淩河一戰，當兩藍旗正與其餘六旗進行殊死對抗之時，大明鐵騎從而降，幫助兩藍旗將後金六旗打退。此戰當中，大明軍隊再次找回了昔日的榮光，一路追殺後金軍隊數十裏才回轉，殺敵數千，一洗明軍多年來對戰後金的頹勢。
至此，曆時月餘的寧錦之戰徹底劃上了句號，以大明的最終勝利而告終。這一場鏖戰中，明軍傷亡達到了一萬五，後金損失則是明軍的兩倍，傷亡起碼在三萬以上。
後金不可戰勝的神話終於被打破，此番皇太極出兵遼左，不僅沒有搶到一絲糧草輜重，軍隊反而損失慘重，奴隸輔兵逃走的人起碼數以萬計。此時正值後金國內災患連連，經此一番重創後，隻怕往後再也無力西征，從此望大明而膽寒。
剩餘的兩藍旗殘部則被明軍打亂收編，安置在了廣寧至錦州之間的諸多堡壘內，由明軍嚴加鉗製，派得力將領總體調度。
明軍雖然傷亡不，但終歸是地廣物博，後續有力，加之又從後金處俘虜了近萬的奴隸和輔兵，沒過幾個月就補齊了兵員物資。孫越陵又將所有奴隸和輔兵安置在錦州至廣寧一帶的百裏大地上，重新勘定戶籍，讓他們以大明百姓的身份定居下來。
這些奴隸大部分都是後金從明朝擄掠過去的普通百姓，隻有少數是蒙古人和女真人，如今能夠重新回到大明的懷抱，自然是歡喜地毫無怨言。
寧錦一戰打出了大明國勢和軍威，將後金從羽翼豐滿之巨鷹打回了雛雞原型，捷報傳到大明朝廷後舉朝彈冠相慶，啟皇帝隨之大赦下並前往皇陵祭祀。朝廷商議之後，本來打算趁著寧錦大捷對遼東注入大量物資金錢重建廣寧鎮，但在孫越陵的大力反對之下才作罷，放棄了重建廣寧鎮的打算。
寧錦大捷之後，遼東參戰將官從上至下皆得到朝廷封賞，孫越陵更被朝廷授予少保職級，任命其為薊遼督師，領兵部尚書銜，榮耀極餘一時。
這還是啟不顧魏忠賢反對的提擢之舉，雖然此番取得了大捷，但以魏忠賢為首的閹黨並沒有放過對孫越陵和東林的閥噠，許多封彈劾孫越陵的奏章就呈到了啟的禦前，指責他為取得勝利不惜靡耗軍糧、罔顧將士生死等種種罪狀，袁崇煥更是上奏朝廷稱孫越陵故意從鬆山撤兵，放皇太極從錦州城下安然而去，以致於他不能一舉將後金殲滅在鬆山，實有縱敵之罪。
孫越陵當然不能接受袁崇煥對他的汙蔑，於是上奏朝廷，將寧錦之戰的前前後後之經過如實寫明，並指斥袁崇煥暮氣不鼓、屯兵不動、部署失當，遼東經略和巡撫的互相指斥又讓朝廷翻起了波浪，但是這一次朝廷沒有像以前那樣和稀泥調和經略與巡撫的矛盾，而是由啟皇帝獨斷乾綱，一筆升任了孫越陵，將袁崇煥調回了他的老家廣東任職。
孫越陵任薊遼督師後，在短短的幾個月內就調整了遼東的軍隊布局，將滿桂調任寧遠，孫祖壽調任山海關，至於袁崇煥的心腹祖大壽，則讓他和孫祖壽調了個位置，打發他去了薊鎮。
原來從禁軍中借來的張之奇在此戰後回歸了京師，孫越陵命吳文耀、鄧舉、曹文紹等將領分別駐兵鎮寧堡、鎮邊、鎮武等堡，以此來拱衛後方收複的數百裏的土地，並對後金形成軍事壓力，防止其偷襲寇邊。
孫越陵趁熱打鐵，一舉提擢鄒若愚為遼東參政，由於朝廷從此罷巡撫而未設，故此由鄒若愚行使巡撫權柄，安頓數十萬軍民。在此過程當中，孫越陵一舉拿下遼餉控製權，打算逐步肅清袁崇煥和祖大壽的餘毒，消減遼左江門的實力和影響，從此將遼餉軍費用來擴展武備、打造新軍，建立一支新型的精良之兵。
至此，大明與後金以三岔河為界，雙方暫時平息了戰爭。以往後金軍隊來去自如的遼左大地再也見不到後金士兵的身影，皇太極在往後的十數年內都不敢越過三岔河半步。