住在精靈球裏的小精靈是這個世界上最神奇的生物，人們稱它們為“神奇寶貝”。住在真新鎮的少年小智正要為了自己的夢想–成為比父親和爺爺更強的神奇寶貝大師！
然而，就在出發前的那一個晚上，小智做了一個很奇怪的夢，在夢裏，他生活在一個科技不怎麼發達的世界，而且，那個世界並沒有神奇寶貝！神奇寶貝是隻存在於銀幕上的動畫片。
怪異的是，動畫片的內容是從他旅行開始，一路上遇到的事，不管明明很喜歡他卻不願意承認的小霞還是一直等待著他的瑟蕾娜。還有其他的同伴，如果這一切真的是自己的未來，小智是絕對不會認可的，其他的事情也就算了，自己既然會因為一些失誤而多次錯失冠軍的寶座，卡洛斯地區的聯盟比賽倒是沒什麼特別的遺憾。
“這真的是夢麼？這麼真實的夢境還是第一次遇到呢。”這個夢境隻是延續到他和瑟蕾娜的“吻別”，然後他就醒了，他習慣性的看了一下鍾表發現已經早上八點半了。
“糟糕，遲到了！”小智急急忙忙的穿好衣服帶上帽子，跟媽媽打了個招呼之後就朝著大木研究所跑去。“呦，作為我永遠的對手竟然第一天就遲到，這一點你已經輸了！”大木研究所的門口，小智遇到了大木博士的孫子小茂，被小茂一陣奚落後小智也是很尷尬。
小智也不搭理他，經曆了另一段“人生”的他已經成熟了很多，自然是不會太過在乎這些，之後的事也證明了，小智昨晚經曆的不是夢，因為大木研究所裏剩下的小精靈的確是隻剩下一隻不喜歡呆在精靈球裏的皮卡丘，這和那一段記憶可以說是一模一樣。
“雖然不明白是怎麼回事，但是，既然得到了這樣的際遇，我若是還不能實現目標的話，那還談什麼夢想！”在昨天的夢境中，小智看到的可不僅僅是自己的未來，還有無數珍惜小精靈的所在地，雖然他並不強求自己身上的小精靈必須是最強。
“皮卡丘，我知道你不喜歡呆在精靈球，也不想進化，你放心我絕不會強迫你，如果你願意相信我的話，就跟我一起旅行吧。”小智倒是覺得，皮卡丘這種性格還是可以接受的，每個小精靈都有不同的性格，再者說了，一路上有皮卡丘陪著也是很不錯的，這樣一來培養兩者之間的感情就容易多了。
“皮卡？”皮卡丘顯然是聽懂了小智的話，低著頭思考了一會後，再次看向小智。“皮卡，皮卡！（好吧，不過，在此之前你要讓我看看你的決心！）”小智聽到這個聲音懵了，這是皮卡丘的聲音？奇怪，為什麼我能聽得懂皮卡丘說的話，等等，難道是波導之力！
（是這樣沒錯，因為你的靈魂融合了另一個世界的靈魂，所以導致你的波導之力大幅度增長，為了你的未來著想，我就提前激發了你的波導之力！）就在這時，一道稚嫩的聲音出現在小智的腦海中，小智四次看了看，卻發現大木研究所此時除了他就隻有大木博士。