，原來是周恩來總理的關懷才讓自己躲過了“文革”。
周總理的關懷讓盧嘉錫十分感動，他對周總理高尚的人格魅力和情操更加地敬佩。因此，當傳來周總理逝世的消息後，盧嘉錫十分地悲痛，並改用李白《贈汪倫》中的名句來懷念周總理。“桃花潭水深千尺，不及周公對我情！”
親人眼中的盧嘉錫
在親人眼中，特別是自己的子女，他們對這位父親評價不一。
盧嘉錫的長子盧嵩嶽說：“在學習上，父親是一個勤奮的教書匠，常教育自己孩子學無止境，多讀、多寫、多學、多練，這樣才能在學習上有所成就。”提到父親的教學，盧嵩嶽稱父親講課十分地生動。他說“父親在課前從不做教案，課堂上大多是臨場發揮，但再枯燥的課程，在父親口中，就變得生動有趣起來。聽他的課從來沒有人打瞌睡，每次父親演講或者開講座時，學校最大的問題就是沒有足夠的課堂，以至於每一次聽講的人都排到教室外麵。”
他的次子盧鹹池則稱：“家中的父親既是嚴厲又是慈祥的，對任何事情從來都是用說服教育的方式，發揚民主家風。”他表示，盧嘉錫在兒女們的升學誌願上，表現得十分開明，從來不強迫自己的子女，最多也就是指導一下自己的兒女們。
在妻子的眼中，丈夫是一個不會做家務、卻很疼惜妻子的好丈夫。
此外，盧嘉錫是一個十分簡樸的老人。2001年6月4日，盧嘉錫走到了自己生命的盡頭，彌留之際還不忘囑咐自己的兒女，將自己一生所得的科學獎金全部捐獻給科研機構，以鼓勵、發展中國的科學人才。
為了紀念盧嘉錫，他的子女們2006年8月於農工民主黨中央、中科院、廈門大學、福州大學、福建物質結構研究所，共同創建了“盧嘉錫科學教育基金會”，下設“盧嘉錫化學獎”、“盧嘉錫優秀導師獎”和“盧嘉錫優秀研究生獎”，廈門市還另外設立了“盧嘉錫青少年創新獎”，以鼓勵科學的創新進步，和對科學研究人才的培養與支持。