通過冷靜分析，嚴琦認識到：連鎖的生命在於規模，規模經營產生效益，這是連鎖店發展壯大、長盛不衰的重要原因。發展連鎖經營必須根據其本質要求強化規模化管理，提高規範化水平，使連鎖企業整體運作標準化、製度化，求得整體效益的提高。連鎖經營具有五大功能：一是進貨管理。通過進貨管理，了解訂貨、進貨、退貨的具體情況，對貨倉的管理更加明了；二是銷售管理。通過銷售管理，使管理者了解現有貨品的銷售情況，對以後貨品銷售策略有了初步的計劃；三是庫存管理。通過庫存管理，讓管理者對於現有庫存的調撥商品更加清楚，查看現有各庫貨品的流通方向，對公司銷售業績有了進一步的了解；四是財務管理。通過財務管理，使管理者對於公司的財務一目了然，對公司的發展策略有了更進一步的考慮；五是經營分析。通過經營分析，使管理者對於各部門公司的銷售利潤和公司的發展情況更進一步的了解和認識，對以後公司的發展有了更加詳細的策略。
通過分析，嚴琦認識到，當時陶然居的生產、經營、管理、技術，還沒有完全達到連鎖經營的要求，還不充分具備連鎖經營的條件，因此，一些連鎖店經營不善，甚至倒閉。問題的症結找到了，嚴琦采取果斷措施：不再新成立連鎖店，繼續擴張的新店，一律采取聯合經營方式或者直接經營方式，使總公司甩掉連鎖店的拖累，便於輕裝上任，固本強身。總公司主要精力放在技術人才培訓、原材料基地建設和對聯合企業的管理上，待條件成熟後，再回頭采取連鎖經營方式。
思路明確了，新的舉措便應運而生了。嚴琦投入巨資，先後在重慶白驛市、貴州紅楓湖、廣西北海、四川青山城等地建立了8萬多畝的田螺、海鮮生態養殖以及板鴨、臘肉加工生產基地和物流配送中心，並創辦了占地20多畝、配套設施齊全的陶然居餐飲職業培訓技術學校，無論是原料還是人才，都靠自己輸出，形成了一個龐大的多方位全麵連鎖係統。
有了科學配套的管理係統，有了源源不斷的基地原材料供應，有了完整的資金鏈條，有了低、中、高級各類人才儲備，陶然居具備了再次擴張，向龐大的直接經營方向發展的雄厚基礎，嚴琦的餐飲航母，再次向波濤洶湧、旋渦叢生的商海突進！直營方式，這意味著陶然居品牌的進一步提升，也標誌著在完成了原始積累並取得階段性成果之後，陶然居進入“二次創業”時期，即把品牌做大做強做實，力爭把“陶然居”打造成中國餐飲第一品牌，並進軍海外，為中華民族餐飲業的發展做出應有的貢獻。這一具有戰略眼光的調整，陶然居在全國各地的分店，又如雨後春筍，蓬蓬勃勃地發展起來，擴張到了七十多家。
為實現多年來“扛起重慶餐飲業大旗”的夙願，回報家鄉，2000年，嚴琦應重慶市政府號召，毅然回師重慶。在短短的兩年時間裏，先後在南方花園、解放碑、南濱路、沙坪壩開起四家精品店，加上原來的白市驛店，僅重慶地區分店的營業麵積便接近15000平方米。這一係列的大手筆，標誌著陶然居開始向“規模化、精品化”方向發展，開始了扛起渝菜大旗的壯舉。