中共川東地下組織在1948年遭受敵特大破壞後，經過清理恢複，得到了發展，並在鬥爭中迎接了解放。據不完全統計，在最後的決戰時刻，除重慶外的川東所屬49個縣中（不包括黔北地區），經過各級地下黨組織的工作，策動敵軍政人員起義的有12個縣；地下武裝配合解放軍作戰解放縣城的有兩個縣。這時，全川東約有黨員1萬人（大部分在農村，主要集中在少數幾個縣）。
1948年底至1949年初，中共下川東雲奉南岸工委領導的遊擊隊又開始活躍起來。由陳仕仲組建的雲奉南岸遊擊隊，在1948年12月8日從奉節吐祥壩奔襲八十裏外的雲陽藻草鄉公所，生擒鄉長和鄉隊附，繳獲長短槍30餘支，並釋放壯丁20餘人；1949年2月22日，他們又奔襲50多裏外的湖北省恩施縣板橋鄉公所，打死鄉長等3人，繳獲80多支槍，釋放30多名壯丁。國民黨隨即調派1個正規團和4個保安隊，對吐祥壩進行“清剿”。這支已有100多人槍的遊擊隊，為解吐祥之圍，於3月19日夜奔襲80多裏外的安坪場鄉公所，活捉鄉長，繳獲26支槍和近萬發子彈及稅款，並開倉濟貧。待敵軍趕到安坪時，遊擊隊又迂回到吐祥。1949年2月，趙唯、陳仕仲、譚悌生等在雲陽鹿坪塘開會決定，將川東民主聯軍改名為川東遊擊縱隊，並組織臨時機構，司令員趙唯、政委劉孟伉（未到會）、參謀長陳仕仲；4月，巴北支隊和七南支隊彙合，趙唯主持召開會議，決定合力攻打開縣溫泉鹽場，4月15日黎明打響後，順利拿下崗卡，但稅警駐地和鹽場公署無法攻克，至下午撤退。這時，川東特委發現了這支失掉聯係的隊伍，派人取得了聯係，布置遊擊隊分散隱蔽，準備迎接解放。
1949年8月，中共川東特委撤銷川南二工委，成立豐都中心縣委，由劉渝明任書記、秦祿廷任中心縣委軍委委員兼石柱縣委書記、杜文澤任中心縣委委員兼豐都縣委書記。劉渝明接受任務後，即到川鄂邊遊擊區檢查部署工作。劉渝明在觀音半蹬農民陳質忠家與川東南岸工委副書記秦祿廷見了麵，秦先向劉彙報了川鄂邊黨組織和遊擊隊的情況，然後，二人研究了下一步的工作。為了適應全國解放形勢的需要，劉渝明代表中心縣委宣布成立中共石柱縣委，由秦祿廷任書記、秦耀文任組織委員、邵容光任宣傳委員。同時宣布成立豐都南岸特區區委（縣級），由聶敬民任書記、白仲山任組織委員、陳如元任宣傳委員、胡朝聘任軍事委員。隨後，秦祿廷主持召開了川鄂邊各區委負責人會議，傳達了豐都中心縣委的指示，總結了各區反“清鄉”鬥爭的經驗，檢查“迎接解放，配合接管”各項工作的落實情況，並結合實際討論通過了《本區目前任務提綱》。會議強調，要在解放軍挺進西南之前，完成下列三項任務：1.地下解放區的完全建立；2.配合解放軍的部署；3.接管政權的準備。會議還就黨群、統戰、武裝鬥爭、幹部培訓、情報通訊等方麵的工作進行了周密的安排。
1949年10月，中共豐都中心縣委在書記劉渝明的主持下，在豐、涪交界處的馬頸子開會，中共川東特委負責人之一、原南涪工委書記李治平出席了會議。會議決定，在解放軍入川後，川鄂邊遊擊隊武裝奪取石柱縣城。正要散會時，中共涪陵中心縣委書記胡曉風在出席重慶有關會議後趕來，他傳達了負責領導四川地下黨的錢瑛同誌關於“中共川東特委所屬各級組織迎接解放，配合接管”的指示精神。其主要內容是：要成立解放委員會，吸收統戰人士和各方代表參加；維護城市鄉村治安；不再發動武裝鬥爭，有武工隊開展遊擊戰的地方，也要服務於迎接解放、配合接管。還強調調查研究，弄清敵情，對統戰對象摸底排隊，停止發展黨員，做好迎接解放的物質準備等工作。傳達上述內容後，豐都中心縣委當即取消了武裝奪取石柱縣城的決定，並開始認真貫徹落實這一指示精神。