此時，美國公使華若翰沒有離去，見英、法侵略者已經戰敗而逃，便偽裝得更加恭順。6月29日他就在給清政府的一份照會中，請求由北塘進入北京，以完成換約使命。在這份照會上，華若翰還玩弄了一個小花招，為了表示美國對中國一貫友好，在大沽口之戰發生前就準備由北塘進入北京了，竟然將日期填寫為6月24日。而清政府在大沽口打敗英國人和法國人以後，似乎是出了一口氣，雖然也知道美國人曾幫助過英國軍隊，但是仍然將米麵、豬肉、羊肉等食物送到美國船上去，有意識地表現出寬宏大量的態度，準許華若翰由北塘入京。
7月8日，華若翰與恒福在北塘會見，受到相當隆重的接待，並得知恒福已為他前往北京做好各項準備工作。在交涉中，雙方討論的主要是乘轎還是乘車進入北京的問題。這種小事所以會成為問題，主要責任要由在華的美國“中國通”們來負。因為在《南京條約》簽訂以前，外國人在中國不得乘轎，而在各城市中所見到的中國官員又都出入坐轎，所以“中國通”們便認定乘轎是地位崇高的一種象征。於是北上換約時，華若翰隨船自備了綠色、藍色呢轎各一頂。他堅決要求乘轎進京，目的是要避免受中國的輕視，被當成屬國。清朝政府的官員們則拒絕了華若翰的要求，理由很簡單，北塘是個偏僻的海口，雇不到他所需要的16名轎夫；而清朝文武官員到這裏，也都得乘馬。華若翰無奈遂也隻好放棄乘轎進京的打算。臨分手時，華若翰拿出一封信，請恒福轉交給北京的俄羅斯館。
7月16日，華若翰收到恒福的一封信，正式通知他：鹹豐皇帝已降下諭旨，允許美國使節在19日以後隨意選擇任何日期前往京城，在那裏等待欽差大臣，並和他們進行條約的互換儀式。清政府已指派鹽運使銜清河道崇厚、副將銜候補參將張秉鐸作為美國公使晉京護送人。20日華若翰及隨員一行30人離開了北塘，乘大車到達北倉，然後乘船到通州，再坐大車前往北京為他們準備好的住所。28日華若翰到了北京，住在城外的一所衙門裏。清政府在這所衙門所在的胡同口築起街壘，攆走鄰近的全部居民，崗哨裏裏外外地將使團圍住。既不許與外國的任何人接觸，又不許騎馬外出，甚至外出購買食品也遭到禁止，而由清政府免費提供，也不許與在北京的俄國人通信、會麵。在華若翰的抗議下，才獲允步行外出。美國公使為何受到這樣的待遇？因為清朝政府官員們對美國公使入京的真正動機有著種種猜測。特別是在大沽口之戰中建功的僧格林沁對美國公使的行動深感不安。首先，在大沽口之戰中，俘獲過一名美國人，而美國人也曾聲援、協助過英國人，有與英、法比黨國謀之嫌。其次，美國公使尚未進京，就急於與設在北京的俄羅斯館通信聯係，存在著美、俄聯合煽動挑起事端的可能。清政府同意華若翰進京換約，並不是對美國公使的要求一味遷就。
中美雙方談判的第一個問題就是美國公使華若翰如何覲見鹹豐皇帝。由於桂良等欽差全權大臣認為在未覲見皇帝以前，美國公使隻能暫時住在城外，所以這個問題就顯得十分迫切了。但是在覲見的儀節問題上，雙方發生很大的爭執。華若翰堅決拒絕采用中國人拜見皇帝時所行的那種磕頭禮，雙方為此爭吵不休，結果，桂良等人隻好讓步，表示華若翰可以不磕頭，但是必須雙膝下跪。華若翰仍然反對。經過一番討價還價，桂良等人遂又不得不再次讓步，答應華若翰屈一膝即可，可是仍被拒絕。華若翰說：“我僅對上帝和婦女下跪。”桂良急忙答道：“中國的皇帝跟上帝一樣。”最後，華若翰表示他隻能按照外國使節覲見美國總統時所采用的鞠躬的禮節。這使桂良等人根本沒辦法接受，於是雙方僵持不下。為此，華若翰也隻好放棄覲見鹹豐皇帝的要求。但是，他卻堅持要按照中英《天津條約》的規定，在北京換約。本來，中英《天津條約》尚未生效，美國想援例也是不可能的。可是鹹豐皇帝卻很體諒美國公使華若翰航海遠來的辛勞特別準許將和約用寶，發交直隸總督恒福，在北塘海口換約。這樣美國公使華若翰在北京度過半個多月像被禁閉一樣的日子，8月12日，離開了中華帝國之都――北京，返回北塘。8月16日，他與直隸總督恒福在北塘換約。
8月24日，華若翰抵達上海。雖然英國、法國公使過去曾對華若翰很不理會，甚至還時常譏笑。但這次則不同，一連數日，他們都聚在一起密談。本來，在北京交涉時，桂良曾經向華若翰特別聲明：因為清政府不僅僅是向美國一個國家開放通商口岸，而與英國、法國尚未換約，為了保持一律，要等與英國、法國簽訂的條約生效後，一起實行新章。當時華若翰對此並未提出異議。可是到上海後，經過和英國、法國公使的密談，華若翰馬上改口，提出應照新章開市的要求，並立即開放潮州、台灣兩地。此外，他還要求會晤何桂清。何桂清立即答應在昆山與他會見。這時，清政府對華若翰所提出的要求做出反應：完納船鈔一項可以立即實行；新開口岸之事，等到英國、法國換約後再辦。
華若翰與何桂清會見後，即赴日本。10月17日他從日本回來後，便派翻譯丁韙良拜會蘇鬆太兵備道吳煦等人，提出三項要求：
一、將美國互換條約及先照新章征船隻噸鈔，開放潮州、台灣等口岸之事，通行沿海各口遵照。
二、照新章，即日定期征完船隻噸鈔。
三、於兩個月之內，準開潮州、台灣兩口。
吳煦起而駁斥。丁韙良則狡辯道：以前所說暫緩施行的是在上海議定的中美《通商章程善後條約》，而不是中美《天津條約》。雙方為此發生激烈辯論。最後丁韙良表示：清朝政府隻要答應這三件事，《天津條約》其餘條款均不必提及。於是兩江總督何桂清上奏鹹豐皇帝，提出自己的主張：在潮州、台灣兩地，各國私下早就開始了商業上的貿易活動，不如開放為好。鹹豐皇帝認為美國請求開放潮州、台灣兩口，表明它對清朝、對皇帝尚心存恭順，實在難得，所以答應潮州、台灣開市，英國、法國也可以前往貿易。隻是英、法兩國還未換約，稅則斷不能任其牽混。
11月3日，何桂清在昆山與華若翰舉行會晤，通知美國公使，中國答應美方提出的三項要求，其他緩辦。華若翰一一首肯，再沒提出什麼異議。此後，清政府選擇淡水為台灣開市的商埠。英國公使卜魯斯和法國公使布爾布隆雖然對美國公使心懷不滿，認為他在與清政府換約的問題上，不夠嚴厲，沒有以劍相對，更沒有與他們保持行動上的一致。但是，對於美國人在中國享有的通商新權利卻不肯放過，他們援引最惠國待遇，獲得了同樣的權利。