清晨，陽光灑滿了真新鎮，勤快的吸盤魔偶來到了小智的房間，可是房間空無一人！（魔魔~）花子被吸盤魔偶的叫聲吸引，一過來也被驚著了：“奇怪，我們家的小智有這麼勤快嗎？”這時，和皮卡丘一起在後山的小智不禁打了個噴嚏。
“啊啾！誰在說我壞話？皮卡丘，快跟上！聽說後山有一塊會發光的石頭！十有八九就是鍵石！”小智一邊氣喘籲籲地走著，一邊急匆匆地催著身後的皮卡丘。
到了一個山洞洞口，小智見到了發光的石頭，激動地說道：“太好了，帶回去給博士查查看是什麼鍵石！”就在小智要取走鍵石的時候，洞口出現兩道火焰！原來是守護鍵石的小火龍和火恐龍覓食回來了。小智絲毫不緊張，小火龍就不用說了，是初級形態，而火恐龍雖然是進化形態，可比起身經百戰的皮卡丘比起來，也不算什麼大礙。
“去吧，皮卡丘！使出電球。”雖然實力上小智占優勢，但小智卻疏忽了雙拳難敵四手，兩隻小精靈一齊使出了火焰噴射，電球一點效果都沒了！
“輕敵了，果然鍵石也不是那麼容易拿走，皮卡丘，使出落雷！”兩隻小精靈一下子就受到了很大的傷害，就連站起來都很勉強。
“還沒倒下？這倆隻小精靈的實力沒我想的那麼弱啊！畢竟是守護鍵石的小精靈呀。算了，就把這場戰鬥當做是提升實力吧！”小智不自覺地透露出一絲得意的語氣，接著就下了命令，“皮卡丘，用鐵尾來結束這場戰鬥。”兩隻小精靈不出意外的失去戰鬥能力。
“皮卡丘，幹得漂亮，我們走吧！”
然而，試煉並未結束，隻聽山洞中的岩石後傳出了一聲龍特有的咆哮，一隻純黑色的噴火龍緩緩地站了起來！“這是mega進化？！不，是異色噴火龍！小心點，皮卡丘。使出電球！”盡管電球的力量很強大，但對於身軀龐大的異色噴火龍根本算不上什麼。緊接著，他直接使出了噴射火焰。一回合之後，誰也沒占到便宜。
”不愧是噴火龍啊！皮卡丘，使出落雷！“異色噴火龍也不留底，使出了全力的熱風，落雷也被卷進熱風中。小智和皮卡丘被熱風和空氣形成的對流打飛下了洞外的懸崖。
小智不甘心最後不舍的向自己的老搭檔說了一句，“皮卡丘，永別了！”（皮~）皮卡丘也含淚了！他是那麼不舍告別家人，朋友們。他們抱著遺憾墜下了懸崖，而他的眼淚表現出對世界的懷念。
這時出現了一道奇異的光，小智對一切全然不知，來到了異次元。
小智望著麵前的景象，詫異極了——那是一個神殿，金碧輝煌，裝飾顯得十分的高貴，而正前方有一座威武的阿爾宙斯的神像。“這裏是？”小智疑惑地看著眼前的景象，而皮卡丘也在一旁。“皮卡丘！你也在啊！我們是一起來到了天堂？”