於右任先生的一生，為了中國的獨立、民主、和平、統一，與中國共產黨人有著密切而長期的交往。他不僅與李大釗筆者曾寫《李大釗與於右任》一文，刊登在《陝西地方誌通訊》1986年第6期上，後又收入《李大釗研究論劄》一書，由中共中央黨校出版社1992年6月出版。、毛澤東有過許多重要的來往，而且與周恩來有著更深的友誼。
周恩來與於右任的交往，是建立在國共兩黨真誠合作的基礎之上的。眾所周知，於右任一直是孫中山先生的忠實追隨者，終生積極執行孫中山聯俄、聯共、扶助農工的三大政策。1923年，在國共兩黨將要合作的情況下，周恩來在法國得到孫中山的命令，在歐洲組織中國國民黨。1924年秋，周恩來回國後，立即投入到國共合作的重要部門工作。尤其是1938年1月11日，周恩來在“新華日報”創刊號上寫了“堅持長期抗戰，爭取最後勝利”的題詞後，同年10月，於右任就為中共中央機關報由武漢遷重慶，親筆題寫了報頭“新華日報”。這就為於右任與周恩來之間的合作和交往，奠定了一個良好的基礎。
周恩來和於右任的直接交往，大約是在1939年。據屈武回憶說，1939年上半年的一天夜間，王炳南找到他，說周恩來在新華書店樓上約去談話。周恩來著重對他講：“於右任先生是位公正的人，有民族氣節，但是在國民黨內部，他還不能算是一位真正的左派。他態度不堅定，旗幟不夠鮮明。”又說：“於先生是你的老長親，你應該愛護他，首先在政治方麵愛護他。要幫助他對兩黨合作團結抗戰問題立場要堅定。在這方麵發生的重大問題，要有正確的理解和積極的態度。”周恩來的這些話，給於右任先生以深刻的影響，而於右任先生對周恩來的這種愛護和關懷表示感激。1939年冬，周恩來通過屈武向於右任先生說：“汪精衛已由重慶逃跑，投降日本去了。他雖然走了，目前重慶還有更重要更危險的投降派，他們直接間接地和敵人勾勾搭搭，請於先生注意。他是國民黨元老，應該在國民黨內仗義執言，做扶傾救危的工作。”當屈武把周恩來的這個指示轉告給於右任先生後，他當即表示：一定要注意，一定要調查清楚，決不能聽任一些人進行出賣國家民族利益的勾當。此後，於右任先生幾次在作廣播講話時，都痛斥汪精衛等人的叛國罪行。
1941年1月上旬，蔣介石為了破壞抗戰，有預謀地製造了皖南事變(茂林事件)。周恩來憤怒地說：皖南事變是反動派破壞抗戰、破壞團結的重大陰謀，我們不要為反動派的陰謀嚇倒，要堅決粉碎他的進攻，繼續鬥爭，堅持抗日民族統一戰線！並且沉痛地寫下了“為江南死國難者誌哀”和“千古奇冤，江南一葉；同室操戈，相煎何急”的題詞和詩，刊登在《新華日報》第2版和第3版上。周恩來的這25個字，不僅揭露了皖南事變的實質，向國民黨反動派提出了最強烈的抗議，而且也向全國和全世界的人民控訴了國民黨反動派的血腥罪行！當於右任先生得知這次事件的真相以後，非常氣憤，他拍著桌子大聲地說：“這樣破壞兩黨的合作，簡直就是破壞抗戰，我一定要講話！”並盛讚道：“恩來先生的人格真是偉大！”之後，周恩來還多次支持於右任先生同蔣介石的獨裁專橫和國民黨上層貪汙腐化現象所進行的鬥爭。周恩來曾對屈武說：於先生的姿態很好，這是對老蔣獨裁作風一個有力的揭露。又說：你要請於先生鼓起勇氣，對老蔣該頂的還是要頂。