三月，北宮的禦前會議，已經開了好多天了，每次都是天子親臨，因為他也懂得，國家安危之際，還是靠大臣們才行。但是就在庭議期間，不好的消息一個接著一個，先是由張曼成領導的南陽郡黃巾軍，攻殺了郡守褚貢；然後有由波才領導的穎川郡的黃巾軍，在穎川（實際是三月底的事）大敗官軍，而汝南郡的黃巾軍，在邵陵（今河南部城東）擊敗太守趙謙；廣陽郡（今北京）的黃巾軍攻殺幽州刺史（實際是四月份的事）郭勳和廣陽太守劉衛。
公卿們提出了先穩固京師的建議，詔令拜何皇後之兄、現任河南尹何進為大將軍，封慎侯，統率京師所有的禦林軍和警備部隊，在京師周圍設置了函穀、太穀、廣成、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津八個關隘。
何進剛進大將軍位沒有多久，王琿的戰果就來了，先是張曼成搶劫軒轅山莊，軒轅山莊莊主王琿率眾佃戶和工人兩萬人大破張曼成於莊前，同時送來了張曼成的頭顱和斬殺黃巾軍的頭顱。後是王琿聚打散的官兵攻破宛城，生俘趙弘、韓忠獻於大將軍，同時送還了大將軍老家的家財。這能不讓大將軍喜不自禁，不由地想起那個送來白酒的年輕人。已經有一次在北宮的庭議上出夠了風頭的何進，這一次要怎麼安排這個年輕人呢？當天夜裏先報大捷於宮內天子。
第二天，北宮的庭議仍沉浸在昨天得到宛城大捷的喜悅中，何進提出南陽郡現無太守希望陛下任王琿為南陽太守率軍徹底清除南陽黃巾軍。北地太守皇甫嵩立即支持這個提議，並提出南北夾擊穎川黃巾軍，解除京師威脅的想法。但是太尉楊賜反對說：“此子尚年幼，難負重任，且黃巾之亂根在中官，願陛下誅除諸常侍。”這一下把大將軍和諸常侍都得罪了，雖然侍中向栩和郎中張鈞也跟著附議，可是兩天後王琿被任命為南陽太守的詔令就下來了。一個月後，楊太尉被免去了職務，以太仆鄧盛代之。
詔令下來幾天後，王琿的任命就到達了南陽宛城。由於此次黃巾之亂已經讓皇帝陛下將西園中所藏賣官之錢都拿出來招募和賞賜軍士，所以王琿幸運不需出錢買官，算是賺了，同時朝廷還詔令王琿就地征兵徹底清除南陽黃巾軍。
王琿接到任命後，高興地大宴眾將士和宦官周敏。這正是宦官被天子嗬斥勾結黃巾軍的時候，王琿這樣禮遇，讓周敏感動不已。這次宴會後，王琿讓人給周敏帶上一些珠寶回洛陽，算是一路的辛苦錢，周敏千恩萬謝的回去了。
接手了南陽太守的職務後為了盡快的安定南陽的局勢，參謀部討論對盤踞在安眾的孫夏的部隊最後一擊。孫夏此時正在安眾的縣衙後堂頭痛呢，跑吧形成了流寇，與地方豪強作戰補充不易，還要受到官府的圍剿，防守吧，安眾城比宛城還小更守不住。自己還要盡快作出決斷，最近王琿軍在附近的活動越來越多了，看來大的動作就要開始。
第二天夜裏，王琿剛睡下沒有多久，外麵的侍衛來報告道：“抓到一個奸細，他有書信給總理。”王琿穿好衣服，安慰了一下旁邊的陰遐，出來將書信接了，來到書房將書信粗略一看，這是一封孫夏的請降信，王琿忙讓人去請荀彧，然後細細的將書信看了幾遍。
不久荀彧也來到了書房，王琿將書信遞給了他，自己在思索著對策。荀彧接過書信仔細地看了一遍，這是一封孫夏的請降信，主要就是同意投降的一些條件，第一要保證孫夏的安全並答應給予官職；第二保證跟著他的將士的安全。
荀彧看著王琿說道：“三月初，大赦天下，唯張角等太平軍不赦，總理可是對此為難？”
王琿道：“是啊，先生，我正在為難呢？如果他們投降，對我們準備汝南和穎川的作戰都有好處。”
荀彧道：“可改編過來，但仍保留黃巾軍裝扮，平息南陽各地不服總理的豪強。”
“那怎麼改編，又讓他們能聽我們的呢？”王琿急著問道。
荀彧笑道：“我們可以進剿的同時將其改編，偽裝成打散了他們。”
“嗬嗬，好陰險啊！”王琿總算聽明白了笑罵道。
就這樣三月底，在王琿等秘密的操作下擊潰了孫夏，同時孫夏成了一個王琿軍的旅長，流竄於各地對王琿不服的豪強之間，王琿也派軍隊同他們玩官兵捉賊的遊戲，由於郡內的形勢基本平穩，朝廷也沒有再管，不久後這支部隊消失在軒轅山莊。