又在四月十七日給軍機大臣等的上諭裏說：
何圖將不知兵，士不用命，畀以統之任而憤事日深，予以召募之資而流民麇集，遂至海道陸路無不潰敗，延及長城內外，險象環生。
封建社會的募兵製腐敗不堪，導致流民麇集，盡是烏合之眾，這樣素質低劣之士兵，在戰場上必然是風聲鶴唳，一挫即潰。更為嚴重的是募兵製使將帥把家族、同鄉的宗法製度移植到軍隊建製，成了地方軍閥和高級將領的私兵，曾國藩募湘軍，李鴻章募淮軍便是他們實力的基礎。在中日戰爭中李鴻章敢於抵製光緒帝的戰略指令，除了有慈禧太後作為靠山之外，另一個原因，就是他所控製的北洋海軍和淮軍是他的私兵，惟李鴻章命令是從，隻知李相而不知皇帝。殊不知，清朝軍事製度的腐敗，戰鬥功能的喪失僅是清朝封建統治製度腐敗的一個縮影，作為清朝封建製度的最高統治者的光緒皇帝當然是不可能反省到這一根本點上去的，他隻能從具體的，一個方麵去反思，去考慮加以糾正與克服，他反複指出，要從“練兵籌餉兩大端實力研求”。“鹹知練兵籌餉為今日當務之急”，盡管對練兵籌餉的“實力研求”是治標不治本的措施，但總算涉及到製度的外圈，再深一層下去必將促使從製度上加以改革，所以改革軍事製度也是後來戊戌變法中的一個方麵。
《馬關條約》的簽訂，李鴻章成了全國上下同聲唾罵的眾矢之的，“疏彈合肥章以百計”。將中日戰爭的失敗和《馬關條約》的簽訂，歸罪於李鴻章一身，光緒帝也是這樣反省的。六月初八日，李鴻章回京請安，光緒帝當麵指責他“失民心，傷國體”，這樣“詞甚峻厲”的斥責，不僅指的是他沒有在日本為拒絕割台而據理力爭，而是對他在中日戰爭中一意主和，貽誤戰機鑄成敗局而發出的憤怒。李鴻章一意避戰求和的錯誤方針，成為戰爭失敗的關鍵，這是曆史事實。戰前坐視日軍在朝鮮布置陣營，占據有利形勢而不采取相應對策，造成豐島、成歡初戰失利；戰後平壤陷落、遼東敗北；旅大拱手讓敵，威海衛北洋艦隊全毀。戰局敗定後，李鴻章竭力主張向日本屈辱求和，不惜巨額賠款和割地簽訂《馬關條約》，這一切確實是他避戰求和的錯誤方針所鑄成的結果。然而，李鴻章始終推行這一錯誤方針，並非偶然，一是為了保存他的政治資本――淮軍和北洋海軍，視軍事為私事，結果碰上了凶惡的對手日本軍國主義，他苦心經營幾十年的軍事力量盡付東流。二是，避戰求和是慈禧太後在中日戰爭時期總的旨意，李鴻章在戰爭中的一切重大決策都按慈禧太後這一旨意運行，所以平心而論，李鴻章還不能算是導致這次戰爭失敗的罪魁禍首，真正的罪魁禍首是掌握清朝最高實權的太上皇慈禧太後。戰前挪用海軍經費建造頤和園的是她。據考證這筆挪用總數達1200萬至1400萬兩之巨，影響北洋海軍1888年後未購一新船、未添一新炮。而日本當時擁有的21艘戰艦，其中有9艘是1888年後新添購的，時速和炮火威力遠勝中國海軍，致使黃海激戰時，敗於敵手。戰爭爆發前後一心於壽辰慶典的籌劃，力主避戰惟恐壽辰掃興的也是她。中日戰爭的關鍵時刻，光緒二十年的九、十月間，正是清廷以慈禧太後六十大壽的籌備和慶典壓倒一切的重要時期。當日軍已在花園口登岸正向旅順逼進的時候，慈禧太後還在大事做壽，京內外王公大臣、督撫疆吏貢獻壽禮，舉行隆重的慶祝儀式，粉飾太平，極大地牽製和分散了清廷的精力和財力，渙散了軍民鬥誌。九月初九日壽辰大典即將舉行，萬壽宮裏演戲三天，從樞臣到部院京堂都要陪著她聽戲，光緒帝對此極為反感。當天戰情十萬火急，光緒帝召樞臣指示戰略，“審諭極急，並雲不可早散，又雲聽戲三日，諸事延擱，不可不到也。”後期力主屈辱求和的更是她。李鴻章官複原職，並召京麵授機宜，作為清政府全權代表赴日本議和，都是由慈禧太後拋開光緒帝而獨自做出的決定，最後她還支使孫毓汶、徐用儀逼著光緒帝批準和約。慈禧太後是避戰求和方針的最高決策者，而李鴻章則是慈禧太後旨意的具體執行者，在某種程度上講他遭舉國唾罵，為眾矢之的，是做了慈禧太後的替罪羔羊。光緒帝心裏很明白，但又不敢公開譴責，這就是康有為所說的“皇上之苦衷迫逼之故，有難言之隱矣”。光緒帝的難言之隱，後來他在答複張之洞關於“遷都再戰”的奏章中作了隱約的透露，他說：“20餘年來，慈闈頤養，備極尊崇，設使徒禦有驚，則藐躬何堪自問。”因為20餘年來光緒帝一直是西太後手中的傀儡，這次更害怕“有驚”皇太後六十慶典，光緒帝隻得忍氣吞聲，聽任她的獨斷專行，他在戰後的反省中粗淺地觸及到了清朝全部症結的要害。