“你是羅傑嗎？”某個聲音響徹在大海中央。
在一片大海中，有許多島，和船，天空陰沉，雷電在天空舞蹈著。
這裏正在發生大海戰！
“不，我是路飛！”一個黑發少年站在一個島上大聲回應著說。
“你的資格還不夠，你需要經曆一場試煉，才能成為海賊王！”未知的聲音再次從某處傳來。
“路飛，你在和誰對話？”一位金發少年問著黑發少年。
“不管多少試煉我都闖給你看！”黑發少年大喊。
“好，那就睡去吧！”
那個聲音又響了起來，而這時，除了路飛這個黑發少年，誰也沒有聽到。
路飛聽到後，便在島上睡去了……
他的同伴們緊張的看著他……
“路飛……路飛！！！！”
之後他去了那呢？誰也不知道。
請先容許我講個故事。
這裏是學園都市，人口230萬，其中8成是學生，科學設備，實驗室，學校，高樓大廈遍地都是，還有一個熱氣球在天上飄著，那是“樹形圖設計者（tree diagram）”是學園都市所擁有的超級電腦，世界最強的超高度並列演算電腦，號稱今後二十五年之內都不可能被超越。為了抵禦外敵，“樹形圖設計者”被安置在學園都市所發射的人造衛星“織女星ⅰ號”上。
都市傳說中，被用來製造“樹形圖設計者”演算核心的碳化矽質原料，隻有使用虛數學區的虛構技術才能製造，現在已經無法生產了。
以進行完全的天氣預報為借口製造，因為能夠正確地預測地球上的每一個空氣分子，學園都市的天氣預報並不是“預測”，而是確定的事項。但是實際上，“樹形圖設計者”每個月隻使用一次在天氣預報上，其他時間都用於學園都市所進行的研究預測演算。
藥物反應、生理反應、電子反應......一切都可以交由“樹形圖設計者”。
統括理事會以“為了學生更了解時事”為理由而升空的熱氣球，船體腹側上有巨大的最新型的超薄屏幕，播報天氣預報、時事消息等。學園都市的飛船是以太陽能發電後帶動加熱器，將船體內的二氧化碳加溫來產生浮力，並透過巨大的馬達來產生前進的動力，可以說是不需要燃料的高科技產品。
好了，解釋就到此，故事開始了。先要說的是，因為某一存在的幹涉，使得魔法禁書目錄走向了另一個故事，亞雷斯塔的決定也發生了微小變化。
首先，這是個和平的城市嗎？不，不是的，就算表麵和平，還是有不太平的存在，就像第七學區的“skill out”，木原一族，永遠都存在的小混混……嗬嗬。
“別跑！喂，那邊的家夥，快給我‘還錢’！”
“我什麼時候欠你們錢啊，為什麼要追我啊！”
此時一群小混混不良少年正在小巷裏追一個少女，據說叫佐天淚子，看校服是藍色長裙水手服來說，她是“柵川中學”的學生，lv.0的“無”能力者。
“你再不給錢，我就打電話勒索你同學嘍！”其中一個不良少年說。
“你們這些混蛋啦！還沒抓住我呢，還有我說了幾遍了啊，你們不可能知道我同學的聯係方式的，我同學可是“judgement”…你們到底有沒有聽啊！”淚子邊跑著邊喊著說。
所謂風紀委員(judgement），是學園都市校內的職務和身份，處理維持校園治安。
少女急忙從右手包包裏拿出手機。
“喂！喂！初春，快來救我！”淚子急忙的說。
“佐天醬真是，怎麼又遇到這種事了，我馬上就去，請等著我……啊！查到佐天醬的手機信號位置了！”一個短發頭戴花環的少女，把電話靠在耳朵上，手上拿著掌上電腦，計算出了佐天淚子的位置，看校服是和淚子同校的學生。