施琅因收複台灣，被封靖海侯，世襲罔替。而姚啟聖卻受到不公正待遇。施琅幾次密報姚啟聖的“陰事”，當康熙的侍衛吳奇爵了解情況時，又得到姚的“一點兒陰私事”，因此姚啟聖不斷受到康熙的指責。收複台灣四個月後，姚啟聖在極度的憤懣中疽發而亡。卒時已無任何積蓄，諸子隻好賣田將他安葬。
終於做對了一件事
非常不準，難以預料；南風柔和，波浪頗恬，故用南風破賊，甚為穩當。”他的理由最終說服了康熙皇帝和其他將領。施琅把平台的首選目標定在澎湖是有原因的。台灣本島地域狹窄，缺乏戰略縱深，澎湖就成為其外圍防禦的唯一屏障。台軍主帥劉國軒也認識到了這一點，將台軍主力悉數擺在澎湖，並建立了堅固的防禦工事，還在媽宮、風木匝尾、西嶼頭、牛心灣等要衝地點加築炮城14座，沿海築造高牆深溝20餘裏，安設銃炮，準備與清軍決戰。麵對台軍的嚴防死守，施琅采取了靈活的作戰方針，將清軍分為三路，以左、右兩翼牽製敵人，主力居中直搗敵陣船隊。7月9日，清軍到達今澎湖望安島。從10日起，清軍向澎湖島台軍發起攻擊。清水軍迅速利用有利的西南風向條件，使用“五點梅花陣”，用多艘戰船圍攻台軍一艘，集中兵力作戰。“炮火矢石交攻，有如雨點，煙焰蔽天，咫尺莫辨。”清先鋒藍理率七船衝入台軍中，共擊沉、焚毀鄭氏船隻14艘，焚殺鄭氏官兵兩千餘人。這時的劉國軒卻把勝利希望完全寄托在颶風上，因而幾次錯失了主動出擊的良機。澎湖一戰，清軍先後焚毀、擊沉和俘獲台軍大小船隻近兩百艘，殺死台軍將領、頭目300餘名，士兵12000餘名，另有165員將領和4800名士兵倒戈投降。劉國軒仰仗熟悉地形，從水淺礁險的吼門島嶼趁水漲風順之時，帶領31艘小船逃回台灣。此役，清軍陣亡官兵329人，負傷1800餘人，船隻毫無損失。（二）台灣島的歸附施琅一戰定澎湖，殲滅了台軍精銳部隊，打開了台灣島的門戶，鄭氏敗局已定，島內人心大振。施琅獲勝後並不急於繼續進攻，而是在澎湖“撫綏地方，人民樂業，雞犬不驚”，甚至派人撈救跳水未死的台軍官兵，使得台灣、澎湖軍民“莫不感泣，願內向”。與此同時，施琅建議朝廷“頒赦招撫”鄭氏，以爭取和平統一台灣，使台灣百姓免去刀兵之災。康熙皇帝也同意施琅的招撫政策。鄭克塽、劉國軒見施琅“無屠戮意”，也願意歸順。7月31日，鄭克塽派人到澎湖施琅軍前請降，要求仍居台灣，“承祀祖先，照管物業”。但施琅拒絕了他們的要求。8月13日，施琅率領舟師到達台灣，劉國軒等帶領文武官員軍前迎接，各鄉社百姓亦沿途“壺漿迎師”，台灣終於實現了和平統一。9月17日，鄭克塽等遞送了正式的降書，並繳納了延平王等冊印。10月3日，施琅親往台灣，接受了鄭氏的歸降。從1662年上書請求收複台灣，至1683年統一台灣，前後共計20餘年。施琅到台灣後，果然不計前嫌，冷靜處理國事與家仇的關係，不但沒有誅殺一人，而且還到鄭成功廟祭拜，肯定了鄭成功開發台灣的貢獻，與鄭克塽等人“握手開誠，矢不宿怨”。他疏請減輕台民的賦稅負擔，妥善安置歸降的鄭氏官兵。1683年中秋佳節，康熙皇帝召見了平定台灣得勝歸來的施琅，“解所禦龍袍敕賜，親製褒章嘉許”，並封施琅為靖海侯，世襲罔替，令其永鎮福建水師，“鎖鑰天南”，並特準在澎湖大山嶼媽宮城內及台南城內樣仔林街建生祠，稱為“施將軍祠”。
生死兩冤家，去留一台灣
（一）爭論的起源施琅收複台灣後，在清廷內部產生了一場對台灣的棄留之爭。以李光地為代表的許多大臣對台灣的戰略地位缺乏認識，竟然認為“日費天府金錢於無益，不若徙其人而空其地”。大臣中主張守台者隻有姚啟聖和施琅等少數人。（二）施琅的絕世妙文《恭陳台灣棄留疏》施琅於1684年年初上《恭陳台灣棄留疏》。在這篇文章中，施琅強調台灣“實肥饒之區、險阻之域”，“乃江浙閩粵四省之左護”。去留之際，利害攸關；善後之計，尤宜周詳。主張統轄台灣，鞏固邊防，維護統一，防止外來侵略。其主要理由是：第一，“竊照台灣地方，北連吳會，南接粵嶠，延袤數千裏，山川峻峭，港道迂回，乃江、浙、閩、粵四省之左護”；數十年來，鄭氏集團，“盤踞其地，糾集亡命，挾誘土番，荼毒海疆，窺伺南北，侵犯江浙。”如今鄭克塽等，“懷聖德，納土歸命；此誠天以未辟之方輿，資皇上東南之保障，永絕邊海之禍患，豈人力所能致？”第二，“臣奉旨征討，親曆其地，備見野沃土膏，物產利溥，耕桑並耦，魚鹽滋生，滿山皆屬茂樹，遍處俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，無所不有。向之所少者布帛耳，茲則木棉盛出，經織不乏。且舟帆四達，絲縷踵至，飭禁雖嚴，終難杜絕。實肥饒之區，險阻之域。”“夫地方既入版圖，土番、人民均屬赤子。善後之計，尤宜周詳。此地若棄為荒陬，複置度外，則今台灣人居稠密，戶口繁息，農工商賈，各遂其生；一行徙棄，安土重遷，失業流離，殊費經營，實非長策，況以有限之船，渡無限之民，非閱數年難以報竣。使渡載不盡，苟且塞責，則該地之深山窮穀，竄伏潛匿者，實繁有徒，和同土番，從而嘯聚，假以內地之逃軍閃民，急則走險，糾黨為祟，造舟製器，剽掠濱海，此所謂借寇兵而齎盜糧，固昭然較著者。”第三，崇禎初“紅毛（指荷蘭）遂聯絡土番，招納內地人民，成一海外之國，漸作邊患”。如今，他們仍然“無時不在涎貪，亦必乘隙以圖。一為紅毛所有，則彼性狡黠所到之處，善能鼓動惑人心。重以夾板船隻，精壯堅大，從來乃海外所不敵。未有土地可以托足，尚無伎倆；若以此既得數千裏之膏腴複付依泊，必合黨夥竊窺邊場，迫近門庭。此乃種禍後來，沿海諸省，斷難晏然無虞。至時複勤師遠征，兩涉大洋，波濤不測，恐未易再建成效”。第四，“如僅守澎湖，而棄台灣，則澎湖孤懸汪洋之中，土地單薄，界於台灣，遠隔金廈，豈不受製於彼而能一朝居哉？是守台灣則所以固澎湖。台灣、澎湖，一守兼之。沿邊水師，汛防嚴密，各相犄角，聲氣關通，應援易及，可以寧息。”第五，“蓋籌天下之形勢，必求萬全。台灣一地，雖屬外島，實關四省之要害。勿謂彼中耕種，尤能少資兵食，固當議留；即為不毛荒壤，必藉內地挽運，亦斷乎其不可棄。唯去留之際，利害攸係，恐有知而不言。如我朝兵力，比於前代，何等強盛，當時封疆大臣，無經國遠猷，矢誌圖賊，狃於目前苟安為計，畫遷五省邊地以避寇患，致賊勢愈熾而民生顛沛。往事不臧，禍延及今，重遺朝廷宵旰之憂。臣仰荷洪恩天高地厚，行年六十有餘，衰老浮生，頻慮報稱末由。熟審該地形勢，而不敢不言。蓋臣今日知而不言，至於後來，萬或滋蔓難圖，竊恐皇上責臣以緘默之罪，臣又焉所自逭！故當此地方削平，定計去留，莫敢擔承，臣思棄之必釀成大禍，留之誠永固邊圉！”第六，根據以上分析，施琅提請“台灣設總兵一員、水師副將一員、陸師參將二員，兵八千名；澎湖設水師副將一員，兵二千名。通共計兵一萬名，足以固守，又無添兵增餉之費。其防守總兵、副、參、遊等官，定以三年或二年轉升內地，無致久任，永為成例。在我皇上優爵重祿、推心置腹，大小將弁，誰不勉勵竭忠。然當此地方初辟，該地正賦、雜餉，殊宜蠲豁。見在一萬之兵食，權行全給；三年後開征，可以佐需。抑亦寓兵於農，亦能濟用，可以減省，無庸盡資內地之轉輸也。”（三）台灣府的設置施琅的遠見卓識為康熙皇帝對台灣作出正確決策起到了非常重要的作用。1684年2月，大學士李霨、王熙在回奏時支持施琅的主張。同時，侍郎蘇拜和都察院左都卸史趙麟也上疏讚同施琅的見解。至此，康熙皇帝明確地說道：“台灣棄取，所關甚大”，“棄而不守，尤為不可！”1684年5月，清政府決定在台灣設立隸屬福建的台灣府和鳳山、台灣、諸羅三縣，派官駐軍，置巡道、總兵各一員，副將一員，參將二員，兵八千；澎湖設副將一員，兵二千，鎮守其地。自此，在台灣的漢族、高山族人民完全歸屬於清政府的管轄，高山族則成為這個多民族封建國家的重要組成部分。台灣的漢族、高山族人民的友好往來進入一個新的、迅速發展的曆史時期，他們的行動有力地促進了台灣經濟、文化領域和兩岸關係的發展。（四）施琅之死1696年，施琅卒於住所，葬於福建惠安。閩中士紳軍民聞其逝，“皆巷哭。群立祠，歲時祀之”。1697年，施將軍廟建在媽宮澳東街。1843年，更名為“施公祠”。已故著名明清史專家傅衣淩先生曾指出：“鄭成功的複台和施琅的複台雖各有具體原因，但是都隱藏著中華民族的大義”；“兩人的處境不同，征台的出發點不同，但是他們對台灣戰略地位的重要性卻有同樣的認識，都這個大好時機，不但康熙皇帝非常清楚，就連鄭成功的舊部也非常清楚--他們中的很多人紛紛選擇在這個時候投降大清王朝。在這種情況下，鄭成功的仇人施琅向康熙皇帝建議，派兵“進攻澎湖，直搗台灣”，使“四海歸一”！