1885年（光緒十一年）4月的一天晚上，山東曆城一個名叫下喬莊的小村子裏，伴著響亮的啼哭聲，一個嬰兒呱呱墜地，這個嬰孩名叫孫傳芳。
孫傳芳的爺爺名叫孫振侖，是一個普通的農民，家境並不富裕，結婚之後便舉家移居至下喬莊。孫振侖生有一子，即孫傳芳的父親，名叫孫育典。由於自身是個農民，飽受窮困之苦，孫振侖希望兒子孫育典能考取功名，不再受窮。
孫育典聽從父親的教誨，勤奮讀書，稱得上是宵衣旰食。功夫不負有心人，他在22歲那一年考中了秀才，但卻在接下來的會試中卻屢次落榜，最後覺得與考取舉人無緣，無奈之下便回到家中辦起私塾，做了私塾先生。
兩年後，他在父母的媒妁之言下，和同村的一個名叫張蓮芳女子共結連理。結婚之後，妻子連續生了三個女兒，此時的孫育典十分著急，原因是重男輕女的封建思想在作祟。因為在當時的社會，不論是城裏還是鄉下，每家每戶都要有男丁，生男孩是天大的喜事，意味著可以繼承香火。而且孫家到孫育典這一帶已經是三代單傳，所以他更加渴望能有一個兒子。
一天，孫育典在街上閑逛，無意間看見有賣送子觀音的，盼子心切的他毫不猶豫地買回一尊擺在桌子上，日夜燒香，期盼觀音菩薩能給他送來一個男孩。不清楚是不是孫育典的誠心打動了觀音菩薩，一年後，他果然得到了一個兒子。得到兒子的孫育典高興之極，當即就給兒子取名“傳芳”——意思是無量的功德流傳遠長，同時更希望他能光宗耀祖。
親戚們聽說孫育典喜得貴子，都相約來道賀。他們看著眼前的孫傳芳天庭飽滿，哭聲洪亮，眼睛明亮有神。大家都說他以後必成大器，肯定會做大官、發大財，或許在當時，這隻是道賀的常用語，可是在場的人們不知道這個男孩正如他們所說的一樣，在即將來臨的動亂時期當了大官，並在中國曆史上留下深刻的印記。
孫傳芳在家中排行最小，又是獨子，自然成了家中的寶貝。父親還給他取了另外一個名字“馨遠”，也是“傳遞香火，流芳百世”的意思。家裏人都喜歡叫他“馨遠”，隻有鄰居和父親的朋友會叫他“傳芳”。他就這樣在母親和3個姐姐的寵愛下茁壯成長。
孫育典對兒子的管教非常嚴格，希望兒子能實現自己沒有實現的願望。孫傳芳5歲的時候，孫育典就教他識字，背誦三字經。見兒子聰明伶俐，他非常高興。
孫育典不僅對自己的兒子管教嚴格，對私塾裏的學生也非常認真負責，管教起學生來也是極為嚴厲。一些不肯規規矩矩聽講的頑皮孩子經常要受到他的嗬斥，有時還要罰站，或打手板。因此，他的桌子上總擺放著一個戒尺，如果有頑劣的學生，他便打他們手板，以此來教育他們下次不要再犯。為了學生的前程，孫先生可以說是用心良苦，因為弟子考上個舉人進士，也能給他這個落第秀才爭點光，換回點麵子，因此，嚴師出高徒成為了他執教的信條。
先生對學生嚴加管教，本來對學生應該是件好事，但是，沒想到孫育典卻因此而惹禍上身，引起了一場禍端，而他自己也因此抑鬱而終。
孫育典的一個孫姓本家舅舅把10歲的兒子送來讀書，按常理孫育典還要稱這個十歲的孩子為小表弟。為了不讓遠房舅舅失望，他打算嚴格謹慎地教育這個小表弟。誰知道，這個頑劣的孩子卻很不懂事，不服從先生的管教，平時愛貪玩，有的時候還欺負私塾裏比他小的孩子，這使孫育典十分頭疼。
那是一個深秋的早上，孫育典像往常一樣早早的來到私塾給學生們上課，但卻發現小表弟不在。原來他偷偷地跑出學堂到集市上閑逛去了。
孫育典十分生氣地說：“學習時間不在學堂讀書，竟然跑到外麵玩耍？你怎麼如此頑劣，今天我非要教訓你。”並拿起桌子上的戒尺打了小表弟十幾個手板。
孩子手心的皮膚很嫩，被戒尺打過之後，瞬間紅腫起來。小表弟“哇哇”直哭，他對著孫育典嚷道：“我要告訴我爹，你這個表哥打我！”隨後便跑回家了。
看著小表弟遠去的背影，孫育典也很後悔，後悔下手那麼重。幾分鍾之後，他的遠房舅舅還有舅母便趕來說理。孫育典急忙道歉，但是他們還是不依不饒，不容分說便與孫育典扭打起來。
扭打中，孫育典的發辮被揪下來一大縷。在私塾裏所有學生的麵前，發辮被揪，對於私塾先生來說，當然太傷臉麵了，沒有了師道尊嚴不說，連做人的自尊也損害了。鬱悶的孫育典從此臥病在床，妻子以為他是患了傷寒，便請來郎中為他醫治，郎中卻無奈地搖頭歎道：“病人鬱氣集結於心，不是簡單的傷寒藥所能治愈的。心病終須心藥醫，解鈴還須係鈴人。”說完便離開了。
望著床上日漸消瘦的丈夫，張氏掩麵哭泣，傷心道：“到底用什麼藥才能醫治好你的病？”
兩日之後，孫育典的病情愈加嚴重。他望著窗外昏黃的傍晚，長歎了一口氣便撒手塵寰了。他死的時候，沒有留下隻言片語，那時的孫傳芳還是一個六、七歲的孩子。
孫育典死後，孫傳芳的母親獨自帶著他們，日子很不好過。孫傳芳的母親張蓮芳出身於曆城一帶黃河河工的家庭，張蓮芳的父親原是黃河上的一個小工頭，家境還算殷實。張蓮芳嫁到孫家後，勤勤懇懇，為孫家打理著一切事務，如今丈夫去世，照顧老母、撫養孩子的重擔都落在了她一人身上。
幾年後，孫育典的母親、孫傳芳的祖母也離開了人世，臨終前，她握住張蓮芳的手囑托她照顧好幾個孩子，尤其是孫兒孫傳芳，她說孫家的希望全都寄托在孫傳芳的身上了，希望兒媳能將他培養成棟梁之才，能夠光宗耀祖。張蓮芳含淚答應了婆婆的囑托。
孫傳芳
孫育典去世時，大女兒和二女兒都已經出嫁了。大女兒嫁到了商河的程姓人家，家裏開了個錢鋪，家境頗為寬裕，生活還算幸福。二女兒嫁給曆城一戶姓呂的人家，過著簡單平淡的日子。張氏帶著婆婆的遺訓撫養三女兒和孫傳芳，三人相依為命，日子過得非常艱難。
因為孫育典雖然生前是一個教書先生，但是卻沒有積蓄，死後也沒留下什麼家產。所以，張氏暫時帶著兒子和三女兒依靠丈夫的堂兄弟們生活，嚐盡了寄人籬下的滋味。人們總能看見張氏一人在田裏辛苦的忙碌，傍晚回到家裏還要照顧兩個孩子，很是辛苦。不光是這樣，她還要忍受妯娌和堂嬸的臉色和冷言冷語。
鄰居們都勸說張氏改嫁，但是張氏卻一笑帶過了，她很清楚帶著兩個孩子改嫁的生活，依然是寄人籬下、依然得看別人的臉色生活，苦了自己不算什麼，關鍵是兩個孩子不會幸福的。她答應過死去的婆婆會照顧好這幾個孩子，她相信自己能做到這一點。
由於早年喪父，使得孫傳芳在幼年時就已經很懂事了，他知道母親帶著他和姐姐生活很辛苦，而且還要看堂嬸的臉色過寄人籬下的日子。孫傳芳的這個堂嬸潑辣刁鑽，對他們異常刻薄，終日稱張蓮芳“寡婦”，稍有不順眼，她就指桑罵槐，欺負張蓮芳。
一天，孫傳芳和堂嬸家的弟弟一起在院子裏玩耍，他們你追我趕玩得不亦樂乎，就在他們相互追逐的時候，孫傳芳不小心將堂弟碰倒在地。堂嬸聽見兒子的哭聲立即從屋子裏跑出來，不分青紅皂白就將孫傳芳狠狠地打了一頓，打得他血瘀滿身。
張蓮芳見兒子被打成這樣，既心疼又難過，便找到弟媳婦問她：“你怎麼能這樣狠打孩子？馨遠還很小，根本不懂事。”
不料孫傳芳的堂嬸卻理直氣壯地說：“馨遠不聽話，我教育他呢！”
“你怎麼能下手這麼重？他還是個孩子。”
“我的管教方法就是這樣，你吃在我們家，住在我們家。是我收留了你們孤兒寡母，你卻不知道心存感激，還來刁難我？你們要是不想住在這裏就搬走，我不會留你們。”刁鑽的堂嬸有意要趕走張蓮芳。
張蓮芳沉默了，像她這樣帶著兩個孩子能到哪裏去呢！自己苦點累點不算什麼，就怕苦了孩子們，就算是為了兩個孩子，她也要忍著。她領著孫傳芳回到家中，給孩子做飯。
懂事的孫傳芳見母親受了委屈，想安慰母親，他挽起衣袖幫母親洗碗。
“馨遠，回屋去，娘給你做飯。”張蓮芳連忙把他抱起來送回屋中。
孫傳芳卻拉著母親的手對她說：“娘，我不疼了。”
看著兒子小胳膊上的淤青，張蓮芳抱住兒子失聲痛哭，她知道兒子是在安慰她，小小的年紀就這般懂事，她看在眼裏很欣慰。而作為母親卻不能讓他有個幸福的童年，她又很愧疚。
孫傳芳幫母親擦幹眼淚說道：“娘，以後我和您一起去田裏幹活吧！我現在力氣很大。”
看著兒子可愛的樣子，張蓮芳破涕為笑說：“娘不用馨遠幫忙，你還小，以後有機會你還要繼續讀書，以後要為孫家爭光。”
“是，娘。”孫傳芳認真地點點頭。
母女三人的日子就這樣平靜的過了兩年，一天，刻薄的堂嬸又找了個理由把孫傳芳狠狠地打了一頓，孫傳芳那時才十歲，他倔強地推開堂嬸跑出屋子，不過堂嬸還不罷休，抓住他的辮子又是一頓打。下地剛回來的張蓮芳見兒子鼻青臉腫地坐在地上不由得怒火中燒，她再也忍受不了這種心狠手辣的人了，做娘的怎麼能忍受得了兒子三番五次地被打？她拉住孫傳芳的堂嬸和她扭打在了一起。
由於日子實在是過不下去了，張蓮芳決定帶著三女兒和孫傳芳離開下喬莊，投奔到商河縣的大女兒家。由於程家開錢鋪，生活比較寬裕，在那裏，張蓮芳母子3人的衣食不成問題。就這樣，孫傳芳的童年生活也算是安定下來了。
可是就在這時，山東迎來了清廷的動蕩時期。當戊戌變法失敗後，清廷守舊派重新得勢，恰與民間反對洋人和天主教、基督教的暗潮湧動，於是義和團乘勢而起。義和團原是反清秘密組織的團體，後來逐漸轉變為以反洋教為宗旨的群眾團體。他們最初以大刀會的名義在山東練習拳棒，準備和教士搏殺，所以又稱義和拳。
當李秉衡出任山東巡撫的時候，大刀會在山東正是盛行。整個10月，大刀會曾殺死兩名德國傳教士，李秉衡因此被革職，由毓賢繼任山東巡撫。毓賢既有盲目排外思想，又無兵無力剿滅義和拳，便改義和拳為團練，稱“義和團”。義和團得到毓賢的支持，於是在山東境內大為蔓延。它代表中國民間和下層社會的一種文化傾向，這是中國古老社會文化在西方文化衝擊所產生的反抗力。
1899年（光緒二十五年），北方大旱，農田裏的作物幾乎都旱死了，農民們沒有了收成。而洋人和傳教士在中國內陸所引起的反感，直接、間接地都有助於義和團，因此，不到一年的時間，義和團便自山東蔓延到河北、山西，甚至進入北京，除了焚燒教堂，殺戮教士、教民外，還拆卸鐵路路軌和電線。義和團的崛起，表示數千年古老中國社會對教會的拒絕，中國士大夫對西洋文化侵入的反抗，清朝王室和西方國家的嫌怨，彙成一股洪流，奔騰澎湃，一發而不可收拾。
那時的清廷先是在中日甲午戰爭中戰敗，隨後簽訂了喪權辱國的《馬關條約》。麵對國內動蕩的局勢，清朝統治層內部一些人提出了形形色色的改革意見。大家都認識到軍隊是國家統治的重要工具，因此要求改革軍隊的呼聲最高。清廷也連發上諭，認為改練“新軍”是強大的“關鍵”。於是，朝廷決定編整一支能抵禦外敵的新式軍隊。就在《馬關條約》簽署後的6個月，清廷的親王和軍機大臣們開始商議練建新軍工作，最終由袁世凱也被受命負責起草和規劃。不久他受任主持訓練新軍事宜，於是他便開始了一生中最重要的事業——小站練兵，以北洋正統力量自居。
小站距離天津70裏，原名新農鎮，是天津到大沽火車站中間的一個小站，本來很荒涼，因為鐵路修築後，新農鎮成為一個小站，是鐵路必經之地，所以漸漸的熱鬧起來，小站這個新地名也逐漸代替了新農鎮這個就地名。於是，袁世凱選擇在這裏展開建新軍的工作，此外，清廷還鼓勵各省建練新軍。
袁世凱雖然自認為是文武全才，但他畢竟沒有軍事上的實際經驗，因此，他開始網羅負責帶兵和練兵的軍事人才，在這之前，李鴻章在天津創辦了一個武備學堂，這個學堂的總辦是旗籍道員蔭昌。袁世凱便請蔭昌推薦軍事人才，蔭昌推薦了在武備學堂畢業的學生馮國璋、段祺瑞、王士珍、梁華殿和王英楷。馮國璋、段祺瑞和王士珍後來成了著名的“北洋三傑”，而王英楷是與“北洋三傑”齊名的角色。其中王英楷對孫傳芳的影響是非常深的。
1899年10月，榮祿安排袁世凱率領武衛右軍到山東會操。這時山東的義和團起義規模很大，主要原因是山東鬧義和團已經很久了，時間大約有兩年多。
11月，清廷派袁世凱署理山東巡撫，於是，袁世凱抵達濟南接任，隨後，他針對山東的形勢擬定了治本和治標兩種途徑。一年後，袁世凱正式被補授為山東巡撫，這時他的新軍已經在山東境內布置妥當，而當時的義和團在濟南、泰安等地活動激烈。由於當時慈禧很重視義和團，袁世凱開始尚不敢對義和團大動幹戈。當慈禧對外宣戰後，袁世凱采取極其狡猾的手段，一方麵設法解散義和團，一方麵發布命令嚴禁義和團活動。就這樣，義和團紛紛率領軍隊自山東向河北、山西各地發展。
在這兵荒馬亂的時期，袁世凱所帶領的軍隊與義和團的角逐接連發生。袁軍對待義和團的態度先是懷柔安撫，後來幹脆實行了完全鎮壓的政策，他們對義和團殺伐逮捕，致使義和團的成員開始東躲西藏。與此同時商河縣兵災戰亂不斷，無奈之下，張蓮芳又帶著子女回到濟南避居。這一年，孫傳芳十三歲。