製海權掌握在德軍手中後，英軍陷入被動挨打的境地，弗賴伯格知道守不住克裏特島了。弗賴伯格向韋維爾請示，請求及時撤退，否則島上的盟軍將全軍覆滅。丘吉爾認為克裏特島上的盟軍拖住德國空軍的每一小時對於處於危難中的北非英軍都是十分必要的。
丘吉爾命令英海軍組織兵力增援克裏特。由於德空軍掌握了製空權，英海軍隻能在夜晚偷偷地向島上增援部隊，每次隻能送去很少的部隊。島上的盟軍的戰鬥意誌不管有多強都不能扭轉敗局，盟軍若能及時撤退還能保存一些實力，丘吉爾隻好同意從克裏特島撤軍。
德軍和意軍控製了蘇達港等北部港口，盟軍隻能從南部的斯法基亞海灘撤軍。
盟軍各部隊從全島各處步行通過田野、丘陵和河流，向南部集結。要趕到斯法基亞，必須走過一條危險的小道，爬過幾座幾乎垂直的懸崖，很多盟軍官兵因不擅長攀登而摔死，德軍飛機也持續地轟炸和掃射。
26日晚，萊科克指揮兩個營負責後衛的任務，頂住了德軍地麵部隊的瘋狂追擊。5月28日夜晚，英地中海艦隊和商船把盟軍護送到埃及和巴勒斯坦地區。31日，盟軍已經有1.7萬人安全撤離了。
在撤退過程中，英地中海艦隊的1艘巡洋艦和3艘驅逐艦被擊沉，2艘巡洋艦和1艘驅逐艦受到重創。另外，盟軍仍有6000多人成為德軍的俘虜。6月2日，德軍占領克裏特島。到克裏特作戰結束時，德國第8航空軍共擊沉英巡洋艦4艘、驅逐艦6艘、掃雷艇1艘、反潛驅逐艦3艘、魚雷快艇2艘、登陸艇19艘和汽艇2艘。另外，英國還有很多軍艦受創。
以亞曆山大港為海軍基地的英地中海艦隊能夠參戰的兵力隻剩2艘戰列艦、3艘巡洋艦和8艘驅逐艦。
克裏特島登陸戰役長達12天，德軍獲得了入侵北非、蘇伊士運河和中東的跳板和前進基地，保證了德軍向蘇聯進攻的側翼安全。
但是，德軍也付出了巨大的代價。德軍損失了400架飛機和1.5萬人，包括德國第7空降師的5000名傘兵。
但是，原定的以克裏特島為前進基地，在北非登陸，與隆美爾的“非洲軍團”共同向北非英軍發動鉗形攻勢的戰略計劃沒有實現。
克裏特島被希特勒棄之不用，因為德軍同時在蘇聯、西歐、北非3個戰場上作戰，實在沒有力量在北非開辟第二戰場。英國在克裏特島的抵抗，拯救了馬耳他，經過克裏特空降作戰後，德國沒有空降部隊了。希特勒雖然授予斯徒登特“鐵十字勳章”，但卻認為傘兵已經過時了，空降作戰太得不償失了。結果，希特勒沒有重建空降兵部隊。英軍在克裏特島防禦中吃盡了德空降兵的苦頭，立即擴充空降兵部隊，成立第一支空降軍。
此次攻島之戰對空降作戰理論的發展具有深遠的意義。
§§第三章 激烈的爭奪