如萬曆四十八年，即天命五年（1620）五月，八旗軍兩入明邊，略花嶺山城，俘獲約四百人。六月，八旗軍“共二萬餘分為二股，一股自撫順關進境，總兵賀世賢禦之；一股從東州地方直抵奉集堡，總兵柴國柱禦之”（《明光宗實錄》第4卷）。旋退掠王大人屯等十一屯寨，“挖取窖裏糧食”（《滿文老檔·太祖》第15卷）而歸。八月，努爾哈赤帶領諸王大臣統兵圍懿路、蒲河，兵臨沈陽城下。熊廷弼乘馬趨救，督將策應。八旗兵退屯灰山，後撤回界凡。努爾哈赤因師行不利，令將十餘名官將捆綁，額亦都自縛請罪。九月，八旗兵又進入懿路、蒲河地方，搶掠糧食，被賀世賢率兵斬殺八十九人。
但是，正當明朝遼東形勢初步好轉，後金揮戈南進屢受挫折的時候，明統治集團內部發生重大政治變化。萬曆四十八年即天命五年（1620）七月二十一日，明神宗萬曆帝朱翊鈞死去。其長子朱常洛於八月初一日繼皇帝位，是為光宗泰昌帝。但九月初一日又吞紅丸死於乾清宮，“一月之內，梓宮兩哭”（《明熹宗實錄》第1卷）。朱常洛長子朱由校襲受皇位，是為熹宗天啟帝。時“三案構爭，黨禍益熾”（《明史·光宗本紀》第21卷），天啟朝統治集團內部的“黨爭”愈演愈烈。大臣之間，結黨營私，排斥異已，互相訐告。熊廷弼雖在邊防勞績可紀，但他性剛直，拒援引，不徇私受賄，也不曲意逢迎，得罪了一些人，成為黨爭中的被攻訐者。
光宗暴死，熹宗初立，黨爭激烈，而封疆議起。劉國縉和姚宗文先挾私鼓煽同類傾陷熊廷弼，他上疏自辨；禦史馮三才、顧慥（zào）、張修德又疏劾熊廷弼，他再疏自明：“遼已轉危而致安，臣且之生而致死。”（《明熹宗實錄》第2卷）給事中魏應嘉等複連章攻劾，朝廷派袁應泰代熊廷弼為遼東經略。熊廷弼在統治集團政治鬥爭中被擠下台。他含憤抗辨道：
今朝堂議論，全不知兵。冬春之際，敵以冰雪稍緩，哄然言師老財匱，馬上促戰；及軍敗，始愀（qiǎo，臉色改變）然不敢複言。比臣收拾甫定，而愀然者又複哄然責戰矣。自有遼難以來，用武將，用文吏，何非台省所建白，何嚐有一效！疆埸事，當聽疆埸吏自為之，何用拾帖括語，徒亂人意，一不從，輒怫然怒哉！（《明史·熊廷弼傳》第259卷）
熊廷弼先後五疏，極辨邊吏得不到君主的信任，針砭了當時弊政的要害。明廷罷免遼東經略熊廷弼，正是自壞長城。
袁應泰代熊廷弼為經略，薛國用為巡撫。袁應泰受職後，殺白馬祭神，願與遼事相始終。但他“曆官精敏強毅，用兵非所長，規畫頗疏”（《明史·袁應泰傳》第259卷）。熊廷弼在遼，部伍整肅，法令嚴，守禦為主；袁應泰則寬縱將士，妄自詡，謀取撫順。袁應泰改變熊廷弼原來部署，撤換許多官將，造成前線混亂；又收納過多蒙古和女真降人，混入大量諜工，陰為後金內應。
後金在明統治集團內部發生政治變化的時候，既有勝利，也有困難。後金滅葉赫，撫蒙古，女真實現統一，勢力空前強大，軍隊約有十萬人（《熊襄湣公集》第3卷）。同時，遼東大旱，赤地千裏，年荒米貴，石米四兩（《明光宗實錄》第7卷）。後金人口增多，糧食奇缺，數以千計的女真人南丐東乞。後金汗為擺脫經濟困境，度過災荒，需要向遼河流域興兵。但熊廷弼任經略使努爾哈赤原擬進軍遼、沈的計劃推遲一年多。經過耐心地等待，向明進兵時機終於到來。機不可失，時不再來。善於等待時機，巧於捕捉時機，是努爾哈赤聰明機智的火花。努爾哈赤緊緊地抓住明朝皇位更替，黨爭益烈，經略易人，軍心渙散，遼東大饑，邊防紊亂的有利時機，向遼、沈大舉進兵。