四川省舉辦戰時驛運，承擔大宗軍公物資運輸，在支援前線的抗戰和滿足後方民眾的生活需求方麵，應具有不可否認的戰時意義。然而，在實際營運中，確也損害了部分民間運輸組織與運輸從業人員的利益，政府與民間在此方麵的衝突迭起。
如前所述，早在奉建支線開辦初期，因運夫待遇太差等原因，就有運夫攜帶公物潛逃之情事發生，此即蘊涵政府與民間利益發生衝突的意味。對於攜帶公物潛逃，四川省驛運管理處請求四川省政府並函請湖北省政府飭令奉建巫三縣按照潛逃運夫所拐帶公物數量表，“追賠拐逃各物，以利驛運而重公物”。《驛運車馱管理規則》公布以後，四川省辦各驛運機構對民間傳統運輸力量實行管製，統一編號，統一編組，收取一定的管理費用，此即引起民間運輸商行與運輸從業人員的不滿。1942年5月3日，新都驛運站因驛運管製，發生了人力板車車夫毆打驛運管理人員的事件。此事在處理上，首先由新都縣警察局將鬧事人力板車車夫“緝獲歸案”，“本當將肇事人依法嚴辦”，但渝廣水陸聯運線總段考慮再三，認為“人力板車統製伊始，各方難免發生誤會，偶生事端，勢所不免。為便於驛運進行及使受懲知戒計，故責令肇事人將魏站長所受損失完全賠償並具結，嗣後再不生此暴行”。這在驛運營運管理一節中有過討論，此處不再過多贅述。在此所需明白的一點是，四川省辦驛運與民間運輸業已存在利益衝突，但這種衝突，僅為局部的，非組織性的，帶有很強的偶發性。車夫毆打驛運管理人員事件處理之後，也就不見有類似事件再度發生的記載，矛盾基本上還是處於隱伏狀態。至1944年秋天，交通部驛運總管理處行將結束之時，此種矛盾衝突才日益明顯。
1944年秋天，抗戰勝利漸露曙光，日本戰敗已為時間問題，盟國對華援助份額加大，戰略物資包括汽車已源源不斷輸入中國，汽車數量大增，汽油及零配件供應漸趨增多。因此國民政府對驛運的依賴漸為減弱，有意撤銷交通部驛運總管理處，結束驛運幹線的營運，而對於各省辦驛運，則由各省自行決定結束時間。對於戰時驛運機構，中央的裁撤意圖十分符合民間運輸業人士之利益，四川民間傳統運輸業相關人士則乘機提出要求，撤銷省辦驛運機構。
1944年8月25日，成都名人李璜等人致函國防最高委員會三位委員，明確要求撤銷省辦驛運機構，針對的對象其實即為四川省辦各級驛運機構。其信函中聲稱：“頃閱報載國防最高委員會議決，對於全國驛運管理處加以調整等語。查驛運管理處自設置以來，弊竇叢生，民情憤恨。約言之如次：一、查驛管處之設置係為政府運糧商民運貨，而其本身並無運輸工具，糧運貨運均係向糧食機關及貨主承攬，複轉招車輛運輸，從中扣取運費，其性質與民間無車轉運商無異，此種辦法，不但剝奪無車轉運商之利益，且剝削車主之利益，政府與民爭此小利，似覺大可不必。至其主要任務為政府運糧，然糧食機關甚多，如專靠此一驛運機關，呼應不靈，必致延誤，故事實上政府運糧從來均係各倉庫自行覓車辦理，多與驛管處無關。二、我國勞工管製尚屬初步，驛管處成立不啻為勞工居間者，最易引起誤會，下層社會莫名其妙，自不免弊竇叢生，糾紛時起，例如成都外南驛運管理站，於本年七月十八日向板車征稅，唆使站丁凶毆板車中杠夫劉繼明，以致當時弊命一案，本處曾據板車業公會訴願前來，經派員查明屬實，正函請省府核辦中，即為明證。基於以上兩點，全國各省所設驛運管理處實無設置之必要。”其中所言，“政府與民爭此小利”，實點明了四川省辦驛運機構與民間運輸業主間的利益衝突，指出省辦驛運所存在的實質性問題：在四川省辦驛運自身工具與動力不多的情況下，驛運營運，其運輸業務主要是先向政府或貨主承攬，再招雇工具與動力運輸，從中收取類似中介費的“管理費”；而不是民間運輸業主直接向政府或貨主承運。如直接承運，則可不需驛運機構的“管理費”，運輸成本相應減少，民間運輸業主所得利潤則可能增加。這就是民間運輸行業人士反對驛運的根本所在。
時至1945年，因四川省辦驛運而形成的政府與民間的矛盾衝突更趨具體化。自貢市騾車運輸業同業公會呈文行政院，控告四川省驛運管理處在川中驛運區實行強迫性運輸管製的行為不當。在其呈文中，首先強調該同業公會在抗戰時期所發揮的積極作用，其文稱，“去年國防工程建築機場，商等曾征派車輛多部運送泥石，效力至巨，對於地方運輸亦低價攬載，務使米鹽無缺，供洽相求，於公於私，裨益至大”，為抗戰運輸軍公物品，有所作為，為控告建立合法性基礎。“不料去年有驛運站在白馬廟強迫登記，苛擾征稅，幾經交涉，自行撤去。延至今年，又有四川驛運管理處川中區複派人員，在本市大山鋪等處，次第成立車站，強迫登記，橫加管製”。然而，四川省“驛運管理處法令所載掖獎運輸事業，福利運輸商人”，以獎勵扶助為宗旨，實行強迫管製有違驛運法令，並且，“本市辦理驛運登記者，獨向騾車板車登記，強迫管理，庶非行政失平”，因而“擬請通令川中廢止驛運管理，以恤商艱而利運輸”。
交通部驛運總管理處奉令於1945年3月底結束，各省驛運管理處大部分於1945年底結束營運業務，而四川省驛運管理處則最遲於1946年5月底才最終結束。“查全國驛運機構均於本年底先後裁撤，唯有四川保留延長繼續推行”。然而四川省驛運管理處“保留延長繼續推行”，卻使早有意見的民間運輸業人士更為不滿，使隱藏的矛盾進一步表麵化。
1945年11月，成都市獸力車商業同業公會理事長王九如呈文行政院，亦控告驛運管理政策的失當，其中所轉呈該同業公會外東分所來函內容，強烈要求行政院令飭四川省政府撤銷四川省驛運管理處及其直屬機構。所轉呈之來函首先直陳獸力車業為抗戰所做的貢獻，“自抗戰期中，本業服務後防，其所貢獻之力量尚未落後於人，如集中車輛修建機場，其他如運輸炸彈汽油及槍炮彈藥以及一切軍公物資，無不唯命是聽達成任務。在此期中本業不畏任務艱難，不懼手續繁多，不計運費底［低］微，不較損失重大，能使抗戰力量得以加強者，無不努力以赴之”，獸力車業本抗戰衛國之大義，不惜該行業之運輸成本，努力於後方軍公運輸，損失慘重，“因此之故，本業瀕於危殆時有八年，有變賣車輛而另尋生路者，有典當俱窮而流落異鄉者，茹苦含辛可以想見”。然而，抗戰已經勝利，正是運輸商業大可發展之時，但四川省辦驛運機構並未裁撤，“當茲抗戰勝利，戰爭結束，應予我工商業以發展之機會，若仍照戰時管製，不但無發展之望，且有凋敝之危，而本業受驛運管理，手續既不單純，抽收驛運費達百分之三十，物品成本增加，必然刺激物價上漲，影響民生至為重大。況值此建國期中，各部門複員在即，首以運輸是賴，建設後防必先繁榮工商業，亦舍運輸無由”，收取驛運管理費用“達百分之三十”，也許有誇張成分，但收取“管理費”即已增加了民間運輸業的負擔。因此，成都市獸力車商業同業公會外東分所強烈請求，撤銷四川省驛運管理處及所屬機構，“綜觀以上各點，交通實為先決條件，對於戰時運輸管製，確有妨礙建國工作之可能，似無存在之必要，特此函請貴會轉呈行政院令飭四川省政府提前撤銷管製機構，使民有交通工具還之於民，俾本業得有自由營業之望。”其中所陳“管製機構”即指四川省辦驛運機構，撤銷該省驛運機構，使民有交通運輸工具“還之於民”，以達“自由營業”之目的。