在台灣發展的過程中，鄭成功的部下也發揮了不能忽視的作用，其中就有一個名叫陳永華的人。他是之前為守同安城而戰死的將領陳鼎的兒子。陳永華在父親殉難之後，就投奔了鄭家軍。
陳永華聰明過人，善於運籌，明智果斷，有“小諸葛”之稱。鄭成功也非常信任他，來到台灣後，有關軍政農教措施也多采用陳永華的建議。
實行“寓兵於農”的屯田政策就是陳永華提出的，這個政策使人人各盡其能，發揮最大的人力發展農林業。教百姓種植甘蔗，生產食糖，再將食糖遠銷國外，發展了台灣糖業，大大增加了稅收收入。
在遷界政策中，那些喪失房屋財產、流離失所的沿海居民聽說移民台灣的人，生活比他們安定、富足，因此都願意到台灣來。陳永華就給他們以優待，吸引更多的大陸居民遷到台灣。每年渡海而來的有好幾萬人，使開發台灣的人力大量增加。陳永華又設立學校，發展教育，並從大陸請來許多飽學之士做教師。
這樣，鄭成功不僅解決了糧食問題，還擴大了自己的軍事實力，為以後的戰爭做足了準備。
鄭成功收複台灣的這一年，也是他生命的最後一年。當年的五月他就病逝了，正值39歲的英年。鄭成功的去世，雖然是因為對台灣的水土不服以及長年作戰勞累生病所致，但深究的話，君亡、父死、子亂都是導致他如此年輕就去世的原因。
鄭成功在南京之役中失敗的原因之一，是圍剿李定國軍隊的南下清軍及時趕回來增援駐守南京的清軍。在此之前，李定國的西南戰場連連敗退，永曆帝被清軍逼到緬甸。後來，明朝降將吳三桂攻入緬甸，永曆帝被俘，就在這年的一月被絞死在昆明。鄭成功得知永曆帝的死訊後，悲憤萬分，恨透了清政府。
同是這年的一月，清政府看到鄭成功已經退守台灣，很難依靠武力打敗他，而且他又拒不投降，留下鄭芝龍已經毫無用處了，就幹脆把鄭芝龍及抓獲的鄭家人都處死了。處死鄭芝龍的地方就是北京的“柴市”，也就是宋朝文天祥殉國的地方。
不久，在台灣的鄭成功就得到了北京傳來的消息，知道父親被害，全家無一幸免。雖然這是意料中的事，但是身為人子，得知父親死訊，像是萬箭穿心，簡直痛不欲生。鄭成功沉痛地向大陸方向大聲喊道：“父親，如果您當初聽我的勸告不要投降，怎會有今天的殺身之禍呢？您當初為何輕信他們，否則也不至於身死異鄉，不得善終啊。”所有的鄭家軍都隨著鄭成功披麻戴孝，向鄭芝龍的亡靈祭拜。
父親被殺害後，鄭成功與清政府不僅有國仇，還有家恨，因此他決定忘記悲痛，努力擴充自己的實力。鄭成功是一個非常積極的人，不論遭遇到任何艱危險阻或處於任何的逆境，他總是充滿了雄圖壯誌，絕不灰心喪誌，向環境低頭。
鄭成功收複台灣後，打算發展海島貿易。第一步就是與現在的菲律賓通商，因此他先派了使者到那去。鄭成功希望能夠取得更多東南亞邊緣的島嶼後再向北向南發展，成就一個更壯大的海上勢力。
當時的菲律賓稱為呂宋，是西班牙在遠東的一個據點，他們希望以菲律賓為根據地，來發展遠東的貿易。菲律賓的華僑非常多，他們的勤奮對西班牙的商業，有著很大的幫助和影響。但是西班牙又害怕華僑勢力壯大後發生叛亂，就迫害他們，當時發生了好幾起集體屠殺華僑的慘劇。
鄭成功童年的時候一直生活在國外，小的時候就感受過華僑的不公平待遇。後來，鄭成功一直活躍在沿海地帶，他深深地了解華僑在國外所受到的不平待遇，知道華僑在國外沒有政府保護，獨自奮鬥的痛苦。因此他對在菲律賓遭受淩辱的華僑非常同情和關心，對西班牙的行為特別憤慨。他知道西班牙人在菲律賓島並沒有多強的軍事力量，於是就有了攻取菲律賓的打算，並借以擴大自己的軍事力量。
對於是否攻取菲律賓，在鄭成功的將領中有兩派意見。顏望忠、揚祥等人非常積極地希望鄭成功能夠攻打菲律賓；但是馮錫範卻認為最好不要這麼做，他認為首先是師出無名，這樣會給外國人留有鄭家軍是侵略者的印象；其次是擾亂地方，派兵攻打菲律賓，可能對當地的華僑一點好處都沒有；還有就是鞭長莫及，難以長期把守。但是鄭成功還是希望能攻下菲律賓，他決定先派一位使者前去考察一下。