希特勒作出這一決定的理由是，蘇聯是德國最大的敵人。德國吞並蘇聯後，地中海的北非英軍將不堪一擊，等到德國的新型潛艇大量服役，資源貧乏的英國遲早會投降的。
4月25日，希特勒正式下達攻占克裏特島的第28號命令，日期為4月30日，後來改為5月19日。
德國最高統率部計劃以空降兵為主發動空降作戰。第4航空隊包括斯徒登特中將的第11航空軍和裏希特霍芬中將的第8航空軍。
第11航空軍是空降兵部隊，下轄10個空軍聯隊，擁有600架運輸機、100架滑翔機、1個偵察機中隊、1個第7空降加強師，總兵力約為2.5萬人。
第8航空軍擁有223架轟炸機、305架俯衝轟炸機、230架戰鬥機、50架偵察機，基地位於希臘和保加利亞，可以從希臘南部和愛琴島向克裏特島發起空襲。另外，駐紮在北非第10航空軍將隨時支援第8航空軍。
“水星”計劃以空軍為主，陸軍和海軍為輔。
“水星”計劃由戈林任總指揮，其中空中作戰由勒爾指揮；參戰部隊還有海軍舒斯特爾將軍的東南艦隊；傘兵由薩斯曼上將指揮。空降司令部位於希臘首都雅典。
馮·裏希特霍芬是世界級的王牌飛行員，他的第8航空軍在占領法國時立下了大功。
東南艦隊擁有70艘艦船和200艘摩托艇，載運第6山地師的1個營，第7空降加強師的勤務部隊、重型裝備和補給品，第5山地師及其武器、裝備和補給品。東南艦隊還負責為攻占克裏特島提供海上支援。
司徒登特依據在挪威和荷蘭的空降作戰經驗，認為應該在多個目標空降，造成英軍的混亂，直到占領克裏特島。勒爾認為應該集中兵力在馬利姆和卡尼亞空降，集中兵力對付英聯邦軍隊。
戈林對他們的方案進行了折中，決定把空降部隊分成西部、中部和東部三個戰鬥群。
滑翔突擊團為西部戰鬥群，在馬利姆空降，占領馬利姆港和機場；第7空降加強師的傘兵第1團和傘兵第2團2營為東部戰鬥群，在伊拉克利翁空降，占領伊拉克利翁機場；第7空降師的傘兵第3團和第二團為中部戰鬥群，在雷西姆農和卡尼亞空降，占領機場、卡尼亞和蘇達灣；第5山地師由預備隊機降或由東南艦隊運送。傘兵由第7空降加強師師長薩斯曼統一指揮。
由於飛機太少，空降作戰被迫分批進行，第一批運送滑翔突擊團和傘兵第3團；飛機返航後運送傘兵第1團和第2團。然後預備隊機降第5山地師。
4月25日，意大利軍隊在北非發動了強大的攻勢，以阻止英軍從埃及抽調部隊，支援克裏特島；第11航空軍從德國乘火車，通過羅馬尼亞，坐卡車趕到希臘；運輸機返回德國進行檢修；疏通航道，用卡車將燃油運往機場、海軍基地；空降部隊頻繁地進行演習；大批德機對克裏特島的機場和防禦工事發動了猛烈的空襲。