建武十九年，劉秀讓左右郎將汝南人鍾興教授皇太子和宗室諸侯爵讀《春秋》，封鍾興為關內侯。而鍾興以自己沒有功勞而推辭。
劉秀卻說：“你教導太子與親王侯爵，豈非大功勞？”
鍾興說：“臣乃從師於少府丁恭。”
劉秀於是又封丁恭為關內侯。而鍾興則堅決推辭，沒有接受。
九月二十一日，劉秀攜劉莊前往南陽。又前往汝南郡南頓縣，設置盛大酒宴，賞賜官民，下令免除南頓縣田租一年。父老們為此上前叩頭，說：“陛下居此日久，陛下識知寺舍，每來輒加厚恩，願賜複十年。”
劉秀說：“帝王之位乃是天下大器，常唯恐不能勝任，過一日是一日，怎敢遠及至十年呢？”
大家卻說：“陛下不過是吝惜罷了，何需言此謙語？”
劉秀為此大笑，於是又增加一年。接著，劉秀與劉莊一起繼續前往淮陽縣、梁郡、沛國。
就在這時，西南夷棟蠶部落反叛，誅殺地方官員。
劉秀當即下詔，命武威將軍劉尚討伐。
大軍路過越郡，邛穀王任貴害怕劉尚平定南方邊境以後，朝廷的政令和法律必定得以推行，而自己不能再隨心所欲，為所欲為，於是聚集軍隊，築起營寨，釀製了大量毒酒，想先用毒酒慰勞軍隊，然後進攻襲擊。
劉尚得知了他的陰謀，即刻分兵先去攻取邛都，然後襲擊任貴，把他誅殺。
建武二十年（公元44年）春季，二月初十，劉秀返回洛陽皇宮。
夏季，四月初三，大司徒戴涉被指控陷害前太倉令奚涉，被逮捕入獄，處死。
劉秀認為三公的職務相連，頒策書免去大司空竇融的職務。隨後不久，廣平忠侯吳漢病重，劉秀親往探望，問他有什麼話要說。
吳漢回答說：“臣愚昧無知，隻願陛下慎重不要輕易赦免罪犯而已。”
五月辛初四，吳漢去世。劉秀下詔，命隆重安葬，禮儀如同安葬大將軍霍光的舊例。
關於劉義王的駙馬人選，陰麗華本來偏向於吳漢長子吳成，如今聞知吳漢死訊，黯然之餘不免感到遺憾。陰麗華似是不經意般問劉莊：“莊兒可知你父皇為何會如此器重這位忠侯？”
劉莊誠實的搖了搖頭，他覺得比吳漢有才能的大有人在，可是他不明白為何劉秀偏偏器重吳漢。除了當年忠誠的追隨情誼，劉莊實在想不到更多。
陰麗華對劉莊說：“吳漢性格剛強。每當隨你父皇出征，隻要你父皇尚未安頓妥當，他就一直小心地侍立於一旁。再者，將領們看到戰鬥形勢不利，多數人驚慌失措，失去常度，而吳漢卻神態自若，同時加緊準備兵器，激勵官兵之士氣。你父皇有時派人去看吳漢在幹什麼，回報就說正在準備作戰進攻的裝備。吳漢每次出征，早上接到命令，晚上就踏上征途，從來沒有時間準備行裝。你父皇曾為此歎息說：‘吳漢比甚和他意，他之威重使人感覺就如一個敵國。’及至在朝廷，他處處謹慎，表現在舉止和態度上。記得有一次吳漢率軍出征，妻子兒女在後方購置田產。吳漢回來，因此深深的責備其妻子說：‘軍隊在外，官兵供給不足，為何要大量購置田地房舍呢！’隨即全都分給兄弟和舅父家。”
劉莊聽後，恍然大悟，他感歎道：“為臣者當如是。”雖然他對自己父皇器重吳漢並非很感興趣，但如今聽來，他覺得自己似乎又有所悟，這也是他最近常來長秋宮給陰麗華說一說前朝之事的原因之一，他覺得很多時候陰麗華看事比他看得深遠，能讓他學有所悟。除此之外，他想讓陰麗華能時常知道父皇的消息，願陰麗華突然有一日能放下過往，與劉秀重歸於好，這也是他與皇弟、皇妹的一份私心。
六月，劉秀被一種頭痛目眩的病所折磨，病得很嚴重。於是，他任命陰興兼任侍中，在雲台廣室向他托付身後之事。