對保國會首先公開進行攻擊的是吏部主事洪嘉與。洪嘉與原是一個守舊的官吏，保國會成立後，他欲趨新並結識康有為，曾三次拜訪康有為，康有為都不在，而他所留下的地址，守門人也忘記告訴康有為。洪嘉與以為康有為瞧不起自己，心中積氣越來越大，乃到處造謠誹謗。其時康有為的活動確實太頻繁，應酬太多，一般的訪客來或不能見，或不能答拜，故多有怨者，但康有為並不在意。一日浙江舉人孫浩前來拜訪洪嘉與，想走洪嘉與的門路考新開的經濟特科。洪嘉與見機會來了，於是就慫恿孫浩說：“當今主考官非常恨康有為，你如果抨擊康有為必可舉特科。”孫浩一聽十分高興，欣然同意，於是先上《駁保浙會折》，後由洪嘉與代草《駁保國會章程》，對保國會的30條章程逐條批駁，並對康有為大肆進行人身攻擊，稱康有為為“地方大光棍”，意欲做“民主教皇”，邪說誣民，搖動人心，形同叛逆，辯言敵政，莫此為甚。洪嘉與將該文印製千冊，以孫浩的名義遍送京中大員顯要。守舊官員得此十分高興，並借勢一齊來圍攻康有為和保國會，於是謠言也沸騰不止，對康有為和擁護者進行攻擊的奏折如雪片般地飛進宮中。
正當康、梁在京“開堂設講”，組織保國會時，清廷駐日公使裕庚忽有密函致總署，密告流亡日本的革命黨人孫中山在橫濱開中西大同學校，專與時務報館諸人通聲氣，在新舊鬥爭日趨激烈的當時，此事若為守舊分子所獲知，對時務報館及維新派將會產生極為不利的惡果。汪大燮從張元濟處得知消息後，急忙求助於總理大臣張蔭桓，“言獄不可興”，請設法從中斡旋。張蔭桓亦深知大學士徐桐因保國會事正欲舉劾康、梁，總署中又有人欲興風作浪。關鍵時刻，他遂與翁同（為掩飾，以防事態惡化。張蔭桓還親自告訴康有為實情，“密囑康、梁諸人弗再張皇。”但康、梁仍心有餘悸，“終日不安。”可以斷定，裕庚來函一事打亂了康、梁開展保國會的正常活動。
裕庚致函總理衙門反映孫中山與時務報館諸人相通的情況，是有一定背景和根據的。1894年初，孫中山在廣州雙門底聖教書樓懸牌行醫，而康有為也講學於廣府學宮萬木草堂，與聖教樓相距很近，時常到聖教樓購書，尤好瀏覽西學譯本，凡上海廣學會出版之書報無不盡量購取。孫中山見康有為有誌於西學，視為同道，欲與之結交，並托友人向康有為轉達其意。康有為其時門生很多，而孫中山比康有為年輕，故他認為孫中山不能與自己平輩相交，如欲相交，須先具門生帖拜師後才行。孫中山覺得康有為未免太狂妄自大了，於是不願與他相交。這樣，中國近代史上兩個重要人物因康有為的自傲而失去了一次相交的機會。
當時孫中山的想法與康有為相近，也是試圖走自上而下進行變法改革的道路。1894年春，孫中山精心撰寫了一篇《上李鴻章書》，全麵闡述了他對中國進行改革的主張，其中心思想是向西方國家學習，改革教育製度，培養新式人才，采用先進科學技術，發展農工商業，以期達到國家的獨立與富強。孫中山到天津去找李鴻章，通過李的幕僚將上書呈遞給李鴻章，但李鴻章借軍務繁忙為由拒絕接見這個名不見經傳的青年人，也不理睬他的上書。此次上書的失敗，一度使孫中山感到失落。但隨之而來的中日戰爭慘敗，使孫中山看到了清朝政治的腐朽黑暗和不可救藥，“知和平之法不可複施”，於是他毅然選擇了另一條道路，高舉起反清革命的大旗。
1894年11月，孫中山在檀香山華僑中創辦了中國第一個資產階級革命小團體――興中會，提出了“驅逐韃虜，恢複中華，創立合眾政府”的革命綱領，即用武裝革命的方式推翻清王朝，建立資產階級共和國。次年2月，孫中山在香港成立興中會總部，並將革命提上日程。
當康有為正為強學會的建立奔走呼號時，孫中山在香港與楊衢雲、謝纘泰等人發動會黨準備於10月26日在廣州起義，奪取政權，建立臨時政府。孫中山在廣州成立了興中會分會，以“農學會”為名進行掩護。孫中山知道康有為及其門生都有誌於改革中國，於是又托人邀請康有為的學生參加，康有為當時雖然沒有在廣州，但其學生知先生反對暴力，以有違師命而拒絕。孫中山所領導的這次廣州起義因缺乏周密的組織和準備，並出現了叛徒告密，清政府采取了緊急措施，起義還未發動就失敗了，陸皓東等數十名起義參加者被捕後犧牲，孫中山被迫逃離廣州，流亡日本。
孫中山在1895年乙未廣州起義失敗後，被迫流亡國外。清政府曾多次試圖通過外交途徑與各國當局交涉，急盼將其引渡回國，但始終未能成功。1897年8月孫中山第二次到達日本後，清政府遂令駐日外交官員對其活動嚴密監視，及時具奏。裕庚此函便是孫中山在日活動探查後的一次奏報。