靈魂是由蛋白質、DNA、RNA等生命大分子構成的生物體所產生的各種層次的一切生命現象，它依生命大分子、細胞、組織、器官以及生物體本身新陳代謝存在而存在。故這裏的靈魂已不是傳統意義上的既能附著人體又能在人死後脫離人體的鬼魂了，靈魂醫學中基礎定律——生物體靈魂三定律(即靈魂出現定律、靈魂層次定律以及靈魂效應定律)可有完美科學的詮釋。
一般被認為是人類生活之要素，能主宰人類之知覺與活動。據近代考古學家、人類學家之研究，推測距今二萬五千年至五萬年前之人類，已具有靈魂之觀念，或人死後靈魂繼續生活之觀念。然大抵而言，原始人所具有的簡單古樸之靈魂觀念，往往含有強烈的物質性格。直至宗教、哲學漸次發達之後，人類之靈魂觀始趨向非物質化之‘精神統一體’。例如某些宗教、哲學相信靈魂可以獨存於死亡以後，進而視之為不朽的精神實體。
蓋承認靈魂存在，雖為許多宗教、哲學、社會學所主張，然論及其特質、本源、究極，則有極大之分野。有主張其與精神或心意等同義者，如靈魂生活（soul－life）一語，殆與精神生活、心意生活等義無有分別。而主張靈魂說（SoulTheory）者，若自其所說之身、心關係而言，則立足於二元論；若自精神之體、用關係而言，則立足於實體論。近世哲學出現現象論、現實論、唯物論等學說，則大抵反對靈魂存在而否定其為實有。
佛教本不說靈肉二元觀、靈魂不滅論等。因釋尊對靈魂與之同異並不予以作答（即無記），亦即否定靈魂與可截然劃分為二之想法。佛教係由實踐之主體而重視心的存在；此一存在論，係徹底立於心、物二者相關之立場，並不視一方為不滅之實體，另一方為生滅之假相，而認為心、物二者皆空，無自性可得。而當輪回轉生之說被佛教采納後，有關輪回主體之問題卻引起佛教史上之重大論爭，如南北朝時之‘神滅不滅論爭’等；其結果則致使輪回主體呈現出一種猶如靈魂之色彩。
在基督教的教義中，靈與魂是分開的兩個部分：
在舊約中,靈(spirit)的希伯來文是r?h,意義很廣,可表明氣息(breath),氣(air),風(wd),或精力(strength)。它也指方向或方麵(side,譯成“方”或“麵”)。概括來說,靈主要是指非物質的生命本質,包括:
無血肉之體的靈界之物如神,天使,魔鬼或邪靈。
b)有血肉之體的人那裏麵非物質的要素(element)靈性或靈命。
人那內靈命的性格或特征(ter)在思想和情感上的表現,所以靈也譯作“怒氣”;膽氣(即膽量)。
在新約中,靈(spirit)的希臘文是puma,原意也是風(wd)或氣息(breath)[希臘文p?是指呼氣或吹氣],亦指像風一樣眼不能見,非物質及有能力的“靈”。靈是人的生命力(lifeergy)或生命的本能(iple),所以“叫人活著的乃是靈”。正如風雖是眼不能見,但借其表現(風吹草動)可知其存在;同樣的,靈雖是眼不能見,但其存在也可借人內在靈命的各種外在表現來證明。而人有靈的最大證據,莫過於人能進到靈界,與靈溝通。所以聖經說神是靈,隻有在靈裏,人能真正的敬拜神和向神禱告。信徒與神的相交,也必須透過人的靈與神的靈之間的相交。