在地球的某一棟高樓之上，一個隻有十來歲的少年獨自站在天台旁邊，少年默默的注視的逐漸漆黑的夜晚，這個少年名叫阿夜。
阿夜的父母都是世界頂尖的科學家，但阿夜的童年並不缺少父母的關愛，阿夜集成了父母兩人的智慧，在兩歲時便表現出超人的智力，在父母的熏陶下，阿夜的童年充實而美好，然而，阿夜八歲那年，他的父母在一項危險的試驗中遇難了，從此阿夜成了孤兒，再也沒有了笑容。
阿夜的父母遇難後，八歲的阿夜開始自己獨立生活，雖然父母留下了他永遠花不完的資產，但是沒了親情的阿夜卻越來越沉默。獨自生活了兩年，阿夜看起來比同齡人成熟很多，許多見過阿夜的人都不相信他是一個隻有十歲的少年。
這棟樓曾經屬於他的父母，這裏有他與父母的歡笑，如今，這棟高樓隻屬於他自己，“爸爸，媽媽，兩年了，你們在世界的另一邊過的好嗎”阿夜含著眼淚看著繁星密布的夜空喃喃道，“我好想過去找你們”，眼淚默默劃過阿夜清秀的臉龐。璀璨的星空中仿佛出現了父母的麵容，默默的注視的他，阿夜仿佛看到了父母的笑容，癡癡的仰望著夜空，一個流星閃過，擊碎了阿夜的幻想，“不要走”阿夜向前衝了出去，百米的高樓，帶走了阿夜年輕的生命。
神奇寶貝世界中，一個名叫阿葉的少年，擁有成為神奇寶貝大師理想的少年，在即將成為神奇寶貝訓練家的前一天晚上，興奮的睡不著覺的他跑到山上看星星，一顆流星飛過，阿葉興奮的跳起來準備許願，可惜不小心掉進了溪中，被衝下瀑布，快暈過去的阿葉模糊感覺到有東西在推他，想把他推到岸邊，阿葉睜開眼睛隻看到一些紅色便暈了過去，一絲細小的白光進入了阿葉的身體。
“我是誰？阿夜？阿葉？”阿葉醒過來後發現自己的記憶有些混亂，沒有管身上的濕衣服，阿葉坐起身啦皺著眉默默的思考，“阿夜，墮樓，父母，阿葉，溺水，神奇寶貝，穿越，融合...”許多信息不斷地流淌，許久，阿葉慢慢鬆開了眉頭，“今天開始我就是阿葉了，全新的阿葉”阿葉向世界宣布道。
全新阿葉仿佛沒有了阿夜的悲傷，可能是原來阿葉開朗的性格的影響，人也看起來成熟了許多，這是阿夜帶來的氣質，兩個人的性格互補，形成了一個全新的阿葉。
“管家爺爺，我回來了”阿葉回到自己的家中喊道，“小少爺，你終於回來啦，把我都急死了”一個大約五十來歲的男人以百米賽跑的速度衝了出來抱著阿葉哭道，“嗬嗬，對不起啦，管家爺爺，我昨晚出去看星星了，結果不小心掉河裏了”，“啊，小少爺，您要是出點事，我怎麼能對得起逝去的老爺和少爺啊”，“管家爺爺，您放心吧，我以後會照顧好自己的，不會讓您擔心的”阿葉說道，“小少爺，你終於成熟了，懂事了，哇，我就現在去見老爺和少爺也安心了”管家又是抱著阿葉的大腿痛苦，“額，管家爺爺，我現在全是還是濕的呢，先讓我洗個澡吧”，“對，對，先洗澡，感冒發燒就不好了，我先回去給您放水”說完管家又是一溜煙的就不見了，看著管家爺爺忙碌的身影，阿葉仿佛想起了一份記憶中的悲傷，“失去的在也回不來了，要珍惜現在”阿葉仿佛想通了，看著天空微笑了一下，祭奠逝去的悲傷。
在管家爺爺的安排下，阿葉順利的洗完澡，換了身衣服就向大木博士研究所走去，“不知道是不是已經晚了，難道跟原著一樣，領個皮卡丘”阿葉從一份記憶中找到了一些神奇寶貝世界的動畫，由於看的不多，隻記得主角是小智，帶著一隻不聽話的皮卡丘旅行，後來皮卡丘開始聽小智的的話，並且羈盼越來越深。“小智，額，他今年好像是8歲吧，額，難道我還要等兩年才能正式進入劇情？”阿葉想著想著就到了大木博士的研究所了。
阿葉禮貌的敲了敲門，開門的是一個隻有七八歲的小孩，酷酷的發型，“你是小茂吧，我是阿葉，是來找大木博士的”阿葉說道，“哦，你就是今天最後一個新人訓練家吧，不錯，我就是未來最強的神奇寶貝訓練家小茂大人”，“額...”
“哦，是阿葉啊，進來吧”大木博士過來看到了阿葉，“對不起，大木博士，昨天我晚上出了點意外，所以來晚了”阿葉想大木博士道歉道，“哦，不晚不晚，你沒事就好啊，由於前兩個人挑走了傑尼龜和妙蛙種子，所以隻有這隻小火龍了”大木博士說完將小火龍的神奇寶貝球遞給了阿葉，“出來吧，小火龍”阿葉將小火龍放了出來，“等一下”大木博士急忙說道，可惜小火龍已經出來了，剛出來的小火龍對著阿葉就來了招火花，阿葉急忙避開，火花直接命中大木博士，大木博士失去戰鬥能力，“所以我叫你等一下的嘛”大木博士吐出一口黑煙說到，“額，這隻小火龍還挺有個性”阿葉想摸一下小火龍被小火龍躲了過去，“它就是有些不討人喜愛，所以才沒被人挑走的”大木博士複活後說道，“哦，那我就要它了”阿葉說道，“小火龍，我很喜歡你哦”小火龍有些詫異的看著阿葉，“因為我感覺到你渴望變強，怎麼樣？我希望我們可以一起變強，一起戰鬥，去打敗那些強大的神奇寶貝”，“哩”小火龍看著阿葉點了下頭叫道。