1789年4月，貧困中的莫紮特，由他的學生卡爾·利希諾夫斯基公爵帶領，到柏林德累斯頓，萊比錫等地演出。雖然轟動一時，卻未能解脫他的經濟困境。1790年1月，他的歌劇《女人心》上演。2月，皇帝去世，莫紮特向繼任皇帝利奧波德二世請求接任宮廷樂長L.霍夫曼的職位，得到同意，但未實現。1791年，他寫了歌劇《蒂托的仁慈》，未獲成功。同年9月寫了最後一部歌劇《魔笛》，並在重病中寫作大型宗教音樂作品《追思曲》，未能全部完成，便與世長辭了。死後被葬在維也納貧民公墓的一個不知名的地方。
莫紮特的短暫一生寫出了大量的音樂作品，體裁形式涉及到各個領域，留下了許多不朽的傑作。
歌劇莫紮特的主要創作領域是歌劇。他一生的36年中，有25年在從事歌劇創作，共寫了20餘部。其中《費加羅的婚姻》、《唐璜》和《魔笛》最具代表性。
《費加羅的婚姻》取材於當時在奧地利被禁演的P.A.C.de博馬舍的話劇，歌劇腳本由意大利詩人L.達·蓬泰改編，1786年首演。改編後的腳本雖然削弱了原劇對封建社會的抨擊，增添了抒情性的描寫，但仍不失原作的批判精神而且揭露和諷刺了以伯爵為代表的封建貴族的虛偽和驕奢淫逸的生活，頌揚了以費加羅、蘇珊娜為代表的“第三等級”人民正直、機智、勇敢的品質，表現了同封建主義鬥爭必勝的樂觀主義精神。莫紮特這部歌劇的主要貢獻是沒有沿用當時流行的意大利趣歌劇的滑稽誇張、和雜耍式的手法，而著重描繪了人物的性格，進行了心理刻畫，增強了歌劇的抒情性，並在劇中發揮了重唱的技巧和表現力。
《唐璜》的腳本也自達·蓬泰改編。1787年首演。它取材於西班牙一個有名的民間傳說。當時，該傳說有各種版本廣泛流傳於歐洲各國，並已有話劇、歌劇、芭蕾等藝術形式，莫紮特和達·蓬泰選用了G.貝爾塔蒂的歌劇腳本《石客記》（意大利作曲家G.加紮尼加作曲），在劇情和人物方麵作了較大的改動。通過貴族唐璜這個矛盾的人物及其欺騙、損害婦女行為的可鄙下場，揭露了封建貴族的腐爛生活，同時又肯定了主人翁蔑視封建禮教，追求幸福的一麵。這是一部具有倫理道德意義的歌劇，反映了18世紀80年代末開始的德奧知識界對道德倫理問題的興趣和關心。它是莫紮特在意大利趣歌劇的基礎上發展歌劇式戲劇的重要作品。在處理這部歌劇的音樂時，莫紮特加強了對人物的心理刻畫，使人物的形象更為複雜、真實，同時運用戲劇化的重唱，增強歌劇的矛盾衝突。
《魔笛》是莫紮特1791年逝世前幾個月寫完和演出的最後一部歌劇。其腳本是由莫紮特的老朋友熱心於德國民族歌劇的一座小劇院經理E.希卡內德提議並編寫的。歌劇取材於維蘭德的神話《露露》。通過主人公為追求理想而進行艱苦鬥爭，最後取得勝利的故事，歌頌了光明必將戰勝黑暗的思想。這部歌劇所反映的思想，和莫紮特追求啟蒙主義和對“共濟會”的自由、平等、博愛的理想有密切的關係。其中幾個主要角色可能隱喻了當時社會現實中的人物。例如大祭司薩拉斯特羅使人聯想到前不久去世的共濟會首腦、莫紮特的朋友博恩。莫紮特采用了典型的新教眾讚歌式的音樂塑造，使他的音樂具有莊嚴、崇高的性質；反麵角色夜後，則可能是影射瑪麗亞·特蕾西亞（她在位期間曾鎮壓共濟會），這個角色需要技巧較高的花腔女高音扮演，其音樂表演難度較大而沒有內在的感情，劇中的英雄塔米諾王子可能是比喻同情共濟會的約瑟夫二世，他的音樂優美動人，采用的是正歌劇中的抒情詠歎調，帕米娜是人民高尚精神的象征，音樂十分優美，半人半鳥的幻奇性人物帕帕蓋諾及其妻子是勞動人民的化身，他們的音樂帶有鮮明的德奧民間風格。這部歌劇是莫紮特在德國及奧地利歌唱劇和神話劇的基礎上，發展德國民族童話歌劇的代表作，它標誌著18世紀德奧小歌劇發展告一段落，並為後來德國的浪漫主義歌劇的產生打下了基礎，成為後者的先驅。
交響曲莫紮特一共寫了約50部交響曲，其中41部有編號，並像其他器樂作品一樣可以分為若幹組。交響曲大部分是早年受各種不同音樂風格影響寫成的，因而帶有模仿不同風格的痕跡。其中可以看到J.C.巴赫，G.C.瓦根賽爾M.G.莫恩，特別是海頓以及以J.斯塔米茨為代表的曼海姆樂派等風格的影響。
莫紮特最有代表性的交響曲有7部。其中《第三十一交響曲》（《巴黎》）是為當時歐洲最傑出的交響樂團之一的巴黎交響樂團譜寫的，具有巴黎的音樂風格和豐富的音響，《第三十五交響曲》（《哈夫納》）實際上是一首小夜曲，《第三十八交響曲》（《布拉格》）常被人們稱作“沒有小步舞曲的交響曲”，它隻有3個樂章，不再是對意大利交響曲的風格模仿，而是一部地道的維也納交響曲，《第三十六交響曲》（《林茨》）反映了莫紮特受海頓交響曲創作的影響。
莫紮特的最後3部交響曲──降E大調、g小調和C大調交響曲是他最優秀的交響樂作品。它們都寫於1788年6～8月的6個星期之內。人們通常將它們劃歸為一個組，但三者之間各有其特點：降E大調《第三十九交響曲》明朗愉快，充滿了詩意；g小調《第四十交響曲》富有戲劇性，有海頓式的樂觀主義情緒，但在技法上又完全不同於海頓，被稱為莫紮特的“英雄”交響曲；C大調《第四十一交響曲》（通常被稱為《朱庇特》）宏偉豪邁，樂觀向上，預示了L.van貝多芬的英雄交響曲的出現。