美國和巴拿馬的主要矛盾是巴拿馬運河問題。1903年，美國政府與巴拿馬鑒定了不平等條約，美國以一次付給1000萬美元和每年交付25萬美元租金的低價，攫取了開鑿運河權和對運河區的永久租借權。1914年，巴拿馬運河鑿通後，美國把運河區變成了國中之國，由美國政府任命總督，升美國國旗，實行美國法律。美國每年從運河通行稅中掠走1億多美元。
由於巴拿馬人民進行了堅決的鬥爭，美國被迫於1936年把該運河租金增加到每年43萬美元，1955年又增加到193萬美元。1956年埃及將蘇伊士運河收歸國有，這大大鼓舞了巴拿馬人民將巴拿馬運河收歸國有的信心。1958年5月至1964年1月，巴拿馬人民多次舉行爭取運河區主權的抗議示威。1964年4月，美巴兩國政府簽署聯合聲明，同意為達成一項“公正與平等的協定”進行談判。經巴方10多年不屈不撓的鬥爭，美巴兩國政府首腦於1977年9月7日在華盛頓簽署了新的巴拿馬運河條約。新條約規定，廢除1903年條約，取消美國永久占領運河區的特權，1999年12月31日後該運河及運河區將完全由巴拿馬控製。新條約還規定，從1990年起，運河區管理委員會主任應由巴方提名(必須是巴拿馬人)而由白宮任命。裏根就任美總統後，口頭上雖同意2000年把巴拿馬運河交還巴方，但實際上根本不想交，非交不可時也堅持要交給“美國認為是可靠的人”。
曼努埃爾？安東尼奧？諾列加自1983年就任巴拿馬國防軍司令後，奉行民族主義方針，堅決要求履行新運河條約，為收複運河主權同美國進行了堅決的鬥爭。裏根政府視他為眼中釘，必欲拔之而後快。1987年6月26日，美國參議院以84票對2票通過一項關於巴馬拿局勢的議案，要求巴拿馬政府撤消諾列加國防軍司令職務，要求巴拿馬軍人“還政予民”，“結束侵犯人權的行為”。結果，巴拿馬城1.5萬人舉行遊行示威，抗議美國幹涉巴拿馬內政。
為了迫使巴拿馬軍方早日交權，美國政府於1987年7月1日宣布關閉美國駐巴領事處，並從1987年開始對巴拿馬實行經濟製裁；1988年4月8日，實行“國際緊急經濟權力法”，下令凍結巴拿馬政府在美國的財產，禁止美國企業和個人向諾列加政權支付任何款項，致使巴國內銀行紛紛停業，使巴政府無法按時發放公職人員工資和軍隊薪餉。巴一些工廠相繼倒閉，失業人數大增，供應困難，食品奇缺，巴拿馬政府陷於極其困難的境地。
與此同時，美國還對巴拿馬進行軍事威脅。1988年4月2日，美國借口美在巴公民的利益受到“日益嚴重的威脅”，宣布調派1300名官兵、26架武裝直升機和一批重要軍用物資前往巴拿馬。4月8日，美又向巴拿馬增派800名海軍陸戰隊員。4月14日，4萬多美軍在加勒比海舉行大規模軍事演習。1989年10月30日，南方司令部動用直升機、戰鬥機，在巴首都附近舉行軍事演習，企圖以武力威脅，迫使諾列加下台。
此外，美國政府還利用巴國防軍前參謀長迪亞斯與諾列加的矛盾，挑撥巴拿馬人民同政府和軍隊的關係，支持反對派開展各種倒諾列加的活動。
盡管美國政府從各方麵施加壓力，但諾列加仍牢牢控製著巴拿馬局勢。1989年5月7日，巴舉行全國大選，引起國際關注，來自美國、歐洲與拉美各國的觀察員觀察了選舉情況。大選投票結束不久，官方支持的“民族解放聯盟”總統候選人卡洛斯？杜克和反對派“公民反對派民主聯盟”總統候選人吉列爾莫？恩達拉都宣稱自己獲勝。由官方控製的全國計票委員會隨即中止計票，首都出現緊張氣氛。5月10日，反對派常委會遊行示威，抗議當局在大選中舞弊，同軍警發生衝突，造成多人傷亡，恩達拉及其兩名副總統競選夥伴也被打傷。當晚，選舉法庭宣布大選無效。美國迅速作出反應，強烈譴責巴拿馬當局，召回美國駐巴大使。8月31日，在諾列加將軍，帕爾馬代總統、政府內閣成員及國防軍參謀部成員參加的國務會議上，弗朗西斯科？羅德裏格斯？波韋達被任命為新總統，卡洛斯？奧索雷斯？蒂帕爾多斯為副總統。9月1日新總統就職後，諾列加發表了和解聲明，表示願意同美改善關係。但美國的態度十分強硬，重申隻有諾列加放棄國防軍司令職務，兩國關係才可能恢複。不久，美國政府又宣稱，不排除以任何方式對付諾列加，甚至包括“逮捕”。
1989年10月3日，以巴拿馬國防軍“烏拉卡營”營長為首的一些軍官發動兵變，要求諾列加及其他高級軍官退役，在美洲國家組織監督下舉行新的大選，成立臨時政府，以解決持續兩年多的危機。但兵變很快被忠於諾列加的“2000年營”所平息。隨後，諾列加對內加強了控製，逮捕了與兵變有牽連的軍官，改組了國防軍參謀部、國家安全局、特種兵和警察等要害部門，將其親信安插到關鍵崗位，從而破壞了美國苦心經營的反諾勢力。與此同時，巴拿馬重新組建了全國民眾代表大會取代議會，宣布實行“戰爭狀態法”，改革稅收製度，結果使諾列加的統治地位有所加強，使美國從內部瓦解諾列加政權的可能性越來越小。