在研發“西門子超顯微鏡”的同時，他和弟弟赫爾穆特·魯斯卡及其同事開始了它的應用，尤其是在醫學和生物學領域。為了使它能夠迅速地應用於各個領域，他們建議西門子公司建立一所電子顯微鏡研究所。1940年建成後直至1944年底，這個研究所共發表了約200篇不同專業領域的文章。
二戰後，魯斯卡為西門子公司重建了在柏林的電子光學實驗室，1949年起重新開始生產電子顯微鏡，有超過1200家的各國研究所使用他們的產品。除此之外，魯斯卡開始更多地在科學研究所工作，以加大對電子顯微鏡的物理學研究。1947年8月～1948年12月，魯斯卡在德國科學學會醫學和生物學研究所工作，1949年1月起，接手馬克斯·普朗克協會弗裏茨·哈伯研究所的電子顯微鏡部門，直至1974年底退休。這個部門在1957年成為獨立的電子顯微鏡研究所，並以魯斯卡的名字命名。魯斯卡也在此前的1955年辭去了西門子公司的工作。
1944年，魯斯卡在柏林工業大學獲得大學任教資格，1949年，成為柏林自由大學的教授，1959年起仍在柏林工業大學任教，直至1971年，教授電子光學基礎和電子顯微鏡技術，發表科學文章超過100篇。
恩斯特·魯斯卡在1986年獲諾貝爾物理學獎後一年多，於1988年5月27日在德國柏林去世。他的一生完全貢獻給了電子顯微鏡事業。
3.1.3 掃描隧道顯微鏡
繼恩斯特之後，不僅有高壓電鏡和掃描電鏡問世，而且還出現了另一種原理完全不同的顯微鏡。這就是1982年發明的掃描隧道顯微鏡（簡稱STM）。掃描隧道顯微鏡是人類邁向微觀世界的又一個有力工具。這種新一代的顯微鏡的發明人是德國的賓尼希和瑞士的羅雷爾。賓尼希，1947年7月4日出生於德國的法蘭克福。當時正值第二次世界大戰結束不久，他和小夥伴們常常在廢墟中做遊戲，當時他並不懂得為什麼建築物會變成那個樣子。10歲時，盡管他還不太了解物理是什麼，但已決心要當一名物理學家。等到在學校裏真正學到物理時，他大概有點懷疑這一選擇了。十幾年後，當賓尼希開始做畢業論文時，才真正感到物理的魅力，認識到做物理工作比學習物理更有樂趣。他深切地體會到，由學到做才是正確途徑。這就是“學以致用”的原則。
1978年，賓尼希在法蘭克福大學獲博士學位。他在做博士論文時參加了馬廷森教授的研究組，指導教師是洪尼希博士。洪尼希博士非常耐心地指導他做實驗，從而提高了他的動手能力。賓尼希在完成博士論文後，在他的妻子威格勒的勸說下，接受了IBM公司蘇黎世研究實驗室的聘任，參加那裏的一個物理小組。這是非常重要的決定，因為在那裏賓尼希遇到了羅雷爾。他們的相遇成就了一項重要的發明。“相遇成金”在這裏又一次得到了印證。
羅雷爾，1933年6月6日，出生於瑞士的布希，1949年，全家前往蘇黎世。他對物理學的喜愛完全屬於偶然，因為他原來喜歡古典語文和自然，隻是在向瑞士聯邦工業大學注冊時才決定主修物理。在學校的4年中，受教於泡利、舒勒等著名教授。1955年開始作博士論文，很幸運得到了奧爾森教授的指導，博士論文題目涉及測量超導體在磁場中長度的變化。而奧爾森以測量楊氏模量的不連續性著稱。羅雷爾在實驗中要用到非常靈敏的機械傳感器，往往要在夜深人靜的時候工作。4年的研究生生活使羅雷爾得到了很好的鍛煉。
1961年，羅雷爾到美國的魯特格爾斯大學做了兩年博士後，研究的題目是Ⅱ類超導體和金屬的導熱性。1963年，他回到瑞士，在魯希利康IBM研究實驗室工作，研究脈衝磁場中的磁阻問題。60年代末，從事反磁體研究，並在研究組組長繆勒的鼓勵下研究臨界現象。在這裏，他開始與賓尼希合作。70年代末，開始致力於研製掃描隧道顯微鏡，終於在1982年獲得重大發明，並收獲了1986年諾貝爾物理學獎。
掃描隧道顯微鏡之所以得到發明並且迅速發展，是由於微電子學以極快的速度發展。作為電子計算機核心部分的矽集成塊的集成度要求愈來愈高，其尺寸愈來愈小，所帶來的問題是集成塊表麵積與體積之比的急劇增大。此時，在集成塊的工作狀態中，以及它與其他邏輯元件的相互作用中，表麵狀態變得愈來愈重要。這種微觀世界的細微變化需要有可以觀測到它的工具。這個任務不要說光學顯微鏡，就是普通的電子顯微鏡也不能夠勝任。除此以外，在物理、化學及生物發展過程中，真實表麵狀態的研究也有其重要意義。掃描電鏡的發明雖然給表麵觀察及分析提供了有力的工具，但由於高能電子束對樣品有一定穿透深度，所得的信息也不能反映“真實”表麵狀態。針對這一問題，IBM在瑞士蘇黎世研究所的賓尼希與羅雷爾於1982年發明了掃描隧道顯微鏡。在不到5年的時間內，分辨率就達到了原子水平。
對於非常光滑的樣品平麵，如新解理的晶體表麵，從微觀來看，原子是按一定規律排列起來的。如果用一根很尖的探針（如鎢針）在距離該表麵上十分之幾納米的高度上平行於表麵在x、y方向掃描，由於每個原子有一定大小，因而在掃描過程中隧道間隙就會隨x、y的不同而不同，即使是百分之幾納米的高度變化，也能在隧道電流上反映出來。利用一台與掃描探針同步的記錄儀，將隧道電流的變化記錄下來，即可得到分辨率為百分之幾納米的電子顯微圖像。人們終於可以看清原子級別的圖像，從而為微控製技術的發展做出了重要貢獻。