將煤炭工業部、機械工業部、冶金工業部、國內貿易部、輕工總會和紡織總會，分別改組為國家煤炭工業局、國家機械工業局、國家冶金工業局、國家國內貿易局、國家輕工業局和國家紡織工業局，由國家經貿委管理。國家經貿委及其管理的各國家局負責組織製定行業規劃和行業法規，實施行業管理。這些國家局不直接管理企業，所製定的行業規劃、行業法規以國家經貿委的名義發布。電力行業已組建國家電力公司，不再保留電力工業部，電力工業的政府管理職能並入國家經貿委。國家糧食儲備局改為國家發展計劃委員會管理的國家局。
將化學工業部、石油天然氣總公司、石油化工總公司的政府職能合並，組建國家石油和化學工業局，由國家經貿委管理。化工部和兩個總公司下屬的油氣田、煉油、石油化工、化肥、化纖等石油與化工企業以及石油公司和加油站，按照上下遊結合的原則，分別組建兩個特大型石油石化企業集團公司和若幹大型化肥、化工產品公司。
將林業部改組為國家林業局，列入國務院直屬機構序列。主要任務是負責植樹造林，封山育林，護林防火，加強林木行業管理，製訂林業規劃與法規。
教育科技文化、社會保障和資源管理部門
國家科學技術委員會更名為科學技術部。國家教育委員會更名為教育部。
在勞動部基礎上組建勞動和社會保障部。建立統一的社會保障行政機構，現由勞動部管理的城鎮職工社會保險、人事部管理的機關事業單位社會保險、民政部管理的農村社會保險、各行業部門統籌的社會保險，以及衛生部門管理的醫療保險，統一由勞動和社會保障部管理。
人事部職能調整為：綜合管理專業技術人員和國家公務員，承辦國務院監管的大型企業領導人員的任免事宜，承辦國務院向重點大型企業派出稽察特派員的管理工作。
不再保留國家體育運動委員會。現國家體委的職能委托中華全國體育總會代行。中華全國體育總會列為國務院直屬事業單位。
由地質礦產部、國家土地管理局、國家海洋局和國家測繪局共同組建國土資源部。主要職能是：土地資源、礦產資源、海洋資源等自然資源的規劃、管理、保護與合理利用。保留國家海洋局和國家測繪局作為國土資源部的部管國家。
廣播電影電視部的電視網絡政府管理職能劃出後，改組為國家廣播電影電視總局，列入國務院直屬機構序列。
國家政務部門
保留外交部、國防部、文化部、衛生部、國家計劃生育委員會、國家民族事務委員會、司法部、公安部、國家安全部、民政部、監察部和審計署。
為適應改革的要求，對國務院直屬機構和辦事機構也進行了調整。分為四種情況：一是保留的直屬機構、辦事機構；二是將國務院部、委調整為直屬機構、辦事機構；三是新組建的直屬機構、辦事機構；四是並入有關部門，作為部委管理的國家局。經過調整，國務院直屬機構設15個，辦事機構設6個。國務院直屬機構、辦事機構改革的方案，將由新組成的國務院審查批準後組織實施。
羅幹接著指出，現在提出的國務院機構改革方案，既考慮了改革和發展的需要，又考慮了社會的承受能力，因此還隻是一個過渡性質的方案。由於我國社會主義市場經濟體製正在建立過程中，按完善的市場經濟的要求改革政府機構，實現一步到位是難以做到的。同時，機構改革又要邁出積極的步子，著力解決當前突出的矛盾，為進一步深化改革和經濟發展創造良好的條件。他說，機構改革是一項艱巨的任務，我們將精心部署，細致工作，確保方案的實施。第一，堅持既要積極又要穩妥的方針。在組織實施中，我們將注意把機構改革同推進社會經濟發展、保持社會政治穩定統籌安排，避免出現大的震蕩。國務院機構改革後，地方各級政府也將進行機構改革。各地將按照國務院的統一部署，精心組織，積極推進。要切實加強組織領導，做耐心細致的工作，做到思想不散，秩序不亂，人員妥善安排，國有財產不流失，工作正常運轉。
第二，做好人員分流工作，提高公務員隊伍和基層工作人員的素質。精兵簡政，分流人員，這是曆次機構改革的難點。這次改革的目標是機關幹部編製總數減少一半。國務院機構減編定員的工作要求今年底以前完成。但是人員分流的工作預計要用三年左右的時間。機關工作人員一般文化水平較高，熟悉方針政策，是國家的寶貴財富，必須妥善安排，充分發揮他們的作用。人員分流的基本辦法是：帶職分流，定向培訓，加強企業，優化結構。
第三，認真轉變政府職能，改進工作作風，提高辦事效率。這是衡量機構改革成效的重要標誌。不管是新設立的部門，還是保留的部門，機構改革後工作責任都不是變輕了，而是加重了，必須根據新的要求，提高依法行政能力，履行國家機關的職責。所有政府工作人員，都要努力學習，勤政廉政，刻苦工作，做人民滿意的公務員。
第四，加強行政組織體係的法製建設。建議修改《國務院組織法》，依法規範國務院組成部門的設置，建議適時修改地方組織法，對地方政府的職責權限、組織機構作出更為明確的規範。
第五，嚴守政務紀律，服從改革大局。羅幹強調，機構改革和人員分流，涉及改革、發展和穩定的全局，涉及部門權力和幹部的切身利益，必須強調顧全大局。各級幹部特別是領導幹部，必須聽從組織安排，正確對待個人工作崗位的變化。改革方案一經批準，就要堅決執行，要同心協力，爭取政府機構改革的順利實施。
國務院機構改革方案公布
按照中國共產黨第十五次全國代表大會和十五屆二中全會的要求，這次國務院機構改革的目標是：建立辦事高效、運轉協調、行為規範的政府行政管理體係，完善國家公務員製度，建設高素質的專業化行政管理隊伍，逐步建立適應社會主義市場經濟體製的有中國特色的政府行政管理體製。
改革的原則是：按照社會主義市場經濟的要求，轉變政府職能，實現政企分開；按照精簡、統一、效能的原則，調整政府組織結構，實行精兵簡政；按照權責一致的原則，調整政府部門的職責權限，明確劃分部門之間職責分工，完善行政運行機製；按照依法治國、依法行政的要求，加強行政體係的法製建設。
這次國務院機構改革的具體方案是：
（擬不再保留的有15個部、委
1.中華人民共和國電力工業部
2.中華人民共和國煤炭工業部
3.中華人民共和國冶金工業部
4.中華人民共和國機械工業部
5.中華人民共和國電子工業部
6.中華人民共和國化學工業部
7.中華人民共和國國內貿易部
8.中華人民共和國郵電部
9.中華人民共和國勞動部
10.中華人民共和國廣播電影電視部
11.中華人民共和國地質礦產部
12.中華人民共和國林業部