由清華大學饒子和研究組於２００３年７月２日在世界上最早成功解析成功。？該研究組從中國軍事醫學科學院發現的、編號為ＢＪ０１的毒株中克隆了ＳＡＲＳ冠狀病毒的主要蛋白酶的基因，並通過遺傳工程的手段在大腸杆菌中獲得了蛋白酶的高效、穩定表達。經過進一步的分離、純化和結晶，收集了高分辨率的衍射數據，測定了該酶在四種不同條件下的三維空間結構。最後，通過解析該酶與抑製劑形成複合物的三維空間結構，揭示出該酶與底物結合的精確模式。？此時，我國抗擊ＳＡＲＳ的戰鬥已基本全麵結束。對ＳＡＲＳ的理解顯然滯後於對其的應對。
對複雜性理論來說，理解複雜性，就是要揭示、描述出複雜性現象的本質及其演化規律，此時理性主體至少在其理論邏輯上是一個觀察者，處在理論之外。完全的理解要求對世界及其前後因果複雜關聯都要有科學的描述與解釋，其思考邊界是開放的整體。理解並不是應對複雜性的必須前提，應對的目標也不在於發現普遍的複雜性規律。應對意謂一種現實的手段，它要求主體以一定的方法、程式達到某一實踐目標（主體意願在實在世界的呈現）。在應對時，理性主體始終是處於其中的，問題域也是受限的。對於特定情形下的複雜性問題，我們可以隻關注由主體的需要和該情形所必需的屬性與規律，在對象未獲得完全理解的情形下有效解決現實問題，這正是應對在實踐中的特殊意義。
理解與應對的比較
理解的問題域是開放的、近乎無限，以虛線表示，完全的理解要求對世界的全過程進行追問，以問號示之，主客保持分立；應對的問題域是受限的問題域，呈現為世界的部分，主觀意願是以一定的實踐目標來體現的，主客相融。應對與理解的區別並不是認識論與方法論的區別，也不完全等同於認識世界與改造世界的區別。
走向實踐科學
以上的討論表明，麵對複雜性，僅僅作一位科學家是不夠的，它還需要有工程師的智慧。複雜性研究是否應從一種理論科學發展為一種實踐科學，甚至實踐技術？
關於實踐科學的研究可追溯到司馬賀。早在２０世紀６０年代末，司馬賀（Ｈｅｒｂｅｒｔ．Ａ．Ｓｉｍｏｎ）就注意到了自然物與人工物的區別，倡導建立“人工科學”（ＡｒｔｉｆｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅ）。他指出，我們所生活的自然界早已成為一個人造界或人工界。人工物迥異於自然物的特性，它既要遵循自然界的自然法則，又要適應人的目的。自然物更多的呈現為一種必然性外觀，人工物則帶有權變性外觀。傳統科學主要集中在自然物，卻一直缺乏對人工物的關照。司馬賀把人工科學確定為四個範圍：人工物是經由人綜合而成的（雖然並不總是、或通常不是周密計劃的產物）；人工物可以模擬自然物的外表而不具備被模仿自然物的某一方麵或許多方麵的本質特征；人工物可以通過功能、目標、適應性三方麵來表征；在討論人工物，尤其是設計人工物時，人們經常不僅著眼於描述性，也著眼於規範性。人工科學是與人類實踐緊密相聯的科學，它試圖在傳統工程學、運籌學、管理科學、經濟學、心理學、認識科學等眾多涉及人工物的科學基礎上建立較統一的理論。
國內學者潘天群也注意到了實踐科學的問題，但他沒有采納司馬賀的“人工科學”概念，認為應單獨建立一門“行動科學”（Ａｃｔｉｏｎｓｃｉｅｎｃｅ）。行動是人類及其社會的重要本質，這是傳統科學幾乎沒有涉及的。行動科學的主要目的就在於研究人們如何采取合理行動。行動科學在很大程度上是一種在實踐上具可操作性的“行動技術”。在此處的技術與科學是有顯著區分的，潘天群采納了經濟學家加克林對它們的區分：
“構成一種技術的是必須遵守的一套技術方案和法則；而構成一種科學的是經觀察到的或發現的關於某些現象或關係的知識……技術從事的是定法則、下忠告和進行指導；科學從事的是觀察、表述和解釋。一位天文學家觀察和表述天體的運動時，他做的是科學工作；但是當他從觀察的結果推求出航海的法則時，他是在創立一種技術。總之，對真實現象的觀察和表述是科學，而技術方案和法則的建立是技術。”
這一區分帶給潘天群很大的啟發，他認為行動科學既包括控製論、運籌學、係統工程等係統科學，也包括各種行動技術的研究。各種技術、社會管理方法是行動科學的終極產品和實踐端。在方法論上，行動科學與傳統科學是有明顯區別的，前者是以描述為主要目的，而後者是以行動的合理化（ｔｏｒａｔｉｏｎａｌｉｚｅａｃｔｉｏｎｓ）為其內核。行動科學的思想對於我們思考複雜性研究的實踐轉向極有啟發性。
德利克（ＫｅｍａｌＡ．Ｄｅｌｉｃ）和杜姆（ＲａｌｐｈＤｕｍ）在展望複雜性的未來時，把基於理解的科學家方式與基於應對的工程師方式，視為複雜性研究中兩種不同的學派。前者更多的適用於自然係統，後者多見於人工係統的處置中。他們指出，自然／生命係統（ｎａｔｕｒａｌ／ｌｉｖｉｎｇｓｙｓｔｅｍｓ）與人工係統（ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ，ｍａｎ－ｍａｄｅｓｙｓｔｅｍｓ）的交織是當下複雜性的重要觸發因素。越來的越多的科學家與工程師開始彙合在一起，“科學家們研究人造係統，試圖把模型和概念應用其中；同時，工程師們也越來越努力為他們所造的係統建模，以使這些係統能經受住更詳盡的分析。”他們預言在不遠的將來複雜性將孕育出可在現實領域發揮重要作用的實踐性技術。
依據以上的討論，複雜性的理解與應對在多個層麵上呈現出不同的對立與區分。本體論的對象層麵上，理解所對應的是複雜性現象，應對則致力於解決的具體的實踐問題。在弱的意義上，理解更適用於自然物，應對則適用於人工物。在思維層麵上，二者的最大區別是主客關係上，理論思維是主客分離的，工程思維是主客融合的。在認識方法上，理解的目標是對科學規律的揭示與描述，應對則致力於現實行動的技術方案。從價值取向上分析，理解者更像一位科學家，探求理論的真。應對者更如一位工程師，以現實的滿意為其行動目標。
理解與應對的不同層麵分析
不同層麵理解應對對象現象實踐問題思維邏輯、理論思維、工程思維、主客分離、主客融合、認識方法、描述、行動、科學（規律）、技術（方案）、價值取向、理論的真、現實的滿意、科學家、工程師
三、中國學派對複雜性的應對
在複雜性研究領域中，以錢學森為核心的中國學派一貫強調對現實複雜問題的應對，其方法在係統工程實踐領域取得不少成果。他們提出了“從定性到定量的綜合集成方法”，建立了人－機結合的“綜合集成研討廳體係”，這些都可視為理論與實踐相結合的典範，是解決複雜性問題具有代表性的應對模式。此外，中國學派對事理學的研究也是這方麵探索的重要成果。