張之洞在撰寫該書的過程中，曾將草稿給章太炎過目，章太炎見上篇裏麵有很多效忠清室的話，不願加以評論，隻說外篇翔實。張之洞聽後很不高興，因為內編是他這本書的立論根據。
當麵不評論，是講禮貌、留麵子。背地裏，章太炎對總督的主張頗有微詞。他日後記述道：
張之洞始為《勸學篇》，以激忠愛、摧橫議，就餘谘度。退則語人：“宙合皆含血，生於其洲而人偶其洲，生於其國而人偶其國，人之性然也。惟吾赤縣權輿，風、薑以來，近者五千祀，沐浴膏澤，淪浹精味久矣，稟性非異人。古之謨訓：上思利民，忠也；朋友善道，忠也；憔悴事君，忠也。今二者不舉，徒以效忠征求氓庶。且烏桓遺裔，蹂躪吾族幾三百年，茹毛飲血，視民如雉兔。今九世之仇縱不能複，乃欲責其忠愛？忠愛則易耳，其俟諸革命以後。”聞者皆怒，辮發上指棟。
這些話，張之洞的幕僚聽了，都非常震驚。平時熱衷宣傳忠君思想的梁鼎芬和朱強甫，把章太炎的話報告給了張之洞。張之洞派人來問，章太炎毫不隱瞞，一一據理陳述。一次，梁鼎芬問章太炎：“有人說康有為想做皇帝，有這事嗎？”章太炎答道：“隻聽說他想當教主，沒有聽說他想做皇帝。其實一個人有帝王思想不足為怪，但想當教主，卻未免有點想入非非了。”在章太炎看來，想當帝王是很平常的事；而在梁鼎芬看來，真是大逆不道。他當即指責說：“我們生長在大清朝，受著它的恩惠，怎麼說出這樣悖逆的話！”他將這次談話的內容報告給張之洞，並說章太炎這人常有欺君犯上的言論，不能重用。
張之洞感到事情的嚴重，下了驅除章太炎的命令。他送給章太炎500元的盤纏，算是購買他研究《左傳》的稿子。但是，梁鼎芬不甘心，派人截住章太炎，將這筆錢扣下來了。
章太炎興衝衝地趕來武昌，卻隻停留了近一個月，失望而歸。在孤獨的旅途中，他寫了《艾如張》一詩，最後幾句是這樣的：
皇穹鑒黎庶，均平無九服，
顧我齊州產，寧能忘禹域？
擊磬一微秩，誌屈逃海濱。
商容馮馬徒，逝將除受辛。
懷哉殷周世，大澤寧無人？
“殷周世”當指殷周交替時的革命，而“大澤”，是陳勝、吳廣起事的地方。章太炎從幾次努力幾次都失敗的經驗中隱約地感覺到，也許革命是改變現實的唯一道路。