大軍凱旋，駐紮在獻縣的單家橋，侍郎陳山拜見，說漢王和趙王是一條心，請求宣宗乘勢襲擊彰德，捉拿趙王。楊榮極力讚成。楊士奇卻道：“這樣的事情應當有證據，難道可以欺瞞天地鬼神嗎？”
楊榮厲聲道：“你想要阻撓這重大的謀劃嗎！現在叛黨說趙王與漢王同謀，怎麼說沒有口供?”
“太宗皇帝（成祖朱棣死後，被尊為太宗）有三個兒子，現在皇上隻有兩個叔父。有罪的不可以赦免，而沒有罪的應該寬厚對待，有懷疑的話可以防備，不發生意外就是了。為什麼突然發兵攻打他，而傷害在天皇祖的感情呢?”
當時隻有楊溥和楊士奇意見相同。他們打算到宣宗處去進諫。楊溥先進去，楊士奇隨後來到，但沒能進入。不久，宣宗召蹇義、夏原吉進去。他們倆把楊士奇的意見告訴了宣宗。宣宗本不欲懲治趙王，調動軍隊攻打彰德的事便得以停止。
回到京師以後，宣宗請教楊士奇：“現在人們紛紛議論趙王之事，怎麼辦?”
“趙王和陛下最親，陛下應該保全他，不要被人們的話所迷惑。”
“朕想把群臣上的奏章封起來送給趙王看，讓他自行處理，怎麼樣?”
“如能再有一封璽書就更好了。”
於是宣宗派使者捧璽書去趙王那裏，趙王得到璽書非常高興，哭泣著說：“我能活了。”隨即上表謝恩，並且獻出護衛部隊，外麵對他的議論才平息下來。從此宣宗對待趙王日益親近，他對楊士奇道：“趙王所以能夠保全，都是靠了你的努力。”
楊士奇主持內閣期間，為了擴大宣宗的仁治，上了不少對朝廷對百姓有益的奏章，除減免賦稅外，他還奏請安撫逃亡到各縣的流民；舉薦文博武勇之人，使受極刑之家的子孫都能得到進士的機會；又請廷臣三品以上及二司官吏各舉所知，推薦可以任郡守的人選等等，他的每項奏議都得到宣宗的批準。
再輔帝王揮餘熱養子不教抱憾終
宣德十年（1435）正月，年輕有為的宣宗正欲大展宏圖之時，突患重病，不幸駕崩，年僅38歲。臨終前，又將太子朱祁鎮托付給了楊士奇。
同月，年僅九歲的朱祁鎮即皇帝位，是為英宗，次年改元正統。
楊榮像在這時，內閣老臣隻剩下“三楊”了。夏原吉已於宣德五年（1430）病逝，蹇義則在宣德十年（1435）追隨宣宗而去，而楊士奇已年逾古稀，楊榮65歲，楊溥也早過了花甲之年。但朝中無人，三人也隻好隨同英國公張輔、尚書胡濙一同發揮餘熱了。
當時兵部尚書由楊榮擔任。楊士奇便與楊榮商議兵部訓練士卒、嚴守邊關、加強戒備等事宜。楊榮提出朝廷的禦林軍和地方衛所的軍隊要進行春、秋兩次大訓練的建議。楊士奇非常讚同，立刻從戶部撥出銀兩，首先開始春季士卒訓練。他還根據下屬官吏的上疏，與四位大臣磋商，設立南京參讚機務大臣，以便加強管理南方有關兵部事宜。又分頭派遣精選的文武大臣鎮撫江西、湖廣、河南、山東等地，罷去有名無實、危害朝廷官吏的偵事校尉之職。
正統初年，各地多次發生旱澇災害，為了使英宗像他父親宣宗一樣關心百姓疾苦，楊士奇和四位大臣一起研討，按各地受災情況，減免租稅。地方官吏紛紛上疏，對多次減免租稅表示異議，認為糧食少了，國庫空虛，官吏們發不了俸糧，此舉是對朝政的威脅。而楊士奇卻不這樣看，他耐心地向各級地方官吏解釋道：“天災是不可抗拒的，糧食必然要減產。農民沒有收獲糧食或少收了糧食，還要那麼多租稅，等於紮上農民的脖子，不讓他活命。把農民逼死了，或逼得四處逃荒，還有誰來種莊稼、出糧食？所以，減免租稅，使農民休養生息，是仁、宣之世十分成功的政策，這樣做，能使受災的農民安定下來，準備來年多種田，多打糧食。減免租稅的結果，最終會使農民多交租稅，因此，減免租稅，實際等於將來多收租稅，何樂而不為?”在楊士奇的主持下，雖然國庫的糧食少了，但百姓卻還能安居樂業，倒也不失太平盛世的景象。
楊士奇還命刑部審核懸案，將各府、縣曆年尚未了結的命案，派得力官吏重新調查結案，也使受害百姓感激不盡。同時他還命吏部嚴格考核文武百官，夠晉升者，按時晉升官職；不合格者，及時罷黜。一時間，國內政通人和，呈現一派欣欣向榮的景象。
正統初年，朝政清明，社會安定，國家富裕，都是以楊士奇為首的“三楊”等老臣輔佐的結果。正統三年(1438)，在楊士奇等人的指導下，《宣宗實錄》完稿，英宗晉升楊士奇少師稱號。
正統四年(1439)，楊士奇已經75歲，他上疏英宗請求退休，太皇太後張氏和13歲的小皇帝英宗堅決不同意，隻是恩準他回籍省墓，不久楊士奇又返還京師。
正統初年（1436），宦官王振欺負英宗幼小，逐漸幹預朝廷政務，誘導英宗用嚴酷的手段統治臣子，一時之間，大臣們“身在家中坐，禍從天上來”，自己都不知道是怎麼一回事，轉眼間就身陷囹圄了。正統五年(1440)，靖江王佐敬私自贈楊榮金銀。楊榮此時正回籍省墓。王振借這個機會上疏彈劾楊榮。楊士奇返京後，極力解救，才平息此事。楊榮氣憤不已，不久罹病而亡。
這時，王振大力培植朋黨，氣焰日炙。而朝中的正直老臣如張輔、胡濙等皆已病老乞休，難以臨朝。隻剩下楊士奇、楊溥，更加孤立。
正統七年(1442)，太皇太後殯天，王振無人管束，權勢更大，作威作福，更加肆無忌憚。百官對之小有抵觸，就被拘捕下獄，廷臣人人自危。楊士奇也不能製止。
這一年，楊士奇已經是78歲的高齡了，但還要每日堅持上朝，處理政務。一日，他翻閱各部大臣奏章，突然看到吏部一位大臣彈劾楊士奇之子楊稷殺人的奏議。楊士奇閱後立即暈倒過去，不省人事，宮人喚來禦醫，再三搶救方醒轉過來。楊士奇早年為官，經常在外，隻此一子，十分溺愛。母親、祖母等家人皆難管束。自祖母去世後，楊稷之母多次勸其認真讀書，勿打仗鬥毆，行凶惹事。但他把母親的勸告隻當耳旁風，憑著楊尚書、楊閣老公子的身份橫行霸道，為禍一方。楊士奇早知兒子的劣行，卻因忙於政事，疏於教管。此時已至耄耋之年的楊士奇，聽說獨子殺人犯法的消息，登時受到打擊，從精神到身體都垮了。
見到這般情形，朝廷計議，暫不立即把楊稷繩之以法，隻把他作惡的情狀送給楊士奇審閱。不久，又有人揭發楊稷數十件壞事，不得已，朝廷才將楊稷逮捕，下大理寺獄。楊士奇因為有病，正在告假期間，英宗恐傷害楊士奇，暫不處死其子，降詔慰勉。
正統九年(1444)三月，楊士奇在恨子不爭、報國不能的憂憤中去世，享年80歲。待楊士奇死後，朝廷才將楊稷處以極刑。
楊士奇出身布衣，自學成才，身為五朝元老，顯赫一時。他之所以被稱為調羹巨擘，是因為在他的協調周旋之下，朝中重臣團結一心，共效皇命，為江山、為社稷，為君王、為黎民，都盡心竭力。而他的敢於上諫，心係百姓，關注帝王之仁，也為世人所稱道；他顧國忘家，導致其子不仁，最後憂鬱而終，也讓世人歎惜。正是因為有了以他為首的“三楊”，才使得仁宣之治的盛世出現，其功不可沒。當他去世後，宦官王振專權，導致土木之變，明廷備受屈辱，當時有人就說，若是楊閣老尚在，這場恥辱必不會發生。