一天，一名少年正在看口袋妖怪xyz，“哎，智爺太菜了，又輸給了新手！”說完小神把電腦關了，一道雷劈下來“滋滋滋”我們的主角因為觸電而身亡。
當小神醒來，發現周圍變了個樣，“這是哪？”“孩子，這是我的空間，實在是太對不起了，我是穿越神因為打噴嚏害你觸電身亡，實在對不起！”這時小神旁邊出現了一位老人，“什麼，怎麼這樣？我還沒結婚生子呢！”“不過，我可以讓你穿越到神奇寶貝世界，並實現你的十個願望。”小神說：“那好吧。一、我要有皮卡丘、忍者蛙、噴火龍、烈焰猴、蜥蜴王這五隻精靈以及它們的mega進化石，皮卡丘和噴火龍和忍者蛙要比創世神厲害十倍，烈焰猴八倍，蜥蜴王五倍。二、我要有創世之力，實力比創世神強一百倍。三、我要出生在世界上最厲害的家族裏，小智是我表弟，並且很帥。四、我要一個能聯係你的東西。還有六個願望到時候再說吧！”“行，給你，這是水晶項鏈隻要摩擦這個我就會出現。”說完，穿越神給了小神一條項鏈，“好了，出發吧！”說完小神眼前一黑暈了。
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與此同時，神奇寶貝世界裏的一個醫院裏，超級家族的族長也就是小神的父親超級銀，和小神的爺爺超級暗在醫院等待小神的出生。“恭喜你們，是個男孩！”護士說道。他們倆衝了進去，小智的母親大木美說：“就叫小神吧，全名超級神。”
神奇寶貝等級劃分：菜鳥、新手、低級、中級、高級、精英、準天王、天王、冠軍、三級神、二級神、一級神、超神獸、超神、無敵，每個階段分為低階、中階、高階、巔峰。
訓練家等級：菜鳥～冠軍跟神奇寶貝一樣，後麵是大師，傳奇，神，超神，傳說，無敵。