郭泰祺、汪彭年等當夜將此情實告小幡，小幡生氣說：“此後再不與中國人共事！”
出走不成，黎元洪還有一條擺脫危境之計――表示不接受南方推戴。在致廣東龍濟光並滇、黔、桂護國軍和上海伍廷芳、唐紹儀等的兩封電文中有“諸公如必欲強迫，元洪實無支持危局之能力，不得已必將遠適異國或遁跡荒島，決不忍見祖國之淪亡及生民之塗炭”等語。
由於南方護國軍堅持以袁退位為議和的先決條件，袁世凱則死皮賴臉地不肯退位，想賴在總統的位子上不下台，不但遭到全國人民和護國軍的堅決反對，即在北洋派的內部，也得不到有力的支持，因此時北洋軍閥已經分崩離析。段祺瑞抄襲袁在辛亥革命時的故伎，一方麵向袁伸手要軍政實權；另一方麵與護國軍密切聯係，函電往來，企圖利用護國軍打倒袁世凱，再用北洋軍打垮護國軍，最後由他取袁而代之。徐世昌雖老成持重，不像段那樣公開爭權，但也不肯為保袁一人之位而冒天下之大不韙。所以重任國務卿僅一月，即辭職而去。
馮國璋對袁世凱的威脅比段祺瑞更大，因他遠在江蘇，手握重兵，且與護國軍暗通關節。馮也因襲袁世凱辛亥革命時期在清廷與民軍之間大搞兩麵派的手法，在護國軍與袁世凱之間兩麵用計，欲取袁位而代之。故此，他也主張袁退位，4月16日致電袁世凱，勸袁退位。這是北洋派中公開勸袁退位的第一個電報。馮為了取袁自代，又先後於4月18日、5月1日連續發出兩則通電，關於總統問題，有個奇特的提法，大意略謂：自帝製發生，民國即告中斷，則大總統之地位業已失去，副總統名義當然“同歸消滅”，所以隻能另舉新總統。而欲舉總統，必須召集國會，由誰召集？仍由袁世凱召集，袁以什麼名義召集？仍以大總統名義。但大總統的名義不是來自民國約法（因民國已中斷）而是“遵照清室賦予組織共和政府全權原旨，承認項城仍居大總統之地位。”一俟新國會開幕，袁即須辭職，選舉新總統。此電文繞來繞去，其中心含義在於否定副總統的繼任權；副總統既無繼任權，則隻能另選新總統，馮國璋便想通過這樣迂回的手法，自己當選新總統，取袁而代之。雖然按照馮的主張，袁也得退位。但重新選舉總統，則北洋派人物當選的可能性很大，所以徐、段也同意。於是他們打算拉上黎元洪，仍以黎、徐、段三人名義發出複電，遂派林長民持複電文稿到黎處，請黎署名，電文寥寥數語：“東（一日）電悉。公所主張，於法律事實，俱能兼顧，卓謀遠見，極表讚同。請即由尊處通電各省，一致擁護，以解難局。”黎元洪對待此事的態度，充分暴露了他在政治上的軟弱無能。此事何等重大？而他竟連馮國璋東電（指5月1日電）原文都沒有看，隻聽人說，馮的基本態度是主張袁退位，即當場表示讚成聯名複電，但又有些懷疑，便請張國淦來商議。張請先看馮國璋東電原文，林長民將原電取來示黎，黎看過後不肯署名。段祺瑞又派徐樹錚兩次到黎處，詞色甚厲，黎仍不肯署名。以後徐、段關於此等事，便不再要黎參與了。徐樹錚之跋扈作風給黎元洪留下深刻印象。
責任內閣製恢複後，段祺瑞立即組織內閣。梁啟超代表南方護國軍政府於4月24日發表通電，宣布否認袁政府組織之內閣。廣東獨立後，護國軍為了統一兩廣軍務，特於5月1日在廣東肇慶成立兩廣護國軍司令部，8日，又在肇慶成立南方獨立各省的統一政府――軍務院，指揮全國軍事，與袁政權相對峙。軍務院連續發表宣言、布告和通電，闡明軍務院的宗旨、性質、組織條例、職權範圍和大政方針等。其第三號宣言宣告了袁世凱統治下的以段祺瑞為國務卿的國務院為非法；而軍務院即是在大總統黎元洪領導之下的國務院，是當時惟一的合法政府。軍務院又致電黎元洪，直稱“黎大總統”，表示護國軍方麵願“懍遵此項國家根本大法（指民國二年大總統選舉法）恭呈我公為中華民國合法之大總統，業於本日莊嚴宣布。三軍歡虞，萬姓歌舞，除將宣言書昭告天下外，謹專電呈明。”
軍務院又將恭呈黎元洪為合法大總統之事專電各外國公使團，特別向外國公使聲明兩件事：
一、“黎大總統今陷在敵地，未能自拔……應候黎大總統脫離袁賊暴力範圍時，其行動言論乃為有效。”
二、為防止袁世凱加害黎元洪，要求各公使“對於我黎大總統之行動，設法保障，扶助黎大總統之生命及其自由”。