漢獻帝去了董卓的脅迫和壓製，也大大的揚眉吐氣了。他立即論功行賞，任命王允為錄尚書事，任命呂布為奮威將軍，封為溫侯。仆射士孫瑞說他並無什麼功勞，把所有封賞都辭去了。王允和呂布共同管理朝政，一文一武，輔佐漢獻帝。他們追查董卓一黨的人，有的處死，有的充軍。
左中郎將蔡邕畢竟曾受過董卓的解救之恩，並且董卓一直對他很好，出於這樣一種感激之情，去董卓暴屍之處祭悼了董卓。王允知道了這事，大罵蔡邕：“董卓乃逆賊，再不處死，漢室將亡。今將其處死，是大快人心之事，你身為朝廷大臣，且又是國內名士，應當深明大義才對。卻反而逆反民意，往悼其賊，難道你真是董卓的死黨嗎？”
蔡邕當然深明大義。王允卻將蔡邕交給廷尉處理。太尉馬日禪知道蔡邕這一去必然凶多吉少，便向王允替蔡邕說情，他說：“蔡邕切不可死啊，他很有學問，又正在寫漢朝曆史。”
王允搖頭表示惋惜。馬日禪隻得歎氣，蔡邕便在監獄裏給逼死了。司隸區各軍團領袖不滿王允專權，又害怕西涼軍團勇猛，完全按兵不動。而李傕的西涼軍則又得到舊日友軍張濟、樊稠、李蒙等由西涼趕來相助。於是，居然集結十數萬人馬，形成浩大之聲勢。
長安城內，呂布孤軍困守，到了第八天夜晚，後勤部隊叛變，引李傕軍入城。
呂布見狀，急引少數親信及直屬部隊逃脫。
王允堅持為國守城，終於為李傕所殺。
西涼軍團為報複董卓被害之仇，在長安城內大肆掠劫，並屠殺反董卓的文武大臣，司隸區內軍團雖人人自危，但隻各自防備西涼軍團的攻擊，卻沒有人肯到長安城勤王。
東漢王朝再度陷入無政府的混亂局麵。
就在這個時候，曹操獲得了一個很大的禮物。
張角兄弟發動黃巾黨人事變時，最熱烈響應的，便是東方的青州。當張氏兄弟在司隸區被皇甫嵩殲滅時，青州黃巾黨人尚有百萬之眾，隻是鑒於風聲正緊，便暫時化整為零，潛伏不動，以待變局。
隨著朝廷國家權力的轉弱，局勢日益混亂，青州的黃巾黨人於是再度活躍起來，並且越來越強大，繼續跟官府作戰。當地的農民因為受不了官府的壓迫，差不多都當了黃巾兵。青州刺史臧洪以強硬態度全力圍剿，黃巾黨人乃渡河企圖和冀州的黑山黨人會合，卻被占領冀州北部的公孫瓚軍團撞上，公孫瓚下令軍隊展開屠殺，黃巾黨人隻好越界殺入兗州。
青州的黃巾黨人軍團號稱百萬，浩浩蕩蕩朝兗州而來。任城相鄭遂出城抵抗。然而黃巾軍鬥誌高昂，這支官兵哪裏是對手，很快敗退。鄭遂在逃亡間，被黃巾兵追殺。士氣大振的黃巾軍乘勝打到東平，兗州刺史劉岱就準備出去對敵。劉岱自從殺了東郡太守橋瑁，接收了橋瑁的軍隊以後，自覺得力量很大，早想消滅在他地界裏的黃巾軍，以圖一方平安。正好這會兒黃巾軍送上門來，他怎麼也不肯放過他們。
濟北相鮑信聞知，攔住劉岱，勸道：“黃巾軍隊有百萬之眾，兗州百姓人心紛亂，軍隊無心作戰，不可以正麵和他們敵對。否則，我們準會吃虧。依我看正因為黃巾軍人多勢眾，才感到糧草供應困難，我方不如采取堅守戰術，養精蓄銳，等待機會。到時候讓黃巾軍想戰不得，想攻不成，時間一長，供給不上，沒多久必作鳥獸散。屆時我們再選精銳之兵，攻其要害，便可給以致命一擊。這樣，才可徹底消滅他們。”
而劉岱卻十分藐視黃巾軍，認為這些裝備簡陋、缺乏訓練的農民軍無論如何敵不過他的正規部隊。所以他根本不聽鮑信的話，覺得鮑信是過分小心。劉岱親率大軍，仍采取和黃巾軍正麵對抗的辦法。但是剛一交戰，劉岱就發現這批農民軍的鬥誌確實高，大有銳不可當之勢。可是，這時已經遲了，黃巾軍直衝劉岱主力軍團。劉岱軍抵擋不住，往後潰退。黃巾軍衝入軍團內部，將劉岱軍完全衝散。劉岱也在戰亂中身受數傷而倒下，最後被亂馬踏死，成了一堆肉泥。
劉岱死了以後，黃巾軍氣焰更盛了，此時的兗州城陷入危急存亡之秋。