2.地方財政困難，建設資金短缺
1994年我國的分稅製改革在上收財權的同時，支出和事權並未作相應調整，或至少調整力度不大。在轉移支付方麵，為維護地方既得利益，中央對各地區稅收返還仍采用基數法，專項撥款則多數取決於討價還價的能力。有條件的配套撥款的分配更有利於發達地區。這種不規範的轉移支付辦法加大了不公平的程度。雖然過渡期轉移支付辦法以“因素法”確定撥款的數額，但由於隻是從中央本級收入增量中切出一部分，數額太小，難以起到調節縱向、均衡橫向的目標。在這樣的大背景下，窮省對本轄區的轉移支付也隻能力不從心，從而在很大程度上造成不同地區農村基礎設施建設方麵的巨大差別。
1998年實施積極的財政政策以來，多數項目也要求地方配套，而且通常的情況是地方多配套，多得項目資金。這種做法無疑將困難地方與困難農民排除在外，而且過於死板的用途限製了地方因地製宜、因時製宜的自由。地方與農民處於渴望發展與資金短缺的尷尬境地。
3.純公共產品性質的農村公共基礎設施供給體製不合理
農村公共基礎設施很大一部分屬純公共產品性項目，這些項目大多是具有明顯非競爭性和非排他性的純公共產品或區域性準公共產品，其非營利性特征十分明顯，如農業生態保護、大江大河治理、農業基礎研究、農村義務教育、農村公共衛生、農村社會保障、小流域治理以及防洪防澇等方麵的基礎設施等。因此，政府特別是中央和省級政府作為非營利性農村公共基礎設施的主要供給者成為必然。
如前所述，我國農村非營利性公共基礎設施很大程度上由於供給體製不順，政府尤其是中央和省級政府未能擔負起相應的責任，致使這些基礎設施很大程度上仍由農民自己供給和支付，造成基礎設施建設的嚴重不足。
4.項目資金運營體製不完善，影響項目資金使用效果
由於公共資金沒有明確的利益主體，如果缺少製度的約束，其使用效率往往較低。當前國家投資的農村基礎設施建設項目中暴露出來的管理問題主要表現在以下四個方麵。
（1）項目前期工作滯後，計劃完成晚。由於農村基礎設施建設投資規模小，前期工作投入更少，導致前期工作嚴重滯後，一些項目出現了“邊勘測、邊設計、邊施工”的現象，有的項目沒有批準立項即開工建設。
（2）項目工程管理滯後。有些地方在項目的組織上不嚴格按規章製度辦事，招投標流於形式，在項目設計、監理、施工單位的資質上把關不嚴，存在地方保護和行業保護現象。個別項目在質量管理上還存在機製不順、力度不夠、監理不到位、施工質量控製不嚴的缺陷。在施工管理環節上，甚至存在層層轉包、偷工減料的現象，給工程留下了隱患。至於已建工程，有些由於沒有及時配套，難以發揮效益；有些則因未落實管護責任，無法保證工程的良性運行，長遠看必將影響到項目效果。
（3）農業支出實行分塊管理，部門分割嚴重，有限的資金不能形成合力。目前政府對農業的投入渠道較多，農業財政支出分部門管理。不同渠道的投資在使用方向、實施範圍、建設內容、項目安排等方麵有相當程度的重複和交叉，但由於分屬不同部門管理，不同程度地存在條塊分割、相互之間協調不夠、重複投入等問題。這種體製造成了政府各部門之間職責不清、政出多門、多頭管理，不利於統一監督、管理和協調，不能形成合力。
（4）資金管理、監督機製落後，資金使用效果不理想。目前，政府投資的農業項目實行按投資額度確定審批權限，手續繁雜、程序較多，審批製度化、公開化、科學化不夠，存在一定的盲目性和隨意性。有些項目下達時，根本沒有了解實際情況。財政支農工作的主要內容往往局限於分資金、下指標，重資金分配、輕資金管理。而且多層次的計劃和資金管理嚴重影響了資金撥付的時間，同時也為截留、擠占和挪用資金提供了機會。部門之間協調配合不夠、各自為政，以致一些工程計劃下達、資金撥付和項目建設三者脫節。
三、我國農村公共基礎設施建設籌資渠道
（一）我國農村公共基礎設施籌資目標
1.純公共產品特性的農村公共基礎設施
（1）農村民兵訓練(國防)設施。據統計，目前全國建成並投入使用的農村民兵訓練基地僅有2100個左右。1998、1999和2000年，中國年度國防費分別為934.7億元、1076.7億元和1212.9億元，占同期國家財政支出的比重分別為8.66%、8.20%和8.29%。與我國設定的社會小康標準比較，存在顯著的差距。與其他國家相比，中國每年國防費與發達國家平均水平相比相差3050億元以上，而用在農村民兵訓練設施建設方麵的投入則主要源於稅費改革前的“三提五統”，國家投入不多，無疑給農民帶來了較重的負擔。
（2）農村廣播、電視等傳媒設施。根據國家統計局研究製定的小康生活水平，傳媒個人支出比重應為13%，三人之和為2730元。當前，農村三口之家年收入近7500元，年支出近3000元用於傳媒消費是不可能的，如果按國家統計局研究製定的10%來算，也需要年支出750元，還不到城鎮居民支出的1／3。至於寬帶網絡，絕大部分農村還是空白，與城市還不具備可比性。從2004年開始，國家將大力推進有線電視傳輸的數字化、網絡化進程，並且已經確定了過渡時間表，2015年全麵傳輸數字信號，終止模擬信號的傳輸。到2020年，農村年人均純收入將接近10000元，能夠前期投資20000多元，以後月投入至少300元，即年支出至少3600元消費傳媒的家庭數量會明顯增加。預計總投入為1000億元。
（3）大江大河治理(大壩、灌溉及水利設施)。2000年底我國城市供水總量為2.6億立方米，城市供水普及率達到96.8%，城市通電率為100%。而我國農村要達到飲水安全和全部通電的水平，需要建設雨水集蓄利用工程200萬處，新增水電裝機243萬千瓦，新增灌溉飼草料地6萬公頃等，據估計需要3000億元。
我國有關部門曾提出更高的目標，即力爭到2010年，在西北、西南、華北年降雨量大於250毫米的地區，新建集雨工程1700多萬處；全國新增飼草料地灌溉麵積253萬公頃，續建配套和節水改造灌溉飼草料地53萬多公頃；到2020年，建設投產代燃料生態電站2400萬千瓦；到2020年，建設淤地壩16.3萬座。這樣，需要經費總量將達到6000億元。
（4）農村義務教育設施。據1998年的統計，全國教育投入總額為2949.1億元，其中農村義務教育投入812億元，占全國整個基礎教育投入的比重僅為27.5%。按在校學生平均，我國農村初中為374元，小學為321元，僅相當於城市生均1515元和1430元的25%和22%。2003年全國城市義務教育生均財政支出為3500元左右，8億農村人口估計25%為義務教育階段的人口，即2億，要達到城市義務教育水平，則需7000億元；每人按照低標準2000元計算，農村義務教育經費也存在4000億元的缺口。