渡江之後，王氏功勞第一沒錯，但是王敦不懂得放權，他的權力欲太重。他也不想想，哪個皇帝能願意朝政、軍權、財權被門閥高族把持，自己當個幕後的傀儡？
這時候晉元帝司馬睿深深感到了威脅，他任命劉隗為鎮北將軍，戴淵為征西將軍，名義上是北討石勒，實則為了防禦王敦。而且在朝中他也刻意疏遠王導等王氏族人。王導很聰明，頗識時務地稱病去官。而王敦性情火爆，他見王氏為司馬睿立下汗馬功勞之後，要被“鳥盡弓藏”，一怒之下就頭腦不冷靜，開始起兵“清君側”了。
自古打著“清君側”旗號的人都沒有好下場。王導當然也勸這位堂兄不要做蠢事，這是有賠無賺的，可是王敦根本聽不進他的話。王敦大兵壓境，將健康圍成了個孤城，所幸建康成高倉豐，還能挺個一年半載，可是城裏儲備再豐富，架不住王敦天天攻城啊！眼見著一段城牆在半月之間在雙方手中數次易主，元帝隻得將宮城遷往石頭城。
此時朝中大臣人人自危，更有劉隗之流勸元帝幹脆將王氏一族滿門抄斬，以殺一儆百！嚇得王導天天率領宗族子弟入朝，元帝也不見他，他就帶領子弟跪在宮前請罪，每日隻是惴惴不安。
來往大臣都視而不見，生怕惹禍上身，王導隻好在感歎世態炎涼的同時自求多福。恰好一次遇見正要進宮的尚書左仆射（尚書省首腦）周顗，念到兩人交情不錯，王導就叫住周顗求助說道：“伯仁，我們家這幾百條性命就全靠你了！”誰知周顗竟是連看都沒多看他一眼就徑自去了。王導當時心裏又涼又悲，朋友沒有一個靠得住的！
周顗這人是個仗義執言的君子，別人不敢為王導求情，他偏要一試。他入宮後向元帝進言，說王導忠君愛國，和王敦不能同論，古人尚言“罪不及親”，決不可錯殺忠良。元帝本就在猶豫中，之所以晾著王導不管，有一半是麵子問題，如今瞌睡有人遞枕頭，周顗給了這麼好的一個台階下，他也想起了王導昔日的種種好處，就故作虛心納諫地采納了他的建議。
本來這事要是周顗要是回頭向王導解釋一下，那就皆大歡喜了。可是周顗有個毛病，他嗜酒。早在他當吏部尚書仆射時，就終日醉酒不醒，人稱“三日仆射”——連續清醒不超過三天，有點像貴陽的天氣（題外之話，說錯了貴州的朋友別見怪）。
周顗這下心裏為朋友高興，加上元帝又留他喝酒，他就放開了喝多了才出來。此時王導還領著子侄們跪在宮門口喝冷風，遠遠看見周顗出來，又喊他的名字。
周顗這人也是脾氣怪，仿佛為了標榜自己公正，依舊不搭理王導，隻對左右侍從說：“如今殺了這幫賊子，便可換個大官作作。”其實“賊子”說的是王敦、王含，但這話說的沒有主語，卻把王導聽得心拔涼拔涼的：伯仁，原來你要拿我的人頭換前程，算我看錯你了！