內寄生蟲
內寄生蟲的種類很多：刺頭蟲：這種寄生蟲（體長從幾毫米到幾厘米不等）吸附在魚的腸內，經常損害腸內壁，並且使魚易受其他傳染病和寄生蟲的影響。它們通過一串小鉤子將自己掛在腸內壁上，通過它們整個身體表麵吸食食物。成蟲產的卵被魚排泄出來並孵化出幼蟲，幼蟲生活在橈足類動物身上。由於它們是很多魚類最喜歡的餌料，特別是麗魚科魚類，因此幼蟲就被帶到腸內，在那裏成長。一定要丟棄帶紅斑點的鉤蝦，這些紅斑點是刺頭蟲的幼蟲。
線蟲：線蟲是無節蟲，長度從不足1毫米到9米不等。在各種寄生的線蟲的生殖周期裏，魚可以是最終寄主也可以是中間寄主。如果魚體內藏匿成蟲，那麼通常在腸內發現它們。幼蟲期通常是以在肌肉裏或內髒器官裏形成囊狀的結節出現，結節達1毫米寬。很多寄生的線蟲侵害野生魚類，但在水族箱裏僅能遇到少數幾種線蟲，它們中值得注意的是毛細線蟲和駝形線蟲。毛細線蟲寄生於兵鯰科魚類和麗魚科魚類中，如大神仙魚和七彩神仙，成蟲1～20毫米長，依品種而不同，生活在魚腸內，它產出大量的卵，卵隨排泄物排出，在顯微鏡下可以辨認出來。駝形線蟲是一種鮮紅色的線蟲，僅幾毫米，寄生於水族箱魚類的直腸內，尤其是花鱂科魚類如孔雀魚和楔孔花鱂魚。
它用頭上的微小的“頜”夾緊腸內壁，從寄主身上吸食血液和組織液。有時候能看到成串的鮮紅蟲子從休息著的魚的肛門處伸出來，這種情況在雌性孔雀魚身上尤為明顯。在顯微鏡下對排泄物的塗片進行檢查可以看到駝形線蟲產出成千上萬條微小的活幼蟲。當魚的脊椎明顯彎曲，示意著它已受到駝形線蟲感染。
腸吸蟲：鰓吸蟲和皮膚吸蟲都是吸蟲，如指環蟲和三代蟲，是魚類的外部寄生蟲（所謂的體外寄生蟲），在它們的生活周期中隻有一個寄主。生活在魚類體內的吸蟲（所謂的體內寄生蟲），通常有複雜的生活周期，包括幾個寄主，如水鳥和螺，魚可能是成蟲的寄主，或者是多個幼蟲期之中的一個幼蟲期的寄主。
例如血液吸蟲、血居吸蟲，作為成蟲生活在自由遊動的魯鯉科魚類的鰓部血管裏，但是很少生活在水族箱魚類裏。
卵寄宿在毛細血管裏，對身體的任何器官都能造成很大的傷害。水螺扮演的是生活周期中的中間寄主。感染的最初跡象之一是魚生長緩慢。某些品種的魚可能變得消瘦，貼近心髒的部位凹陷，但是腹部膨脹。由於感染絛蟲，腹部最終脹破。
防治方法：嚴重的體內寄生蟲感染很難治愈。使用吡喹銅和左旋咪唑10毫克/升，使用12～24小時，先使用試驗劑量，個別品種的魚可能顯示過敏。對大多數的病例，預防遠比治療更恰當，尤其是對那些中間寄主很容易轉移的寄生蟲。
細菌性爛鰓病
病因與症狀：患該病的魚鰓絲腐爛，並帶有一些汙泥，有時在鰓的某一處或多處腐爛，而不在邊緣；有時鰓絲尖端組織腐爛，造成邊緣殘缺不全；有時“開天窗”，是鰓蓋骨的內表皮充血，甚至被腐蝕成一個略成圓形的透明區。由於鰓絲組織被破壞，魚呼吸困難，常呈浮頭狀，由此引起大量死亡。此病由於魚害黏球菌，又稱柱狀纖維黏細菌引起，魚常無任何外觀異狀而大量死亡。
防治方法：預防時，可使用新鮮飼料和活體生物餌料，並對魚池定期消毒，保持水質清潔，均可預防此病的發生。當魚已經發病時，就要及時治療，治療方法有：浸洗魚體法：當水溫20℃以下時，浸洗20～30分鍾；21℃～32℃時，浸洗10～15分鍾，所需藥物是20毫克/升濃度呋喃西林或呋喃唑酮；當水溫在5℃～20℃時，浸洗15～30分鍾；21℃～32℃時，浸洗10～15分鍾。可用藥物是20毫克/升濃度依沙吖啶；食鹽2%濃度浸洗5～10分鍾。此三種方法可用作預防和早期的治療，效果顯著。
灑遍全池法：用0.2～0.3毫克/升濃度的呋喃西林或呋喃唑酮全池遍灑，病情嚴重時可提高濃度為0.5～1.2毫克/升；用0.8～1.5毫克/升濃度的依沙吖啶全池遍灑。用作預防和早期治療有特效，或用1毫克/升濃度漂白粉全池遍灑，但此法隻用於室外大魚池。
水黴病（膚黴病）
病因與症狀：又叫水真菌、棉真菌、白毛病，魚的身體上長著絨毛狀或線狀物質，通常是白色的，但也有時是發灰的黑色或綠色。當撈捕、運輸觀賞魚時，稍有不慎，使魚體皮膚受傷，或寄生蟲侵襲破壞皮膚，真菌的孢子侵入傷口，吸取養料，迅速萌發，真菌通常從軀幹開始，但是也可能起源於有某個損傷的部位，它能擴散繼而侵害鰭、嘴吻、眼睛和鰓等部位。如果水質中有機物過多，病症會加劇觀賞魚感染真菌時，還受其光照時間長短的影響。較長時間的陰雨連綿，或室內燈光、日光等光源不足，這些因素都能促使真菌的滋生。
真菌是生長在死去的有機物質上的植物。典型的真菌體，或菌絲體，由非常纖細的絲狀物或外菌絲組成，外菌絲刺穿死去的或腐爛的組織透過它們的細胞壁直接吸收營養。盡管真菌孢子在水中出現，但健康的魚也能抗感染。
防治方法：水黴病全年都存在，當水溫適宜時（15℃～25℃左右），3～5天就能長成密集的菌絲體。秋末、早春是流行季節，因為秋末早春水溫較低，易凍傷皮膚，以致水黴的孢子侵入傷口而感染。
錦鯉患膚黴病的原因，還有是因為寄生蟲破壞鰓和體表，或捕捉、搬運時操作不小心，擦傷皮膚等情況下感染。感染數量很多時會導致病魚的死亡。且從魚卵到各齡魚都可感染，當孵化水溫低時，在魚卵上極易發生水黴病。所以應做好防治工作。
治療方法：可浸泡魚體半小時，用每升水加10毫克的高錳酸鉀水溶液浸泡。除去毛狀物，可用1.5%～2.5%的食鹽水（每升水加15～25克的食鹽）洗淨，然後塗上2%的紅藥水，最後給魚用土黴素藥浴。用1∶15000的孔雀石綠水（15升水加1克孔雀綠石）溶液浸泡魚體3～5分鍾。在傷口和水黴附著處塗抹0.1%～1%濃度的孔雀石綠水溶液（每升水加1～10克孔雀綠石）。
在沒有發現水黴病時，平時隻要積極預防，可以在很大程度上杜絕此病的發生。一般的預防方法有以下幾種：在捕撈、運輸和清理魚缸時，操作要細致，不使魚體受傷；繁殖時預防魚卵水黴病，可用1:15000濃度孔雀石綠水溶液（15升水加1克孔雀綠石）浸洗魚卵10～15分鍾，每天1次，連續3天。防止魚體傷口水真菌感染，可在受傷魚傷口上塗抹用紫或高錳酸鉀。
雲眼病（蒙眼）
病因與症狀：引起雲眼病有多種原因。魚的一隻或兩隻眼睛變成有雲霧覆蓋狀並且呈現白色的外觀。魚可能顯示出緊張的跡象，並且魚體的顏色不正常，或者它們的行為舉止和正常的魚不一樣。確定出現問題的原因要盡快治療，以防止進一步危害神經係統。