（一）福音書故事的重述或改寫
小說中的四個“耶路撒冷章節”，它們是（總）第二章“本丟·彼拉多”、（總）第十六章“行刑”、（總）第二十五章“總督如此拯救加略人猶大”、（總）第二十六章“掩埋”，在小說第一部和第二部中各占據兩個章節。小說交代說，這是主角大師撰寫的一部“曆史小說”，它以片段的方式穿插在“莫斯科故事”的敘述之中，因此被稱之為“書中之書”。其內容是講述彼拉多將耶穌釘上十字架的故事，因此從神話學角度看，它的來源是清楚的，是對聖經福音書故事的重述或改寫。英美學界談到這一點通常用“重述”（retelling）這個詞，用來強調其神話學的意義，即大師文本與聖經文本的關聯和區分。
“耶路撒冷章節”是全書重要的組成部分，介入“莫斯科故事”和“魔鬼故事”的主體敘述之中，使小說的時空獲得不可思議的擴展，按照曆史時間是兩千年，按照啟示錄式的時間則又另當別論。因此，“耶路撒冷章節”帶來的不僅是時空跨度，還有人物、主題和情節結構的內在交互作用，涉及小說的主題和哲理意義，尤其耐人尋味。已有的研究可以說明，布爾加科夫的神話學來源非常複雜，但總的說來比較突出的是兩部分，一是“浮士德傳統”，二是“福音書故事”。小說對福音書故事的重述和穿插，使耶穌、彼拉多、該亞法、猶大和利未·馬太這樣的聖經人物變成小說中的人物，與大師、瑪格麗特、沃蘭德、無家漢伊凡等人物並置起來並發生聯係，這種做法堪稱是大膽而又別具一格。鑒於陀思妥耶夫斯基的“宗教大法官”，安德烈耶夫的“猶大”，還有麥爾維爾《白鯨》對“約拿”故事的改寫，布爾加科夫的重述不能說是沒有先例。但是他的這種“書中之書”的構想精密而又宏麗，就小說敘事學而論，成就非常突出。薩爾曼·拉什迪《撒旦詩篇》對於《古蘭經》的重述，便是直接受到《大師和瑪格麗特》的影響。加西亞·馬爾克斯的《迷宮中的將軍》，它對曆史人物的重述及其精細的細節模擬，也未嚐沒有受到“耶路撒冷章節”的啟迪。
照伊麗莎白·斯坦波克-法默的說法，“耶路撒冷章節”實質是“此書得以存在的理由”；就是說，它不像開篇讓人以為的那樣是附屬性篇章，而是“把貌似不相關的部分聯結在一起”；它“在故事中具有這樣的功能，不僅僅是成為大師毀滅的原因，而且也因為曆史故事的角色在‘真實生活’的故事中重現並影響情節的進程。”盡管從該篇的基本構成來看，三個層麵的故事，即，莫斯科真實生活層麵，魔法和幻想世界層麵，聖經曆史故事層麵，大致保持一種平行關係，它們之間得以聯結的樞紐卻是包含在第三個層麵的構建之中。大師創作曆史小說所引發的不僅僅是貫穿全篇的主幹情節，還有意識形態和主題學的衝突，所謂有神論和無神論，自由意誌和道德責任，光明和黑暗，真實和謊言，拯救和懲罰，等等，這些議題出現在對福音書故事的重述之中，隨著三個敘事層麵的交織展開，為該小說奠立主題學意義上的基石。
作者如何重述或改寫福音書故事，由此便成為一個引起關注的焦點問題，確切地說，是創作的寓言性質而非創作的技巧形式，首先會引起讀者的評議。有關耶穌上十字架的事件是福音書中的主要事件，對它的重述不可能不包含某種主張和思辨。如果說陀思妥耶夫斯基的“宗教大法官”仍還是小說家的一種虛構，那麼布爾加科夫的“耶路撒冷章節”則是對經書的直接改寫。對原有的形態進行保留刪減，加入新的成分，使讀者在兩個文本之間來回移動，並且受製於新的視角。在小說中，“耶路撒冷章節”誠然隻是一個組成部分，但是我們看到，這個部分牽涉的敏感性和複雜性本身也足以形成一個獨立的研究課題了。
科林·賴特的文章將有關福音書的改寫概括為三個基本方麵。“首先，耶穌成了一個孤獨者的形象，盡管有謠言圍繞著他，卻沒有吸引大眾的魅力，這是一個刪減了的寓言形態，他身邊隻有一個門徒，他矢口否認自己是以凱旋的姿態進入耶路撒冷。其次，他的門徒利未·馬太，捏造了有關於他的故事，歪曲了他的言論和思想，熱愛他，追隨他，以至於希望殺死他，以便結束他受刑的痛苦，並企圖親自掩埋他的屍體。其三，彼拉多要讓基督充分地相信，他將成為他秘密的朋友，並且殺掉猶大，而事實上他也是這麼做了。”與《新約》的四個福音書對照，上述三個方麵的敘述與經書都不相符合，甚至可以說，經書中一些核心的細節和情節都被改寫了。
關於耶穌被寫成一個孤獨者的問題，小說的英譯者邁克爾·格倫尼等人早就撰文指出，而且有很好的論述。科林·賴特的概括也許遺漏了比較重要的一點，那就是小說沒有表現耶穌複活這個事件。它有審訊、行刑和掩埋等詳細描寫，唯獨沒有複活。這個現象之所以不能被忽略，是在於它能夠以更為基本的性質闡明科林·賴特所概括的三個方麵，一言以蔽之，就是奇跡（miracles）的缺失，而神跡或奇跡是貫穿福音書故事的主要特點。哈羅德·貝克的論文認為，這種缺失是引人注目的。耶穌的身邊沒有門徒，也沒有大批追隨者和群眾，隻有利未·馬太一個人跟隨他，而這個狂熱的利未·馬太（也就是第一篇福音書故事的作者），形象近乎粗蠢，周旋於他形單影隻的導師和令人畏懼的總督彼拉多之間。當孤單的耶穌被帶去接受彼拉多審訊時，耶穌的形象第一次在書中出現，麵帶傷痕，顯得有些虛怯、脆弱，甚至微微有點滑稽色彩。先知的形象隻是表現為一個人而不是神；毋寧說，在此場景中他隻是一個遭遇強權的個體。
沃蘭德壓低聲音對“莫文協”的兩位會員說：“請你們注意：耶穌是存在過的。”那麼，這句話放在上下文當中，含義不是顯得很清楚了嗎？審訊場景是從他嘴裏講述出來的，而其講述的方式和基調也都在說明，他的故事試圖複活的是一個曆史場景，曆史性的人物與存在。耶穌是存在過的，就像康德是存在過的一樣。如果說，這種講述的來源多半隻能依賴於福音書故事，那麼通過深入一層的檢驗，我們不難發現其重述的意圖確實也包含著某種否定，即，對於福音書所宣揚的奇跡或神跡的否定，因此這種創作首先改變的是寓言性質，包含著任何經典戲仿或改寫必然包含的降格處理，將神示的事跡降格為曆史小說的創作，然後才有我們看到的“耶路撒冷章節”的技巧與形式，也就是學者通常所謂的“19世紀心理現實主義”描寫方式。瓦爾·波倫和喬安·德拉尼等人的文章表示，魔鬼宣揚耶穌是存在的，那麼魔鬼豈不是在做與其身份不相稱的事情？問題似乎應該這樣來看，沃蘭德以他所謂的目擊者的證詞嘲笑蘇聯公民的無神論，展示他令人匪夷所思的法力，這種做法確實是顯得有些悖謬，但他的證詞也並不代表正統的神諭，更多是站在人性的立場而非神性的立場描寫耶穌其人。因此嚴格說來，如果我們把沃蘭德視為靡菲斯特的話，他的言行也未完全逾越其身份。“耶路撒冷章節”的重述或改寫，不是一個具體細節和輪廓的增刪問題，而是意味著寓言性質的一種改觀，說明此書的創作者麵對同一個神學來源，所依據的是某種不同的思想意識或神學批評觀念。
萊斯莉·米爾恩指出，“耶路撒冷章節”對於耶穌的描寫，延續德國神學家大衛·斯特勞斯《耶穌傳》（1835）、法國神學家歐內斯特·勒南的《耶穌傳》（1863）、坎特伯雷大教堂教長威廉·法拉爾《基督傳》（1874）中所做的探索，而布爾加科夫的創作是從勒南的書中獲取耶穌的個性特征，其曆史細節以及彼拉多的描寫則來自於法拉爾的著作。艾迪斯·哈勃的論文中也指出，布爾加科夫擬將小說第二個完整修訂本交付打印是在19年間，他有一個題為《小說。材料》的筆記本，抄錄的曆史文獻中有勒南、斯特勞斯、法拉爾等人的著作，還有聖經神話批評學派的阿瑟·德魯茲《基督神話》（1910—1911）一書，而小說第一章中柏遼茲爭論說耶穌並不存在，通常認為這是來自於阿瑟·德魯茲的論調。籠統地講，聖經曆史學派的觀點否定福音書的曆史價值，認為它是曆史神話，耶穌隻是個曆史人物，而聖經神話批評學派則否定這種觀點，認為作為曆史人物的耶穌也並不存在，《新約》中講述的所有生平事跡，諸如處女受孕、作為彌賽亞的基督、基督騎驢進耶路撒冷、最後的晚餐、基督的死亡和複活，等等，都是利用基督教之前的各種宗教資源捏造出來的。這個從聖經曆史學派中發展出來的神話批評學派，其激進的否定論調在20世紀20年代的蘇聯頗受歡迎；阿瑟·德魯茲的《基督神話》，蘇聯官方是作為反宗教蒙昧主義教材大力加以傳播的。
如上所述，布爾加科夫的神學批評觀念主要來自於這兩個學派，在他的創作中已經體現出來。對耶穌的描寫主要是參照勒南等人的觀念，對柏遼茲的描寫主要是參照阿瑟·德魯茲的觀念，而柏遼茲和沃蘭德的交鋒代表著兩種不同的神學批評理論的鬥爭，這是布學研究中通常所持的一種看法。當然，諷刺作家對觀念素材的采納和運用是否如此涇渭分明，似乎還要另當別論。柏遼茲針對無家漢伊凡的說教，活脫脫是阿瑟·德魯茲觀點的翻版，認為曆史上根本沒有存在過耶穌其人。但是另一個方麵，與柏遼茲針鋒相對的沃蘭德，他提供的證詞也未嚐沒有聖經神話批評學派的痕跡，例如，耶穌審訊時矢口否認騎驢進京的事跡，這種否認還伴隨著對門徒利未·馬太的批評，認為後者歪曲自己的言論。從正統基督教神學的某個立場看，布爾加科夫的描寫多少令人感到震驚。就算這種描寫沒有否認福音書的曆史價值，卻也讓人對其記錄的真偽和性質產生懷疑。連唯一的門徒利未·馬太的羊皮書也不可靠，我們究竟能夠依靠什麼來確認這個寓言呢？拉克申也指出：“主人公難聽而粗俗的名字約書亞-伽-諾茨裏很難與莊嚴的教會名字相提並論。”
可以肯定地說，布爾加科夫既未采納也不讚同阿瑟·德魯茲理論的基本觀點，小說整體構思（包括“耶路撒冷”四個章節）可以說明這一點。耶穌的存在確定無疑，基督的神性在小說結尾部分仍被表現為最高等級的權能，而基督教有關寬恕和贖罪的觀念也是歸結全篇的宗旨。正是在這個意義上，布爾加科夫的處理接近於陀思妥耶夫斯基的創作，而不完全接近於斯特勞斯和勒南等人的著作，或者說與聖經曆史學派也有相當的區別，盡管他的創作受到這個學派的深刻影響；對耶穌及其門徒的描寫，對福音書神跡的刪減或否認，與其說是在否定福音書的神話性質及其核心意義，還不如說是在強調其重述（retelling）的意圖和野心，這是此類描寫令人感到震驚的第二個來源。通過陀思妥耶夫斯基已完成的“佐西馬長老”、“梅什金公爵”和未完成的“阿遼沙”等形象，我們看到類似的意圖和野心。基督精神的本質在這些形象中得到重塑與體現，通過現代小說語言（富於實證和心理學傾向）確認古老寓言的真諦，最終表現為理性的自由及其悖謬，其內在的指向是在於寓言的確定性而非寓言的虛假性。這也就意味著作家對經書的重述不同於一般意義上的戲仿，實質是一個再書寫過程，或者可以說是一個擬寫偽經的過程，從對原始資料的鑒別之中建立起來。布爾加科夫的“耶路撒冷章節”對此表現得更為明顯。像陀思妥耶夫斯基一樣，布爾加科夫的“心理現實主義”歸根結底還不在於曆史意義的確認，而是寓言意義的確認，說得更清楚些，是在於基督神話或新神話的某種構建，其核心仍是對於基督神性的闡述和弘揚。離開了這一點，小說結尾部分的章節便是站不住腳的，它的啟示錄式的彙總也就不可能真正確立起來。
一個沒有複活和神跡的耶穌如何能夠傳達基督的神性，這個聖經曆史學派遭遇的問題，在“耶路撒冷章節”中同樣也要遭遇到。哈羅德·貝克的文章認為，“耶路撒冷章節”雖然沒有寫到複活，但小說的結局是有處理的。這個問題我們在論述“大師小說”的主題意義時還將做出探討。去除了神跡或奇跡的耶穌，從這個形象單獨的描寫來看，其描寫所具有的諷喻色彩是毋庸置疑的。耶穌沒有親屬，也不知其出身和來源，隻知道父親是敘利亞人。他是一個孤獨的流浪漢。審訊時他害怕猶太人要殺害自己，懇求彼拉多釋放他；行刑時“他的臉上落滿了蒼蠅和牛虻，活像是戴著一副不停蠕動著的黑色假麵具”。所謂耶穌被刻畫為一個孤獨者的形象，這不單單是指基督身邊沒有了門徒和大批群眾追隨者，主要還是指這個福音書裏的形象出現在了心理和曆史的廢墟之中，有關他的生平故事已經被置換為一個諷喻的寓言，而這才是“耶路撒冷章節”改變寓言性質的一個關鍵，它不是從曆史的印證而是從曆史的諷喻，即從心理和曆史的諷喻立場展開描寫，因此其描寫的重心也在一定程度上被轉移了，被置入當下曆史的這一刻的存在之中，和心理上的焦慮和病症發生聯係。換言之，我們閱讀布爾加科夫的耶穌故事，不可能離開布爾加科夫的彼拉多故事，甚至也很難能夠離開另一個層麵上發生和展開的莫斯科故事，否則它便是不完整的，會丟失其諷喻所包含的聯係性和暗示性。小說家對於曆史當下性的強調，這種把曆史視為心理和存在的廢墟的觀點，其實是暗暗接近於果戈理和陀思妥耶夫斯基的敘事立場，與斯特勞斯和勒南所代表的曆史學派的科學觀點還是判然有別。
（二）“書中之書”的對應關係
曆史的諷喻在單個故事當中是通過耶穌和彼拉多的情節聯係起來，在整部小說當中是通過與其他故事層麵之間的對應關係建立起來。論及“耶路撒冷章節”的寫作，大部分專題研究首先要談到的便是這種對應和象征的關係。既有細節和意象之間的對應，也有人物和主題之間的對應，它們寓含在小說文本精密的構想之中。
這個方麵的研究和揭示，有些做得較為審慎，有些則顯然比較大膽，發展為文本內部無處不在的一種考據。首先，伊麗莎白·斯坦波克-法默的研究認為，布爾加科夫讓兩個層麵的故事對應起來的意圖是顯而易見的，從逾越節春滿月周的星期三到星期六晚上，情節持續四天，大師的小說是從星期五早晨開始，但星期三黃昏的事件（猶大出賣約書亞的陰謀）和星期四的事件（猶太教公會的判決）得到敘述；莫斯科故事是始於星期三下午，柏遼茲解釋說耶穌並不存在，而撒旦在這個時候現身。星期四和星期五，撒旦扮演的眾判官在耶路撒冷行使權力；在莫斯科，撒旦把雜耍劇院攪得天翻地覆。在大師的小說中，星期五是本丟·彼拉多和該亞法犯下罪孽的一天，也是約書亞被處決的一天；根據基督教傳統，星期五是耶穌受難日，這一天死者從墳墓裏出來與人見麵，巫婆聚會，而撒旦的時間不多，須加緊行動，這天晚上，耶路撒冷的叛徒猶大被殺死，而在莫斯科子夜時分，告密者邁格爾男爵被阿巴頓處決。大師的小說是結束於星期六早晨，但主人公的命運在小說中沒有解決；星期六夜晚在莫斯科，魔鬼必須離開人間返回地獄，根據基督教傳統，耶穌在他死後和複活之前要下到地獄，釋放那些配得上釋放的人，在小說中，三個層麵的故事隻有在這個時刻彙合了，約書亞，現在已從大師的想象之中獨立出來，派遣使者訪問沃蘭德，這樣本丟·彼拉多及其創造者大師的命運將同時得到解決，兩個故事將一起結束，彼拉多走向光明，大師找到和平，而撒旦及其隨從在複活節日的拂曉前那一刻投入深淵。
斯坦波克-法默講的是小說整體的時間安排，它包含著一個來自基督教傳統的時間框架，這一點愛德華·埃裏克森的那篇文章中也講到了。這兩篇論文都提到，根據東正教傳統以及流行的《聖母下地獄》（The Virgin’s Visitto Hell）一書的主題，複活節之前一周受難周（Passion week）的最後幾日，地獄中的罪人被允許暫緩判決。《聖母下地獄》講述耶穌母親滿懷憐憫，為萬劫不複的罪人向兒子乞求寬恕。斯坦波克-法默的文章指出，歌德《浮士德》中也采用這個情節，天堂中的葛麗卿和其餘三位“大罪人”向聖母乞求超度浮士德靈魂，而在布爾加科夫小說中扮演這個角色的是瑪格麗特。這裏指出東正教傳統的介入和影響，這對於理解小說情節安排和時間布局是很重要的提示。“耶路撒冷章節”與莫斯科故事在時間上無疑構成對應關係，而這種安排所暗示的象征意義也不能算作是研究者的附會，小說對基督教時間框架的采用本身已經說明，兩個故事的情節大致是按照罪孽、懲罰、審判和寬恕的主題加以構造並使之對應起來。
其次，科林·賴特的文章指出，個別母題不斷重複出現，在兩個層麵的故事中構成對應。例如，鮮血的母題貫穿整部小說，彼拉多那件有血紅襯裏的披風，魔鬼和瑪格麗特喝邁格爾男爵的血，瑪格麗特在血池中洗澡，等等。玫瑰和玫瑰油的氣味，將彼拉多、大師和瑪格麗特以及撒旦的舞會聯結起來。還有“飲鴆而死”的念頭，分別出現在彼拉多、格裏鮑耶陀夫、瑪格麗特的描寫中，而最後描寫大師和瑪格麗特被鴆酒毒死，他們喝下的正是彼拉多喝的那種酒。另外，暴風雨的母題在小說中出現，總是預示著人間的災難，出現在基督行刑之時和彼拉多大怒之時，出現在大師焚燒手稿和瑪格麗特到來之時，出現在診所裏的伊凡處於精神分裂症之時，最後出現在大師和瑪格麗特告別莫斯科之時。更明顯的還有關於月亮的母題，將曆史的、“真實”的和幻想的層麵聯結起來。滿月長期以來被看做是對人類行為有影響，與巫術的元素相一致，但除此之外，它在小說中更多是被用於暗示日常生活之外的某種事物的出現，例如，彼拉多和基督行走的那條月光路，還有柏遼茲死前幾秒鍾瞥見的那輪金黃色的圓月。兩個故事中那種酷熱的天氣也包含著對應，牧首塘公園和大希律王宮殿，柏遼茲的幻覺和彼拉多的幻覺，這些細節之間有著細膩的對應關係。
除了時間結構和各種母題的對應之外，還有人物和主題的對應，這個方麵的研究說法頗多，爭議較大，尤其是關於人物形象之間的對應關係，眾說紛紜，除了在極次要的人物之間找到對應之外，還在兩個故事的主要人物之間找出各種類型的配對，有沃蘭德-彼拉多（或拉通斯基-彼拉多）、大師-約書亞、無家漢伊凡-利未·馬太，甚至還有瑪格麗特-阿夫拉尼，等等。
以大師和約書亞而論，艾迪斯·哈勃的文章認為，兩者的對應關係顯而易見，兩人都是孤獨的個體，追隨內心理想，與當權派教條扞格不入；兩人幾乎都具有神奇直覺力，得以捕捉常人未見的真理；羅馬猶太教公會和蘇聯政府所豢養的文學界，都害怕這種代表真理的聲音，感覺到對現有秩序的威脅，試圖通過迫害擁有真理的個體而將其禁止。科林·賴特的文章也持相同的觀點，並且認為大師沒有名字，因而代表所有真正的藝術家，而約書亞自然也可被看做是一位“大師”，實際上，所謂基督、浮士德和大師，隻是同一個概念的不同側麵而已。但是，《布爾加科夫傳》的作者艾倫達·普勞弗不讚成這種觀點，認為大師和約書亞除了都遭遇迫害之外並無共同點。加裏·羅森希爾德的文章也認為，將彼拉多和柏遼茲相提並論是錯誤的，兩者之間極少存在共同點，而約書亞和大師之間所謂的相似性充其量也是膚淺的，此外，“戲仿”一詞在對應關係研究中用得太濫，批評家經常提及格裏鮑耶陀夫晚宴與“最後的晚餐”之間的戲仿關係，其實是對於後者的一種褻瀆，而大師這個人物也絕不可能是對基督的戲仿，除非布爾加科夫是用大師來嘲笑基督。對此，馬特·奧賈的文章總結說，艾倫達·普勞弗的觀點較為中肯，認為布爾加科夫的有些對應處理其實是虛假的或是諷刺性的，在功能上和角色上強調膚淺的相似性，是為了凸顯道德性格的更重要的區別，而這個觀點尤其適用於四個核心人物的研究，也就是說，表麵上邪惡的莫斯科人物沃蘭德，道德上遠比彼拉多更接近於約書亞；那位被認作是主角的大師，其道德上的軟弱無力不像約書亞而像彼拉多。
類似的問題在關於“浮士德影響”的研究中也碰到過，涉及兩個文本或兩個故事的對應關係研究，係統化闡釋的要求容易發展成為某種無處不在的比附和配對，好像布爾加科夫用了《浮士德》，他的小說中就一定會有浮士德、靡菲斯特和葛麗卿的化身，因為處在同一個時間框架之中，“耶路撒冷章節”的人物似乎也就一定會在莫斯科故事中找到嚴格對應，而像瑪格麗特這樣明顯找不到對應的，馬特·奧賈的文章便將她與阿夫拉尼扯上關係，甚至還有人將拉通斯基和彼拉多配成一對，確實有點像是在鑽牛角尖了。認為基督、浮士德和大師隻是同一個概念的不同側麵，這是在抹煞人物之間本質性的區別。認為柏遼茲是對施洗者約翰的戲仿，而格裏鮑耶陀夫晚宴是對基督“最後的晚餐”的一種戲仿，這種比較的基礎是不能成立的。認為大師道德的軟弱更像彼拉多，而沃蘭德在道德上更接近於約書亞，這些說法其實也是有欠審慎。
艾倫達·普勞弗談到《大師和瑪格麗特》時說：“所有場景和角色當中存在著如此繁多的對應，隻有那些最無可爭議的看來才值得評論。過了某個時刻之後，種種對偶和對應關係也便不具有意義了。”按照安德魯·巴雷特的看法，人物對應研究中那種係統化闡釋的要求，實質是“一元論”（monistic）傾向的體現，試圖將兩個層麵故事視為同一個“大師故事”（master story）的變體或雙重演繹。事實上，布爾加科夫在不同層麵的故事中設置種種對應關係，時間、意象、細節和母題重複出現，造成結構上若斷若續的聯係，本身也是試圖避免詮釋的結果過於對稱。人們在幾個主角之間尋找對應，其結果是在尋找人物形象的類同化傾向，而這種傾向肯定不是小說作者的追求。個別細節、意象和母題的重複出現，這對於敘事體文學而言，其功能也隻是點綴性的，不會混淆故事之間的區分，而人物形象和性格的同一性追求，恰恰會在整體上毀掉對應關係，毀掉不同故事之間的區分和平衡。再說，故事的主角將要在結尾部分彙合，這種彙合的力量和前提不可能建立在同一性的基礎上，否則，它內在的敘事空間未免就太狹窄了。