皇祜二年(1050年)被擢升為天章閣待製、知諫院．天章閣是存放朝廷圖書文獻的地方，待製之銜，有名而無權。包拯又叫包待製，不過是對他的尊稱。然而，知諫院即兼任諫官之職，卻十分重要。諫官的任務是向皇帝進諫朝政的弊端，它可以涉及朝政的所有方麵．在包拯兼任諫官期間，不但對橫行不法的權臣屢次抨擊，而且對時政的許多方麵，提出了革新建議。可惜的是，兩年之後，包拯改命為龍圖閣直學士，這也是個虛銜(從此人們又稱他為包龍圖)，並且又一次離開京城，到河北、廬州、池州(今安徽貴池)，江寧(今江蘇江寧)等地任地方官。直到至和三年(1056年)才回到京城，任開封府尹。嘉祜四年(1059年)，包拯以樞密直學士、權三司使等官職，上升為當時重臣。第二年升任三司使和樞密副使，相當於副宰相之職。但是，年過六旬的包拯，這時已經夕陽西下。嘉柏七年(1062年)五月二十五日，包拯病死在開封。仁宗皇帝到包拯家中向包拯最後一別，追認他為禮部尚書，賜諡“孝肅”，所以包拯死後又叫包孝肅。
主張改革
包拯所處的仁宗時代，已經不象宋初那樣生氣勃勃，冗官，冗兵和冗費成為當時的三大災害，老百姓的負擔加重，各地出現了士兵暴動和農民起義。麵對這樣的形勢，包拯從憂國憂民出發，主張對時政進行整頓和改革．應當說，包拯的改革主張，其目的是為了鞏固宋朝的封建專製統治，但從客觀效果上看，卻有利於當時的下層人民．包拯之所以為天下百姓所愛戴，原因就在這裏。
北宋龐大的官僚機構，冗官成災，包拯認為必須加以整頓和革新。他不但主張用人要用忠直的君子，不能用奸邪的小人，而且建議提拔“奮不顧身，孜孜於國”的素有才能，公直廉明之人”。他不但七次彈劾“苛政暴斂”的轉運使王逵，而且不畏風險，力主將皇帝的親戚，“凡庸之人”張堯佐免去要職。在包拯看來，“在政府無所建明”的平庸之輩，不論其官職有多大，都必須下台。他曾建議改革選人、用人製度。他主張官員年到70歲必須離職。他揭露不願離職的官僚，是不知廉駐，“貪冒相尚，但顧子孫之計”。他主張不能任意封官許願，即使是恩賜即由父親的功勞而錄用的子孫，也要通過考試。這些，都是為了解決冗官問題。包拯其實並不反對範仲淹主持的慶曆新政。新政失敗，許多官員受到處分，包拯全力為這些敢作敢為的官員嗚不平，主張起用他們。
在經濟方麵，包拯一方麵主張壓縮開支，另一方麵又主張不能苛剝平民．當時有一種政策，由政府向城鎮百姓強行購買國家需要的物資，價格比市場價格低．這就成了剝削民眾的一種手段。包拯堅決反對這種害民政策。他列舉陝西強購軍用物資的危害，“前後人戶破藹家產不少”，因而要求廢除這種辦法。包拯建議，國家急需物資應該“置場收買”，以公平的價格，自由收購。這一建議，無論對減輕百姓負擔，還是對商品流通和商品生產，都是有利的。前麵提到的運城解鹽問題，也是由於包拯極力支持改革，使解鹽的生產與銷售，由原來官方壟斷，改革為允許商人買賣。這一改革，不僅解除了百姓為政府搬運官鹽之苦，而且同樣有利於食鹽的流通．沈括稱讚這種“通商法”，“行之幾十年，至今以為利，”此外，包拯還曾主張方田均稅，即丈量地主豪強的土地，防止他們漏稅逃役。他還曾鼓勵民間采礦煉鐵等等。可見，包拯的經濟思想和經濟改革，目的在於“寬國利民”。
在宋朝的國防和對外政策方麵，包拯同樣主張民富國強，改善邊防措施，維護國家的獨立和尊嚴。他在出使遼國時，遼國刁 難他，他義正詞嚴地據理力爭，不卑不亢。回國後，他立即將在 遼國的所見所聞，報告朝廷。他說，遼國在山西北部集結兵馬，聚集糧草，其意圖不可不防。他建議，一定要加強山西宋遼邊境的 代州(代縣)、應州(應縣)雁門關一帶的戰備，以前，遼國蠶食 邊境領土，是由於邊防之臣膽小怕事，不敢對抗，如今應該下令 邊臣，讓其嚴加防守，不能丟失一寸土地．另外，原來這裏的守 將，在軍事上是外行，現在必須派懂得軍事的人去領導指揮。朝 廷采納了包拯的意見，加強河北，山西的防衛．更重要的是，包拯對宋代的冗兵之害，提出了裁減“老病冗弱”的主張，以利於訓練及加強戰鬥力。同時，他還提出加強邊境民間義勇的訓練。宋朝將士經常調動，以防武將專權，但造成了兵不知將，將不知兵弊病。包拯認為要改變這種政策，使將官有職有權，不要輕易調動。可貴的是，包拯建議加強國防與軍事力量，以不增加百姓 負擔為前提。當時中原地區，尤其是河北、山西的農民，苦於運送軍糧，包拯曾提出，在豐收之年，可以購買當地農民糧食，儲備起來，作今後軍糧，減少運輸困難。
包拯之主張改革朝政以利國利民，是有其思想基礎的。他始終認為，普通百姓是國家的根本，隻有老百姓日子好過了，不受 貪官酷吏欺壓了，國家才能富強和太平無事。如果過分榨取，使 天下蒼生處於水深火熱之中，那麼，不但國家不能富強，而且會造成官逼民反，動搖封建統治．他之所以主張改革，成為我國曆 史上著名的“清官”，其思想淵源就在於此．盡管包拯的出發點和動機，是為了宋朝天下的長治久安，而不是全然為了天下百姓，但比起對被剝削者盡情欺壓的“貪官”來，無論對社會，還是對人民，總要好得多．那種認為清官比貪官更狡猾，對老百姓更有害的觀點，顯然是錯誤的。
剛正不阿