於是楊漣和左光鬥、魏大中私下商量，“照現在的情形，如果我們不承認他們所問的罪狀，肯定會被打死，那樣我們的冤屈也永遠不能昭雪了，我們不如先招供，以此作為權宜之計，等到離開這裏，將案子交給法司定罪的時候，我們再行翻供，並在公堂上說出魏忠賢對我們嚴刑逼供、殘害忠良、打死我們同僚的事情，法司有我們的好友，一定不會冤枉我們的。”
楊漣的想法，如果是在政治清明的時代，一定是行得通的，因為按照明朝的律法，審訊得出的結果最後都要交給法司定罪發落。而且，他作為禦史機構的副長官，對國家的辦事程序十分遵守，相信像他們這樣的國家二品大員的案子皇帝不會不過問的。左光鬥和魏大中聽了楊漣的建議，也覺得可行，然後三個人就分別招供了自己“貪汙受賄”的罪行。
但是，魏忠賢不會給他們任何的機會翻供。他們招認之後，就要求他們馬上交出贓款，可是這三個清廉如水的大臣根本沒有那麼多錢，於是魏忠賢就指使審訊者嚴刑逼問三人究竟把贓款藏在哪裏或者用到何處了。三人越是說不出，動用的大刑就越殘酷，這時他們才知道自己已經沒有生還的機會，便傲然領死。
最終，他們被公堂上的棍棒打死，死狀慘不忍睹。楊漣死後，用刑者還怕他裝死，又用鐵釘貫穿了他的耳朵，用沙袋壓在他身上，三天之後才上報說楊漣拒不交贓而受刑死去，當時他的屍體已經潰爛流出膿血了。魏大中則在死後六天才從牢中拖出屍體，遺體已經腐爛，上麵的蛆蟲遍布全身。
魏忠賢用這樣殘忍的行為向東林黨人示威，但東林黨並未退縮，而是更猛烈地抨擊朝政、揭露他的醜行。他便繼續搬弄是非，令天啟皇帝相信那些東林黨人依舊在攻擊皇帝，便拆毀了江南的多處書院，殺害了大批的東林黨人。
東林黨人的悲劇在於，他們認為士大夫的天職就是懲惡揚善，大臣的天職就是輔助君王“親賢臣，遠小人”，但是絲毫沒有想到作為朝中的大臣，他們如果和皇帝所寵信的宦官作對，就難以保全自己的身份，甚至生命。黨爭，哪怕是自己站在正確的立場上，也需要付出代價，有時候是身家性命。
天啟六年，魏忠賢又殺害了高攀龍、周起元、周順昌、繆昌期、周宗建、黃尊素、李應升七人，史稱“後七君子”。東林書院被限期全部拆毀，講學亦告中止。
曾經掌握朝政的東林黨，在短短四年後就被宦官魏忠賢驅盡殺絕，全部覆沒，主要是由於他們在掌握政權的時候坐失良機。作為當權的群體力量，他們沒有趕快拿出一套行之有效的治國方案，又對閹黨喪失警惕，提出了一個“籠絡群閹”的錯誤政策，姑息養奸，試圖勸告魏忠賢不要幹政，這顯然是沒有用處的。麵對著日益強大的閹黨，他們不用武力做後盾，在閹黨步步進逼的時候，一味息事寧人，妥協退讓。所以很快喪失了在朝中的優勢地位，被閹黨輕而易舉地消滅，成為千古冤案。
明崇禎帝朱由檢即位後，懲處了魏忠賢為首的閹黨集團。同時昭雪平反東林黨人冤案。並下旨修複東林書院。東林黨人雖然又一度入閣，但不久，到袁崇煥被捕治罪以後，東林黨人又被迫退出內閣。
從表麵上來看，明朝的統治者消滅了一群不安分子，保證了當權者的權位，是統治者的勝利，但是這對王朝而言與其說是凱歌不如說是挽歌，像東林黨人這樣不惜一己安危，用自己的信念和道義來扶持王朝，挽救世道，最後卻被他們所信任和效忠的統治者所屠殺。一個封建王朝到了靠屠殺忠臣以維持一時的所謂“穩定”時，這個王朝的末日也就來臨了。
萬曆皇帝（包括之前之後的一些皇帝）利用宦官掌握政權，打擊奉法的士大夫，一些有識之士縱有憂國憂民之心，也束手無策。明朝皇帝可以說是自毀長城，難怪清人斷言明朝不是亡於崇禎而是亡於萬曆。