作者注：（）為中文翻譯，招式名字不翻譯，因為真的不會，每話中重複出現的僅第一次翻譯；【】為gaia memory、驅動器等的係統音；{}為作者所注，多半為作者自創新物品的說明。
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一天上午，陽光明媚，一個叫做風都的城市，街頭巷尾的風車輕慢地轉著，街道和電車像往常一樣因上班族和學生而有些擁擠，不過也算和平。
在屋頂有海鷗形狀風車的海鷗台球場的二樓——翔菲偵探事務所（原鳴海偵探事務所）裏，一個穿著襯衫打著領帶、名叫源啟太郎的少年坐在辦公桌前，看著窗外的景色安詳地喝著咖啡：“啊！沒有委托的日子真是清閑啊！”“是啊！啟太郎！”坐在他旁邊的一個穿著綠色無袖風衣正在看書的少年——根岸魚附和道，“不過這麼安穩的風都好像有點怪怪的。”源放下杯子看著根岸：“魚君，我看你是多慮了吧。風都和平一點不是更好嗎？”“說的也是。”根岸笑了笑。
這時辦公桌上的電話響了起來，根岸拿起電話：“喂，翔菲偵探事務所。”“根岸啊，是我。”“師傅，您和菲利普師傅在東京怎麼樣？”“翔太郎，還是我來說吧。根岸，我們在東京買了棟房子做事務所，一切都好。還有，我們把事務所租出去了，我已經把她的聯係方式發給你們了。”“您說什麼？！那我們怎麼辦？”“她和你們合住，房租交給我們，如果辦案她有幫忙，記得委托費分她一部分。她今天下午一點半到風都，你們記得去接她。就這樣，拜拜。”“等等，師傅。已經掛了。”根岸放下了電話。“怎麼了？”源問道。“下午一點半去接房客，”根岸回答道，“說不定委托費還要被分走一部分呢！”“唉，接受現實吧！”
“有人按門鈴，”源突然說，“誰去開門？”“老規矩，”“石頭剪刀布！”他們異口同聲說道。“oh，為什麼又是我？！”根岸出的剪刀，源出的布。根岸便一臉不服地走到門前開了門。
“你是，千葉學姐？！”根岸站在門前發呆，“誰呀？”源走到門口問道。“哇，千葉舞小姐。你們認識嗎？”源看到門口站著的千葉舞嚇了一跳。“學姐請進”“你們早就認識嗎？”“那當然，你不知道嗎？高三5班的千葉舞音樂部女生部長。和當時的男生部長，也就是現在一起走紅的搭檔——星野猛早就是人人羨慕的情侶了。”“我是在你高二的時候才轉到那所高中的，你忘了？那個時候，他們已經畢業了吧？”“對哦。”
與此同時，在一棟大樓的地下二十三層，一個男人在各個管道之間空出來的走道間踱步。“唉，這地方真好啊！可惜啊，馬上就要被我毀掉了！紅紅火火恍恍惚惚……咳咳咳。”他停了下來，撩起左袖，把一個深藍色的gaia memory（蓋亞記憶體）插進左臂上的連接口，憑空出現的海水淹沒了地下二十三層，並很快發生了爆炸，大樓地上的一部分陷入了地下。
“拜托了，希望你們能找到他。”根岸接過她遞出的一個男人的照片，端詳著：“大致情況我們已經了解了，我們一定會把星野學長給你找回來的。”“師傅說過：‘這個城市就像我家後院，我不會讓任何人在這裏哭泣’，請放心，先請回吧。”源將千葉舞送出門，套上了衣架上的一件黑西裝，又從一扇掛了許多帽子的門上拿了一頂帽子下來帶上：“搭檔，出發！”根岸也套上衣架上的一件土黃色外套，和源一起走出門：“ok!”
“刃先生。”源站在一名叫刃野幹夫的警官旁邊打了個招呼。“哦，小啟啊！好久不見。”“好久不見，刃先生。又是大廈下沉嗎？”“是啊！這周已經是第二次了。怎麼看都是dopant（摻雜體）幹的好事嘛！自從科長出差以後，我們‘超常犯罪搜查課’就沒有和dopant戰鬥的能力了。小啟，隻能靠你們了。”“是！那我就先走了。”“有案子嗎？”“啊，好像和dopant還有大樓下陷有關，如果有情報記得告訴我。”“交給我了。”