有人認為《山海經》是神話小說，根據是該書的內容都是街頭巷議、道聽途說的逸聞瑣事，如明代學者胡應麟把《山海經》當成筆記小說對待。至清代撰修《四庫全書》時也將《山海經》歸入小說類，清代紀昀稱其為中國“小說之最古者”。但是，這種觀點是難以令人信服的。如果對《山海經》進行全麵的分析便會發現，盡管《山海經》保存了大量的神話傳說，但是，書中絕大部分都是對山川、物產、風土人情的地理性描述，所包含的神話傳說，僅占全書內容的三分之一。因此，把《山海經》看成神話小說是不恰當的。
進入20世紀以來，許多學者重新審視《山海經》，對此有了更深刻的理解。著名文學家魯迅先生在《中國小說史略》中說：《山海經》記載的海內外山川、神祇異物及祭祀所宜……所載祀神之物多用糈（精米），與巫術合，蓋古之巫書也。茅盾先生則認為《山海經》保存了很多原始神話，是一部雜亂無章的神話總集。上述觀點影響很大，為多數學者所接受，並在此基礎上有所發展，形成三種見解：其一，認為《山海經》是一部巫覡、方術之書。根據是全書一半以上的神話傳說，無不與“巫”有關。如祭應龍、驅旱魃以求雨，群巫救竊窳，桃都山神話等。戰國時期，楚國巫風最盛，《漢書·地理誌》稱楚人“信巫鬼，重淫祀”。近年來，楚地出土的一些木雕偶人、怪神像等與《山海經》中記述的半人半獸怪神十分相似。由此可推測該書是巫師施行巫術的參考書。其二，《山海經》是中國最早的神話總集。保存了許多亡逸的神話故事，如誇父逐日、後羿射日、精衛填海、舜葬蒼梧、羲和浴日、西王母使青鳥、王亥伏牛等。這些神話故事既反映了我國古代勞動人民敢於同自然抗爭的奮勇精神，又充分展示了古人豐富的想象力和創造力。其三，《山海經》雖然記述了許多山川、異域，但並不是客觀的記述，而是夾雜了一些巫術成分，荒誕怪異，缺乏依據。因此，不能當做實用的地理書對待。同時，也要看到，盡管《山海經》對後世的誌人誌怪小說產生過影響，但它本身並不是小說。身為曆史學家又精通古代宗教神話的顧頡剛先生認為，《山海經》是一部巫術性的地理書。
近年來，人們對《山海經》的定位又提出了新的看法，人類史學家經過反複研究，認為《山海經》記載了三千多個母係社會和父係社會古國，是一部記述中國遠古圖騰社會生活狀況的綜合性通史著作。而醫學專家通過考察認為，《山海經》記載了百餘種藥物，能治療疾病的藥有三十多種，他們稱《山海經》為中國本草之先祖。《山海經》究竟是什麼性質的書，真是仁者見仁，智者見智，學術界一時難以達成共識。
正如當代著名曆史地理學家譚其驤先生指出的那樣：“《五藏山經》在《山海經》全書各部分中最為平實雅正，盡管免不了雜有一些傳聞、神話，基本上是一部反映當時真實知識的地理書。”據譚先生研究，《山經》共寫了四百四十七座山，這些山中，見於漢晉以來記載，可以確切對應的約為一百四十座，占總數的三分之一左右。其中對晉南、陝中、豫西地區記述得最詳細正確。這應該是研究我國古代地理的寶貴資料。而《山經》在記述時，往往以山為綱，以首山敘起，依次敘山名、水名、道裏、民族、風俗、物產、藥物、祭祀、巫醫等，又是研究其他學科的寶貴材料。在《海經》中，記載了諸如穿胸民、羽民國、厭火國、貫胸國、不死民、反舌國、三首國、長臂國、三身國、一臂國、奇股國、丈夫國、巫鹹國、女子國、軒轅國、白民國、長股國、一目國、大人國、君子國、無腸國、誇父國、黑齒國、玄股國等奇異的國家和民族，雖然這些國家和民族並非真有，隻存在於傳說中，但也有一定的地理學和民族學價值。