今陛下初膺大寶，億兆觀德。始發大號，便有二言。
生八表之疑心，失四時之大信。縱國家有倒懸之急，猶必
不可。況以泰山之安，而輒行此事！為陛下為此計者，於
財利小益，於德義大損。臣誠智識淺短，竊為陛下惜之。
魏征的慷慨陳詞，使李世民恍然大悟，立即改正錯失，重申關東免賦稅之事，從此對魏征也更加信任。
由於魏征的積極“宣慰”，穩妥地處理各種關係，山東、河北局勢逐漸平靜下來。再也沒有出現建成、元吉餘黨作亂和農民起義的事情發生了。武德九年冬天，關內已是大雪紛飛，魏征一行返回長安，這時李世民已登基做了皇帝。
那是魏征走後的八月初，皇帝李淵手詔傳位於太子。李世民佯言固辭一會兒，李淵不許。第二天，李世民即皇帝位於東宮顯德殿，尊李淵為太上皇。登基大典簡樸隆重，不事奢華。太上皇仍居太極宮，原來的東宮做了新皇帝的皇宮。大赦天下，關內及蒲、芮、虞、泰、陝、鼎六州免租調二年，自餘給複一年。
李世民做了皇帝，便有一代聖君的作為。鑒於宮女眾多，且都到了二十以上的出閣年歲。為張德義，也為緊縮皇宮開銷，新皇帝下了一紙史無前例的詔書：
襲隨末宮幃，宮娥彩女眾多，幽閉可湣，宜簡出之。命
各歸鄉裏，投奔親戚。歸鄉後任其適人，相夫育子，以享親
情，秉人間歡樂。
接著，選擇“丙子”良辰佳日，李世民舉行了立長孫王妃為皇後的加冕典禮。從此，長孫氏從默默無聞的幕後走向幕前，並成為中國曆史上最賢慧，最受人尊敬的最賢德的皇後。
長孫皇後奉事太上皇，承順嬪妃，彌縫其闕，早已成為李世民的賢內助。她克己複禮，生活十分節儉，從不鋪張，所索服禦、飲食，徒具溫飽而已。對太上皇太後和眾太妃，則總是優裕以待；對平輩嬪妃，則以身作則，和睦相處。後宮宮女裁汰那麼多，並無糾葛，反而出現了從未有過的融融樂樂的局麵。皇帝李世民十分尊重長孫皇後，常跟她商議群臣賞罰之事，長孫皇後總是推辭說：
“牝雞之晨，唯家之索。妾乃婦人，安敢豫聞政事！”
皇帝再三請問，她終不答。
當時胡酋劉宣成帥眾降梁師都，師都聽信讒言將劉殺了。他的部將猜懼，紛紛投奔突厥。梁師都迅速衰落下去，亦轉向突厥朝貢，並為之策劃，勸突厥可汗入寇大唐。於是頡利、突利二可汗合兵十餘萬騎，入侵涇州，進至武功，京師為之戒嚴。
這是李世民登基後碰到的第一次――也是最嚴重的突厥入侵，時為武德九年八月末。突厥南下高陵，李世民命涇州道行軍總管、右武侯大將軍尉遲敬德抵禦，戰於涇陽，獲突厥一員大將，斬首千餘級。但並未遏止南侵之勢，頡利可汗進兵至渭水橋之北，兵臨城下，遣心腹執失思利入見，以觀虛實。
李世民在顯德殿接見頡利可汗特使，執失思利傲慢地道：
“頡利、突利二可汗將兵百萬之眾，已到渭河之北，唐天子新登大寶，不知如何安撫二可汗！”
李世民謙恭大度地說：
“朕與你們可汗麵結和親，贈遺金帛，前後無數。你們可汗自負盟約，引兵深入，於朕無愧？你們雖為戎狄，亦有人心，何能全忘大恩而自誇強盛？朕現在先斬了你再說！來人啦――”
猛聽皇帝一聲喚，執失思利嚇得兩腿一軟，趴在地上，連連磕頭求饒。這時蕭瑀、封德彝紛紛出班，為思利說情，請聖上寬宏大度禮遣特使回營，轉達皇帝聖諭。李世民本無意斬來使，隻為煞煞二可汗的囂張氣焰，便做了個順水人情道：
“朕不殺你，但也不能遣還。讓你回去，你們可汗還以為大唐軟弱可欺，愈肆憑陵。”
於是把執失思利囚禁門下省，李世民速傳“三原先生”李靖回京問策。他與李靖如此這般計議以後，第二天，率高士廉、房玄齡、杜如晦等六騎，出玄武門，徑至渭水上，與頡利可汗隔水而語。李世民身著皇帝袍袞冠冕，騎在高頭大白馬上，衝對岸高聲大叫：
“頡利！朕多次與你在戰場結盟，你身為突厥酋首，為什麼如此言而無信，一再毀約，乃至輕兵深入？”
突厥將領大驚，紛紛下馬羅拜大唐天子。一會兒，唐軍繼至，旌甲蔽野，頡利可汗見執失思利未返，而皇帝挺身輕出，軍容嚴整，有了幾分畏懼。李世民從容不迫，讓各將軍分開布陣，他自己卻單獨留下來繼續與頡利對話。蕭瑀以皇帝輕敵，叩馬固諫。李世民遙指河對岸漫山遍野的胡騎，緩緩說道：
“朕籌謀已熟，非卿所知。突厥所以敢傾國而來，直抵城下，無非以為我大唐有難，朕新即位，無能抗敵禦寇也。朕若示之以弱，閉門拒守，頡利必縱兵大掠，難以抵製。所以朕輕騎獨往，示若輕謾，複震曜軍容，使之必戰。這樣，出胡兵之不意，使其企圖挫敗。須知胡兵入我地既深，必有懼心，所以與戰則克，與和則固也！製服突厥胡兵，在此一舉，卿次第觀之。”
頡利果然被李世民虛虛實實的“空城計”弄懵了，中午過後，他親自騎馬到橋上來向皇帝請和。李世民嘉慰了幾句，即日還宮。第二天上午，皇帝又親至城西，斬白馬，賜金帛，與頡利盟誓於便橋之上。頡利遂引兵退還到原來的邊界上。
一場嚴峻的軍事危機，在唐皇李世民大智大勇沉著練達的斡旋應對下，輕輕鬆鬆地解決了。
事後，蕭瑀、房玄齡一班大臣，請教於皇帝說：
“突厥未和之時，諸將爭戰，陛下不許，臣等亦以為疑，既而胡兵自退，其策安在？”
李世民笑而答曰：
“朕與爾等到河邊，觀突厥兵多但不嚴整，君臣之誌惟賄是求，當其請和之時，可汗獨在水西，達官皆來謁朕，朕若醉而縛之，再襲擊對岸，勢如拉朽。故命長孫無忌、李靖伏兵於幽州以待之，胡兵奔歸，伏兵邀其前，大軍躡於後，覆之如反掌耳。所以不戰者，朕即位日淺，國家未安，百姓未富，宜當靜以撫之。一與胡戰，所損甚多；胡結怨既深，懼而修備，則未可遂誌矣。故卷甲韜戈，啖以金帛，彼既得所欲，理當自退，誌意驕惰，不複修備，然後養威伺釁，一舉可滅。將欲取之，必固與之，就是這個道理，你們聽懂了？”
眾臣再拜道：
“聖慮聰遠，非所及也！”
魏征從山東回到京師，突厥入侵已退，長安城沉浸在送舊迎新的融融歡樂情緒中。茶樓酒肆，庶民百姓都在紛紛談論，年輕的新皇帝孤身獨騎退突厥十萬精騎的故事：
“嘿呀，你們聽說沒有，當今聖上，站在渭水河邊一聲吼，就把頡利可汗十萬大兵嚇退了！”
“怎麼沒有？老夫親眼目見，皇帝穿一身龍袍，好年輕啊，還隻二十八九歲，騎在馬上，真像一尊天神！”
“老皇帝禪位，享福去了。也坐了九年江山，足矣！讓年輕皇帝治理天下，咱們的日子有盼頭啊！”
“誰說不是？……”
“哎，就是……就是玄武門那事……”
“那不能怪皇上，隻怪前太子和齊王，誰叫他們黃鼠狼給雞拜年――不安好心呢……”
“也是，也是……”
接著，突厥頡利可汗遣使到京城，向皇帝獻馬三千匹、羊萬口，新皇帝不受，卻詔歸被突厥擄掠的中國人口，使與鄉親裏眾團聚，這更引來百姓一片讚揚之聲。
為消除“蹀血禁門”的後遺症，李世民頒布詔書，追封故太子建成為息王，諡曰隱；齊王元吉為海陵王，諡曰剌，以禮改葬。正好魏征回來，改遷尚書右丞兼諫議大夫；王珪也升為了黃門侍郎。聽到皇帝追封故太子、齊王的消息，他倆不避嫌疑，以原東宮屬官的名義，向皇帝聯名上了一道“表”。“表“曰：
臣等皆受命太上，委質東宮，出入龍樓，垂將一紀。
前宮結釁宗社，得罪人神，臣等不能死亡，甘從夷戮，獲
其罪戾，真錄周行，徒竭生涯，將何上報？陛下德光四海
，道冠前王，陟岡有感，追懷棠棣，明社稷之大義，申骨
肉之深恩，卜葬二王，遠期有日。臣等永惟疇昔，忝曰舊
臣，喪君有君，雖展事君之禮；宿草將列，未申送往之哀
。瞻望九原，義深凡百，望於葬日，送至墓所。
李世民看了魏征、王珪這份感情真切而又富於策略的奏章，深受感動，勾起了他的兄弟骨肉之情。奏請東宮、齊府舊屬去送葬，絲毫沒有煽動這些人的怨恨情緒，反而從道義上彌補了骨肉相殘留下的傷痕，李世民樂於答應。改葬那天，李世民大哭於宜秋門，聞者甚哀。魏征、王珪等宮府舊屬，皆送葬到墓所。
通過隆重的禮葬活動，原來極為緊張的秦府與東宮、齊府之間的矛盾基本消融了，為李世民開創新朝鋪平了道路。
“癸亥”吉日，李世民立皇子中山王承乾為太子，李承乾當時年僅八歲，為長孫皇後所出。太子雖幼，但太子東宮官屬相當龐大：太子太師、太傅、太保、少師、少傅、少保，皆沿前代設置。李世民為太子新增設了太子賓客，掌管侍從規諫和讚相禮儀。詹事府總領三寺十率府之政，以詹事、左右庶子為長官。
皇帝希望太子承乾從小受到好的教育與規諫，成為一個德能優異的好國儲，不再重蹈前太子之覆轍。
明年，改元貞觀，李世民開始了雄心勃勃的貞觀之治。貞觀之治首先碰到的矛盾和難題，是對勳臣貴戚的封賞進爵。這對李世民的厲精求治是次嚴峻的考驗，也使一些大臣起伏浮沉憂戚生死，演出了貞觀之初的一幕幕曆史壯劇。