此外，布沙爾的間諜，那個在凱裏尼亞扮演巴拿巴的人帶隊開始攻擊抵抗軍，並用喬納斯的死煽動平民去攻擊阿泰爾——因為間諜知道了伊甸的蘋果就在阿泰爾手上並希望將其奪走。不希望攻擊平民的阿泰爾拿出了伊甸的蘋果，並用其力量把暴民驅散，正當間諜還在嘲笑阿泰爾的時候，得知騎士團想濫用蘋果力量的真正意圖的瑪麗亞及時出現並殺死了這個該死的間諜。他們二人一起找到了在地下的檔案室，並在深處遇見布沙爾，他告訴阿泰爾其實聖殿騎士團已經開始把他們的資源從塞浦路斯轉移走並以此保護它們不讓刺客和理查德國王獲得。在已經變得空空如也的檔案室裏，兩人拔出他們手中的劍，開始了最後的對決，最終，技高一籌的阿泰爾戰勝並殺死了布沙爾，然後和瑪麗亞在倒塌的檔案室中順利逃脫。（以上來自PSP版《刺客信條血統》的遊戲故事）冰冷的劍身貫穿了布沙爾的身軀，血統的故事也就此告一段落
一切都完結後，瑪麗亞和阿泰爾站在港口，感覺自己如釋重負的她告訴阿泰爾她正式辭職了，從今天起騎士這個身份對於她而言已經成為曆史。而阿泰爾告訴她他會投入更多的時間來研究伊甸蘋果的秘密和宇宙的奧秘。瑪麗亞決定與他同行並最終在1193年成為阿泰爾這生的最愛，她給他生了兩個孩子：德琳（DarimIbn－La‘Ahad）和瑟夫（SefIbn－La‘Ahad），而阿泰爾則把他剩餘的一生全部奉獻在蘋果的學習上。使用那些他所發現的知識，阿泰爾發明了很多新科技和可以使刺客變得更強的新裝備，例如毒刃（Poisonblade），袖槍（HiddenGun）和由超輕金屬打造，近乎無敵的鎧甲（ArmorofAlta?r）。而借著蘋果的力量他也窺看到那些發生在遙遠過去的事情——多峇巨災所導致的毀滅，而他的知識也推動他把他的手抄本變成指向那些“先知”的路標。
作為刺客的首領，阿泰爾帶來了各種的革新，拋棄了很多艾爾?慕瓦林所領導教團時期所用的儀式要素和各種限製，例如刺客不能對其孩子有愛護的心和行動和用毒的限製，這些舉動標誌著兄弟會的複興。而阿泰爾也大力地在周邊城市發展刺客的勢力，但由於第四次十字軍東征的開始導致君士坦丁堡的人民混入混亂，他的發展計劃無奈暫時告終。在1217年，成吉思汗（GenghisKhan）的鐵蹄響遍了世界。相信成吉思汗有今天的霸業全因伊甸的碎片的阿泰爾，帶著瑪麗亞和他們已經成為一流弩手的大兒子德琳前往東方去阻止即將來臨的危機。
經過漫長的旅程，阿泰爾一家終於順利抵達蒙古，他們聯係到了當地刺客高曲蘭（QulanGal），四人一起前往蒙古大營，精通弩術的德琳找到一個高點並把可能察覺他們行動的衛兵全部處理掉，然後讓其父親一人潛入成吉思汗的大營。但或許是歲月不饒人，阿泰爾的行動被衛兵發現並被其打傷，幸好高曲蘭搶在鳴警之前把衛兵收拾掉。帶著受傷的阿泰爾，二人逃出了大營，然而這次失敗並沒有令刺客就此罷休。之後靈機一觸的高曲蘭和德琳想到了一個妙計把成吉思汗引出營地，而成吉思汗也如願上鉤。感覺到危險的成吉思汗奪馬而逃，但機警的高曲蘭拔出弓箭並射倒了成吉思汗所乘的馬，而德琳則親手送了這一代梟雄最後一程。順利鏟除成吉思汗的阿泰爾一家最終在時隔十年之後啟程返回邁斯亞夫，然而在那裏等待著阿泰爾的，不是刺客們熱烈的歡呼，而是無盡的悲痛……（以上來自《刺客信條官方百科全書》）阿泰爾在瑪麗亞的要求下去見阿巴斯並希望用和平的方式奪回控製權在阿泰爾前往蒙古的這段期間，阿泰爾讓馬裏克治理邁斯亞夫和兄弟會，而他的小兒子瑟夫因為要照顧自己的妻子和兩個孩子，選擇了留在邁斯塔夫。正當阿泰爾離開，阿巴斯，那個阿泰爾以前的朋友但現在的敵人，殺死了他的小兒子並把責任推卸給馬裏克，此舉也令他變成了兄弟會的新首領，當阿泰爾回來時。阿巴斯再次故技重施，殺死了馬裏克並嫁禍於阿泰爾，這次事件最終在憤怒的阿泰爾用蘋果的力量下結束，而這也意外地令瑪麗亞身亡，悲痛欲絕的阿泰爾離開了邁斯亞夫，阿巴斯則成功地奪得了兄弟會的控製權。瑪麗亞的死，令阿泰爾從此沉淪二十年