我是高中生偵探工藤新一。人稱平成年代的福爾摩斯和日本警察的救世主。這一切的故事都要從小蘭，也就是我的青梅竹馬，獲得空手道優勝的一天前說起。當時我答應過她隻要她獲得優勝就帶他去熱帶樂園玩。也就是因為個承諾，讓小蘭充滿了信心。也正因為如此所以她在比賽上的成績非常優異，這也可以說是這整件事情的導火線。如果沒有這次比賽的話，後麵的一切也有可能就不會發生。可是世間的一切並不可能如此如願。最終我們還是去了熱帶樂園。剛去熱帶樂園玩，就發生了不好的事情。我們在玩雲霄飛車的時候發生了殺人事件。不過我瞬間就用我敏銳的觀察力，加上高超的思維能力，再加上精彩的推理瞬間就把這個案子給破解了。不過與此同時，我在雲霄飛車上也遇見了兩個穿著黑色衣服，不太像好人的人。在準備回家的時候我又在熱帶樂園裏發現了那個可疑男子的行蹤，我讓小蘭先回去後就去跟蹤那個黑衣人。
我跟蹤上去之後我發現那個黑人在和某個公司的社長做可疑的交易。當時我隻注意著交易卻忽略了從背後而來的另一個同夥，他把我打暈以後給我灌了藥。當我再次醒來的時候我的身體已經縮小了。當時我沒有辦法隻能找我最信任的阿笠博士，不過如果讓他們知道我的真實身份以後可能連小蘭，甚至我周遭的一些人都有可能會有危險。在阿笠博士的建議下，我隱瞞了身份。當小蘭問起我的名字時，情急之下我化名為江戶川柯南。因為小蘭的父親是偵探，所以我就記住在小蘭家中，因為我確信如果其實在小蘭的家中可能會有他們黑衣組織的線索。我本以為小蘭的父親毛利小五郎，是個比較好的偵探誰知道，毛利叔叔卻是一個糊塗大偵探。當我看不下去的時候我就用阿笠博士給我的手表型麻醉槍，將其射暈以後，利用阿笠博士給我的蝴蝶結蝴蝶結變身器裝做叔叔的聲音解決案子。毛利叔叔也拜我之賜成為名氣眾多的大偵探——名偵探毛利小五郎，人稱沉睡的小五郎。至於原因嗎？我剛才也說過了。也因為我縮小了，所以小蘭才讓我去帝丹小學上學。在一年級a班中認識了元太、步美、光彥三人。也正因如此，被迫和他們組成了少年偵探團。
在這裏我說下知道我真實身份的人。第一個人就是阿笠博士因為他是我最信任的人，所以最先知道身份的人是他。第二個服部平次，他則是從言行舉止中觀察出來的我的真實身份也正因為如此，成為了我出生入死的夥伴。第三個人灰原哀本名宮野誌保，她以前是黑暗組織的人，但因為她的姐姐宮野明美被殺害以後從此背叛了組織。第五個人，我的父母。我的父親是一個人人皆知的推理小說家提到，暗夜男爵係列可算是無人不知無人不曉得。我母親那是一個以20歲就退出了娛樂界的名演員。不過和工藤優作結婚了，現在隻是個囉嗦的老巫婆而已。而我的父母呢，又經常在美國，不經常回日本，所以他每次他們每次出現的時候都特別喜愛開玩笑，雖然已經是年過，反正很老的人啦，但就是忍不住開玩笑。
另外還有四個人知道我的身份。李神天、陳星、杜馮祥、王宇航。他們的真實身份是……還有人也在調查黑暗組織！赤井秀一和朱蒂·聖提米利翁還有詹姆斯·布拉克都是fbi的人。不過，在一次任務中赤井秀一意外身亡了！衝失昂是一個借住在我家的研究生，和我一樣也是一個夏洛克福爾摩斯的熱迷。不過，他的真實身份是……還有一個人，雖然她不知道我的真實身份，但是對我來說可能也是潛在的威脅——世良真純。不過她的身份到令我很驚訝，因為她居然是赤井秀一的妹妹。水無玲奈：是我們在組織安放的臥底，cia的成員。在組織的代號是基爾。本堂瑛祐是水無玲奈的弟弟。安室透是日本公安警察的人，潛伏在組織內的臥底，代號波本。
雖然身體變小，但頭腦一樣棒！還是能做一個無所不知的名偵探。看透一切的真相！
真相永遠隻有一個！