蒙古科爾沁部歸附後金最早，博爾濟吉特氏與愛新覺羅氏世為懿親。清太祖、太宗、世祖和聖祖先後有四後、十三妃出自科爾沁等部。博爾濟吉特氏影響了清初五朝四帝的政治。
明興元亡之後，元主自北平出塞，遁回蒙古草原。但故元勢力仍有“引弓之士，不下百萬眾”（《明史紀事本末》第10卷）。元主退回漠北地區，習稱北元。北元蒙古貴族仍維持其舊日統治，實行封建割據。他們不甘心於自己的失敗，不時地犯擾內地，企望重新入居中原，圖謀恢複元朝。明朝為解除蒙古在北方的威脅，曾多次出兵朔漠，力圖消滅北元勢力。明初，徐達四次北伐，朱棣七次親征，曾取開平，占應昌，敗王保保，降納哈出。明朝擊敗北元勢力，他們逐漸地分別與明朝建立了臣屬關係。
但是，北元勢力雖被擊敗，而未被消滅。這同明太祖對故元勢力的政策不無關係。當明太祖派右丞相徐達攻元大都時，徐達問道：“元都克，而其主北走，將究追之乎？”明太祖答曰：
元起朔方，世祖始有中夏。乘氣運之盛，理自當興。彼氣運既去，理固當衰。其成其敗，俱係於天。若縱其北歸，天命厭絕，彼自澌（sī）盡，不必窮兵追之。但其出塞之後，即固守疆圉（yǔ），防其侵擾耳。（《明太祖實錄》第32卷）
但是，蒙古貴族勢力並未因其氣運衰敗，而自澌自盡。蒙古貴族勢力在不斷地騷擾北陲，破牆而入，內犯中原，困圍京師。尤以正統之後，明代北患益甚。
《明史·韃靼傳》載：
當洪、永、宣世，國家全盛，頗受戎索，然釁服亦靡常。正統後，邊備廢弛，聲靈不振。諸部長多以雄傑之姿，恃其暴強，迭出與中夏抗。邊境之禍，遂與明相終始雲。（《明史·韃靼傳》第327卷）
嚴格說來，明中後期，蒙古衰微，滿洲崛興，故北境之擾，重在滿洲，不在蒙古。但明朝前期，蒙古騎犯，甚為嚴重。
遼東地區蒙古勢力，為患酷烈。洪武時，故元丞相納哈出“擁二十萬眾據金山，數窺伺遼”（《明史·韃靼傳》第327卷），後被藍玉招降。永樂時，阿魯台為瓦剌所敗，“乃率其屬東走兀良哈，駐牧遼塞”（《明史·韃靼傳》第327卷）；朱棣以親征阿魯台，死於榆木川。成化時，蒙古韃靼部長孛來，“誘兀良哈九萬騎入遼河”（《明史·韃靼傳》第327卷），縱騎擄掠。至嘉、隆以後，即努爾哈赤青少年時期，遼東蒙古勢力枝蘖（niè）紛繁，先後陵替，相互交錯，舉其大者，主要有：土蠻部，土蠻為打來孫長子，其弟為委正，其長子為卜言台周，次子為介賽，侄為黃台吉，族弟為土墨台豬等。時土蠻（稱小王子）最強，“控弦十餘萬”，屢躪遼東，“大入小入，歲為邊患”（瞿九思：《萬曆武功錄》第10卷）。速把亥部，速把亥為虎喇哈赤次子，其季弟為炒花，其妹夫為花大。速把亥在嘉靖時徙至遼陽北，連結土蠻等，累略遼塞：“嘉、隆以來，虜患何歲亡之？甚至殺大將軍如艾草菅。甚哉！速把亥之為禍首也。”（瞿九思：《萬曆武功錄·速把亥列傳》第12卷）黑石炭部，黑石炭為孛隻第五子，與速把亥等聯騎，剽掠遼左。瞿九思在《萬曆武功錄·黑石炭列傳》後評論曰：黑石炭“貽我遼左數十年大患，介胄至生蟣虱”。董狐狸部，董狐狸即董忽力，為革蘭台第五子，其弟為兀魯思罕、長禿，駐牧寧前外邊，牧馬遼河，屢犯薊門。阿牙台皮部，阿牙台皮長子煖兔、次子拱兔，萬曆初年“兩兔尤桀驁甚”（瞿九思：《萬曆武功錄·煖兔拱兔列傳》第13卷）。此外，有虎墩兔、青把都、哈卜慎、長昂等諸部。