當曾國藩率兵對太平軍進行剿殺時，僧格林沁也帶領著蒙古兵開始剿殺撚軍。麵對清軍的強烈攻擊，撚軍采取了遊擊戰術，將清軍各個擊破。取得了暫時的勝利。當僧格林沁對撚軍進行追殺之時，不慎掉入了撚軍事先設好的埋伏，在曹州慘死。接著，西太後又派曾國藩去剿滅撚軍。兩宮太後用皇上的名義對曾國藩下了一道懿旨。曾國藩怎敢怠慢，因為曾國藩作戰經驗豐宮再加上經過了深思熟慮，曾國藩決定采取與僧格林沁不同的戰術。十天後，西太後受到了曾國藩關於剿匪的奏折。閱讀之後，對曾國藩頗為讚賞，不禁對恭親王說道：“老六，這個曾國藩雖是漢臣，比蒙滿子弟還忠心，實在難得。”
奕附和道：“太後，臣也有同感，若曾國藩果如折中所言，撚匪很快就能平定。我大清得此大員，實屬幸事。”
曾國藩這次還要露一手，很快便得到了清廷的恩準。他采取築長城、開戰壕的戰法，圍剿撚軍。
撚軍——這支曾活躍在河北、河南、皖北、山東一帶的農民起義軍，終因缺乏領導、缺少戰爭經驗，於同治六年被曾國藩剿殺了。
大清的小皇帝載淳，雖把朝政交給了他的兩位皇額娘，但隨著年齡的增長，少年天子十分明白曾動搖大清江山的洪秀全及撚軍，已被曾國藩消滅。在他看來，曾國藩是一位難得的忠臣。
十二歲的小皇上龍顏大悅，他拉著皇額娘西太後的手，說：“額娘，曾愛卿終於平定了亂賊，應重賞他才是。”
西太後凝視著兒子，她忽然間發現載淳長大了，笑眯眯地對他說：“皇上，額娘早已考慮過，這些年曾愛卿為大清社稷出生入死，建立功勳，如今是該重賞他。”
於是，同治六年六月，曾國藩授大學士，仍任兩江總督；七月，授體仁閣大學士，幾天後，授武英殿大學士，調任直隸總督。
同治六年十二月，皇城北風呼呼，人們感到格外寒冷。但是，新任直隸總督的曾國藩卻感到寒冷的冬天似春天一樣溫暖，因為他又得到一個殊榮。由於他剿殺撚軍有功，被賜寶馬一匹，並可在紫禁城內騎馬。
此時的曾國藩已顧不得許多，他十分明白兩宮太後如此嘉獎他，一定會招來同僚們的嫉妒。可是，人生能有幾度春？該得意時便得意。同僚們羨慕也好，嫉妒也好，風風光光的是他曾國藩。他已不再年輕，為清廷賣命幾十年，如今的風光是他一生中最大的榮耀，他要盡情地享樂。
此時，西太後也明白，若要鞏固政權，離開奕是不行的，但恭親王奕明裏輔佐小皇上，暗裏總攬大權，在內政外交方麵大展宏圖。他希望兩宮太後垂簾不聽政，自己議政要實權。但西太後不會把實權交到奕的手中的。
一日，西太後突然在奕麵前提起了一件事，使得奕措手不及，他暗自驚歎眼前的這個女人實在不可等閑視之。
“老六，何桂清一案該了結了吧？”
“何桂清？”
“對，還是先帝欽定的要犯，都拖這麼長時間了，總該對群臣有個交代呀。”
西太後語調並不高，但她沉穩中有幾分威嚴，使得奕不得不說：“太後，臣也認為此事不宜再拖，臣著軍機處大臣商議後，再稟奏太後。”
奕退了下去。望著他遠去的背影，西太後自言自語道：“老六，盡管你不願提起何桂清一案，但你也不敢和我那拉氏對著幹。你暗中獨攬朝中大權，要想削弱你的勢力，先剪除你的羽翼再說。”
為什麼懲處何桂清能打擊恭親王奕的氣焰呢？這還要從頭說起。
何桂清，雲南昆明人，道光年間的進士。曆任編修、太仆寺少卿、太常寺卿，戶部右侍郎、浙江巡撫、兩江總督等官職。