家康決定暫時居住於江戶城，因為他真的已經開始對自己的繼承人秀忠感到失望了。
可是，秀忠已經繼任了二代目征夷大將軍，已經不可能將他替換下來了。所以，家康決定在這段時間先住在江戶，處理這邊的後事與政務，讓秀忠先冷靜一段時間，好好反思自己的作為。
還有，既然秀忠令人失望，那就隻能自己親自來大力培養秀忠的兒子，也就是自己的嫡長孫竹千代作為下一代繼承人了。這也是家康留在江戶的原因之一。
現在，家康與他的妻妾還有孩子們居住於江戶城的西之丸，還有處理政務。本丸則還是由秀忠夫婦居住。
家康在回到江戶後，馬上迅速著手處理城內的混亂。
他首先是暗中派出已經投誠於德川家的甲賀忍者高阪甚內去調查清楚了事情的起因於原委，然後再派人處理清了仍在城下町作亂的伊賀同心會一揆眾殘黨。
在靠大量的散財以及安撫工作平定了秩序後，家康便派人開始了城下町的修複與流離失所的平民的安置工作。
於是，這場秀忠花了十天都沒有解決的重大騷亂事件，在家康的老練手腕下，僅僅用了數日就幾乎已經有恢複原狀的樣子了。隻不過，西部與南部的城下町還是那片難以恢複的焦黑廢墟，要重新修複還是必須要有幾個年頭的。
還有，江戶城內的大半糧倉都因為這場大火而盡數燒毀，可謂是損失慘重。其中甚至包括了德川家的重要的兵糧糧倉。幸好北部還有一些糧倉安然無恙，並未被燒毀，要不然從現在這個糧食短缺的狀況來看，那就真的是難以救濟了。
而且，雖然家康以最快的速度處理了這件事，但江戶城的元氣大傷已經是無法挽回的事情了。要想完完全全恢複，那還真不是什麼簡單的事情。更何況，現在家康為了緊急補救城內的狀況，也花費了積攢的大量金銀。
家康隨後還派出大量的人力去追捕已經逃走了的伊賀同心會首領服部正就。可是並沒有找到他。估計應該是畏罪潛逃了吧。
麵對近乎全滅的伊賀同心會，家康感到一陣無力。他現在隻能將正就的弟弟，年輕的服部正重提拔上來，任命他為伊賀同心會的新首領，並繼承“半藏”的名號，成為第四代目服部半藏，統領同心會最後剩下的寥寥數人。
至於擴充補齊同心會人才方麵的事情，那也得花費大量的時間與精力，並非能短時間內辦成，恢複回原來的實力。
在家康詢問這些同心會殘黨時，他們都異口同聲地回答道，是首領服部正就先對他們動手的，他們為了反抗，隻能去江戶城尋找將軍秀忠解決問題，可是沒想到將軍不但不聽，還派兵鎮壓，將他們及他們的親人盡數殺害。
聽出了他們口中的恨意的家康認為他們沒有說謊。在經過調查之後他也了解到，這件事確實是因服部正就而起。四穀長善寺那邊的鮮血與屍體很好的證明了這點。
至此，家康對同心會的處理與安撫複興就到此為止。家康對本次大亂的罪魁禍首，伊賀同心會的原首領服部正就倒是下達了緝捕令。
除了安置平民修複城下町以及調查同心會以外，還有一件讓家康非常頭疼的事情。那就是關於外樣大名們的屋敷被燒事件。
雖然並沒有發生死人的事情，但是大名們的家屬因此非常驚慌。
例如，被燒最嚴重的福島家與黑田家的屋敷。福島正則的兩個幼子市鬆及利鬆，市鬆在逃跑時不小心摔傷了腳，而年幼的利鬆則是因為大火的煙熏而咳嗽不止。他們這還算不太嚴重的。黑田家那邊，長政的嫡子萬德丸則是受到了十足的驚嚇，現在高燒不止。