五月末，皇帝詔吐穀渾複國，以慕容順為西平郡王、麹故呂烏甘豆為可汗。擔心慕容順尚未服眾，仍命李大亮將精兵數千，駐紮在吐穀渾為其聲援後應。
六月初，群臣再次請皇帝聽政，李世民這次答應了，但朝廷細務仍委太子承乾決斷。其實太子承乾也有他的長處，他從小愛打打殺殺，喜歡結交胡人，演練胡兵戰術，所以對跟胡人打仗，他有興趣，也有一定的本能和經驗。經過了這次吐穀渾之役，事實證明太子承乾在關鍵時候還是頗能聽斷。從此以後，皇帝比較放手，每次出行巡幸，皆令太子居長安監國守政。
秋七月，太上皇靈柩移厝太廟。
太上皇的安葬迫在眉睫，李世民詔示群臣：“山陵依漢長陵故事，務存隆厚。”
上皇在世時並未營陵，期限如此緊迫，陵寢要修得過於崇隆是不可能的。秘書監虞世南上疏奏道：
聖人薄葬其親，非不孝也，深思遠慮，以厚葬適足為親之
累，故不宜為。昔張釋之言：‘ 使其中有可欲，雖錮南山猶有
隙。’劉向言：‘死者無終極而國家有廢興，釋之言，為無窮計
也。’其言深切，誠合至理。伏惟陛下聖德度越唐、虞，而 厚
葬其親乃以秦漢為法，臣竊以為陛下不取。雖複不藏金玉，後
世但見丘壟如此其大，安知其中無金玉呀！且今釋服已依霸陵
，而丘壟之製獨依長陵，恐非所宜。伏願依《白虎通》為三仞
之墳，器物製度，率皆節損，仍刻石立之陵旁，別書一通，藏
之宗廟，用為子孫永久之法。
虞世南的奏疏李世民看了，擱置一旁，並未引起他的重視，披露邸報。在皇帝的心目中，還是該厚葬太上皇。但虞世南也非常固執，他再一次上疏奏曰：
漢天子即位即營山陵，遠者五十餘年；今以數月之間為數
十年之功，恐於人力有所不逮。
這次，李世民不能無動於衷了，他把虞世南的奏疏轉給中書省，命詳處其宜。宰相房玄齡、溫彥博等人商議，房玄齡說：
“漢長陵高九丈，原陵高六丈，令九丈則太崇，三仞則太卑，請依原陵之製。”
房玄齡的折衷方案獲得皇帝首肯。
接著李世民又發出詔書，要禮官商議宗廟之事。他道：
“國初草創，宗廟之製未備，今將遷附，宜令禮官詳議。”
諫議大夫朱子奢進言道：
“請立三昭三穆，而虛太祖之位。”
房玄齡等議以涼武昭王為始祖，左庶子於誌寧諫阻說：
“涼州武昭王雖為大唐李氏之宗祖，但武昭王並非開創大唐社稷之宗，似不宜為始祖。”
李世民覺得於誌寧說得有道理，於是增修太廟，附弘農府君及高祖並舊神主四，開為六室，暫虛太祖之位。後來詔議在太原立高祖廟，秘書監顏師古道：
“寢廟應在京師，漢世郡國立廟，非禮。”
皇帝遵禮，乃止。
貞觀九年冬十月庚寅，歸葬太武皇帝李淵於三原縣城東二十五公裏的獻陵，廟號高祖。獻陵呈覆鬥形，四周直徑均為一百米，土陵隆起十三米。陵前飾以大型華表、石屋及犀牛、猛虎等巨大的動物石雕。石像雕刻渾厚質樸，健壯粗獷，造型剛毅沉厚，豁達昂揚，栩栩如生。以穆皇後附葬，加號太穆皇後。
出葬那天，皇帝李世民執意要親自送葬至園陵，當時長孫皇後已病倒在床，群臣勸阻皇帝。房玄齡磕頭泣道：
“皇上，幾個月來陛下哀毀羸弱，龍體不適。況且長孫皇後病成了這樣，陛下一定要為億萬斯民保重龍體。此去園陵路途遙遠，您就在宮中靜養，還有太子和那麼多王爺、王子、王孫和群臣為上皇送葬，為陛下盡孝，您就放心吧。”
要出殯了，太子承乾和披麻戴孝的群臣、王爺、王子、王孫全都跪在皇帝跟前苦諫，李世民也隻好作罷。
看著父皇的靈柩在遮天避日的旌幡白帳引領下，像一條白色長龍浩浩蕩蕩出了皇宮，哀樂震天動地出了長安城，街頭萬民致哀，李世民的心像掏空了一般。他和曹貴妃、張采女相依著站在皇宮的城樓上，望著白龍般的送葬車馬騎隊，揚起一路黃塵西去，大唐的開國皇帝就這樣默默無言地走了，他似乎預感到年達不惑的自己，也在日薄西山，開始走下坡路了。為了鞏固大唐基業，他有一種緊迫感。
太上皇李淵喪事辦完，特進李靖上書，請皇帝依上皇遺誥，禦常服，臨正殿，聽朝視事，李世民還是沒有答允。直到貞觀十年春正月，皇帝始臨太極殿，像往常一樣早朝。
朝廷重臣宰相，有的如李靖，年近古稀，已垂垂老矣；有的如心腹房玄齡，為太子監國發生過齟齬，有疏遠之感。李世民又想起前朝宰相蕭瑀，以光祿大夫之職為特進，參預政事，也等於恢複了他的宰相職位。李世民對蕭瑀道：
“武德六年以後，高祖有廢立之心而未定，朕不為兄弟所容，實有功高不賞之懼。而卿獨持公允，不可以利誘，不可以死相脅，真乃社稷之臣也！”
爾後，書“飛白”詩贈蕭瑀曰：
疾風知勁草，板蕩識誠臣。
賞詩後卻道：
“卿之忠直，古人不過；然善惡太明，亦有時而失。”
蕭瑀感激不已，拜謝皇帝賞賜。在一旁的魏征道：
“蕭公違眾孤立，惟陛下知其忠效，如果蕭公不是遇上聖明的皇帝陛下，斷定你難逃災禍。”
平常梗直豪爽的蕭瑀，也突然變得唯唯諾諾。