1944年的8月4日，全副武裝的蓋世太保在荷蘭納粹的帶領下一同闖進了科倫公司，逮捕了所有"密室"成員，以及他們的保護人克萊勒先生和庫菲爾斯先生，將他們統統送進了荷蘭的納粹集中營。經過短暫的停留後，9月3日，所有的猶太人被裝入牛車押往奧斯維辛集中營。
蓋世太保將"密室"劫掠一空。幾天後，辦公室清潔女工在整理遺留下來的書籍和海報的時候，發現了安妮的日記，將它轉交給梅愛樸夫人和艾麗沃森小姐保管，戰爭結束後這兩位好心的女士將這本珍貴的日記交給了在集中營裏唯一存活下來的安妮爸爸，受盡磨難的安妮爸爸含淚將女兒的日記付梓出版。
"密室"的8個成員中，凡·達恩先生被送進了毒氣實驗室當實驗品，最終被毒死了；安妮的爸爸僥幸逃脫，並最終生還。安妮的媽媽於1945年1月5日死於集中營。1945年的2月到3月，姐姐瑪戈特和安妮先後因斑疹傷寒死於貝爾根-貝爾森集中營。