阿泰爾死了麼？不，主角當然不會輕易回老家結婚。當他從沉睡中醒來後，他發現他的“死”其實是他導師所安排的的懲罰。艾爾?慕瓦林給了阿泰爾一個機會去重獲他的榮譽和尊嚴。
“這裏有一份名單，他們都是給人民帶來災難，帶來戰爭，令這個大陸腐朽，你所做的，就是找到他們，親手結束他們，並為人民帶來和平，而你，也將會從你的罪中解放出來”
“九個人的性命換我個人的贖罪……”
“你有問題嗎？”
“隻有從哪個人開始而已”
接受了導師任務的阿泰爾踏上了刺殺之旅，他前往大馬士革，耶路撒冷和阿卡（Acre）追擊他的目標，然而，當他親手逐一結束他的目標，他發現這份名單上的人，不完全是他導師所說的那些給人民帶來災難和戰爭的人，實際上，他們正在努力一起爭取某種和平。帶著疑問的阿泰爾找到了他的導師，艾爾?慕瓦林告訴他，這些人其實都是羅伯特身邊的聖殿騎士，他們都在密謀建立一個“新世界”。
而之前阿泰爾到所羅門神殿去奪取的財寶，正是這個計劃所需要的關鍵物品：伊甸的蘋果。蘋果的能力可以讓使用者操縱其他人，如果聖殿騎士得到它，他們將會用蘋果的力量控製整個地中海甚至更遠的地方，實現他們所製定的和平。而防止聖殿騎士邪惡野心的達成正是阿泰爾刺殺這九個人的最終目的。艾爾?慕瓦林的這番話給了阿泰爾更微妙的想法，他開始為他以前的行動，為他的魯莽，為他的傲慢而感到懊悔，而他也強烈地意識到他自己作為一個刺客應有的責任——他應該為教團和地中海的自由負責甚至奉獻其生命。
此時的暗殺名單上，等待著阿泰爾的就隻剩下他的老朋友：聖殿騎士團長羅伯特。阿泰爾尾行他的蹤跡到耶路撒冷，此時的羅伯特正在參加阿泰爾之前所殺騎士馬吉德?阿丁（MajdAddin）的葬禮。對於刺客來說，這種人多**的地方簡直就是暗殺者的天堂，心中暗喜的阿泰爾隱藏在人群中準備趁機行事。然而羅伯特並沒有他所想象的那麼愚蠢。當阿泰爾踏進葬禮會場，埋伏好的士兵突然出現並開始攻擊阿泰爾。
幸好阿泰爾的強大技術讓他化險為夷，逐一將士兵擊破後，阿泰爾來到了羅伯特麵前，然而他發現這一切沒那麼就簡單，這個羅伯特隻不過是由一個叫瑪利亞?索普（MariaThorpe）的女騎士所扮演。在瑪麗亞爭取的這段時間裏，真正的羅伯特現在已經到達阿爾蘇夫（Arsuf）並開始聯合伊斯蘭教徒和十字軍一起對兄弟會發起攻擊，被擺了一道的阿泰爾已經無心理會瑪麗亞的事情——對於現在的他來說，沒有比兄弟會安危更重要的事。饒恕了瑪麗亞的阿泰爾馬不停蹄地把這個消息告訴了馬裏克，並要求其調查所羅門神殿的真相，然後獨自背負著沉重的壓力前往了阿爾蘇夫，因為對於他來說，此行成敗決定了兄弟會的未來……阿泰爾深陷埋伏，然而這個地方對於阿泰爾來說也別有一番意義，因為他在這裏，他遇到了他一生的摯愛